飞鸿毕恭毕敬地听着，不觉流下了两行泪水，父亲一生对自己百般呵护，临终前还在为他后面的生活道路进行指点，怎能不令人动情呢！当时飞鸿就含泪表示，一定谨记父亲的教诲，改武从医。
过了几天，麒英病逝。飞鸿悲痛欲绝，他按当时的风俗礼仪，举行了丧葬仪式，将父亲安葬在广州白云山麓。
按照父亲生前的遗嘱，飞鸿忍痛关闭了第七甫水脚的武馆。林世荣和邓秀琼等徒弟依依不舍地离开了武馆，临走前林世荣问飞鸿：“为什么非关闭武馆不可？”飞鸿只好如实相告。戚继宽、邓秀琼等人表示：“我们永远是您的徒弟，希望师傅有空时继续指导我们练功。”
飞鸿拉着林世荣的手说：“你师公的话说得有道理，希望你们能理解。这个武馆停办了，你正好可以自己独立开馆。跟我学了这么多年武艺，你的功夫，还有云阶、殿标他们的武技都很不错，完全可以独立门户。”
飞鸿转身对他教的女徒弟邓秀琼说：“你对习武那么执着，精神可贵。今后要坚持习武，就算是强身健体也行。不懂的地方，可以去向师兄求教，也可以直接来问我。”
邓秀琼眼眶潮潮的，她懂事地点了点头。
陈殿标问：“师公生前让你改行开药店，你准备在哪里开？”
“还没考虑好，现在你们的师公刚走，我哪有心情考虑这个问题，过段时间再说。”
凌云阶和林世荣都说：“师傅要注意身体，节哀顺变吧！”
徒弟们走后，飞鸿一个人呆在房里，他回忆起儿时与父亲一道上街卖艺的情景。这一切仿佛就发生在昨天，然而父亲说走就走了，看着父亲留下的一些物品，睹物伤情，他禁不住又流下了眼泪。
父亲不主张自己以授武为业，飞鸿决定辞去军中技击教练一职。可是怎样向吴全美开口呢？在飞鸿看来，吴全美待自己不薄，突然提出辞职，他难以开口，吴全美也未必会答应。
飞鸿犹豫之间，不觉过了一个月，当他打定主意向吴全美开口提出之时，吴全美也患重病在身。没几天，吴全美去世，距麒英辞世仅一个多月。这样，飞鸿就毫不犹豫地辞掉了军中技击教练一职。
接连遇到亲人和朋友去世这种事，飞鸿的心情很不好。家人见他不开心，就建议他出去走亲访友，游览风景散散心。飞鸿觉得有道理，就往佛山投亲访友。
佛山米商的儿子吴友梅，是飞鸿的一个熟人，飞鸿到佛山拜访他时，他正躲在家里不敢出门。飞鸿一问，才知道他被地痞徐华敲诈。
原来吴友梅喜欢看戏，在看戏时认识了徐华。徐华与烟花女子三姑娘相好，知道吴友梅家有钱，就想敲他一笔。他有意介绍吴友梅与三姑娘认识，设下圈套让吴友梅钻。
三姑娘以让吴友梅教她写字为由，不断用身体去撩拨吴友梅。晚上又留吴喝酒，喝得有几分醉的吴友梅，与三姑娘欢爱在一处。徐华敲门，进来后三人都很尴尬。此后徐华不停地向吴友梅“借”钱。开始几次，吴借给了他。后来识破了他的诡计后不借给他，徐华便原形毕露，称吴友梅横刀夺爱，勾引朋友之妻，如果每月给他百金就不把此事张扬，否则不但张扬出去，还要用尖刀奉陪！
开始徐华还按月要钱，到后来十天就来要一次。吴友梅没法支付了，他就对吴说“我的尖刀已经磨好了，你只要一出门身上就会被扎几个孔！”吴友梅从此便不敢出门。
飞鸿听了吴的叙说，批评吴不自重，同时出于朋友情份，表示愿意出面为吴摆平此事。飞鸿告诫吴友梅，此事解决之后你要好自为之。
而后飞鸿让吴出去喝茶，将徐华引出来，吴友梅只好照办。果然徐华很快就盯上了吴友梅，他把刀往外一拔，吴吓得想逃走。
飞鸿见他拔刀，立即出手握住了徐华持刀的手臂，徐华感到被握的手臂像被锥刺一样痛，手中的刀坠落在地上。飞鸿警告他说：“你这混小子用杀鸡都杀不了的钝刀，想吓唬我的朋友，有我在，你就休想放肆！”
徐华瞪大眼睛看着飞鸿。飞鸿告诫他：“我是什么人，谅你也不知道。现在可以明白告诉你，我是广州的黄飞鸿！”徐华一听，立即惊慌失色，他早闻飞鸿大名，知道其武艺高强，绝非等闲之辈，当时慌得不知如何是好。
见徐华脸色吓青了，飞鸿对他说：“你不必如此害怕，我又不会吃人。我无非是要调解你们俩的纠纷罢了。你为何要设陷阱诈我好友之财？为一个浪荡女人而想杀人，杀人偿命，难道连这点道理你都不懂吗？”
徐华不敢吭声，飞鸿警告他：“你不要再起事端，否则我一动手，你就会体无完肤了！”徐华获知吴友梅是黄飞鸿的好友，哪敢再生事，只有唯唯诺诺点头答应。
一切纠纷就这样化解了。吴友梅千恩万谢，非要留飞鸿在佛山多住几日，飞鸿只得由他。
从佛山回到广州，飞鸿开始筹划开办药店一事。药店与武馆不同，选址更为重要。作为营业商铺，需要考虑人流量多少，还要考虑患者买药是否方便等。太繁华的地段房租高，太偏僻的地方又没生意。考虑来考虑去，飞鸿决定地点还是放在一个适中的地段为妙，这样便选中了广州仁安街的一处商铺。
商店都有名号，许多“老字号”凭名号就可产生可观效益，给自己的药铺取个什么名字呢？朋友们结合他医馆的特点，给他提了不少名称作参考。飞鸿也认为要能体现自己药店的特色即治跌打损伤为主的草药店。想来想去，他后来确定以“宝芝林”作为医药馆名称。
1886年的一天，“宝芝林”医药馆在广州西关仁安街隆重开业。林世荣带着飞鸿的其他徒弟前来舞狮祝贺，陈泰钧提督也到场，加上其他朋友捧场，开业庆典搞得热热闹闹。
医药馆门上写着“宝芝林”三个字的牌子熠熠发光，门前悬挂着一副对联，左联为“宝剑出鞘”，右联为“芝草成林”。
陈泰钧问飞鸿为何选择在西关的仁安街开办“宝芝林”，飞鸿说：“因为曾在西关开过澜桥武馆，这一带知道我黄飞鸿的人多，再说这里商业发达，适合开店。”
陈泰钧又问：“你父亲黄麒英与你祖父黄镇江曾开设‘泰康堂’，专营医药，你为什么不用祖上药店之名呢？还有旁边这副对联，有什么深刻含义？”
飞鸿回答说：“父亲和祖父开的‘泰康堂’主要经营生草药，药店的影响不大，所以我想另起炉灶。至于对联的含义，你我都是习武出身，自然不如读书人理解得快。前一联，大意是说我这个开药店的是一介武夫，所经营的药也和跌打损伤有关；后一联的‘芝草’是用灵芝来作比，大意是我这小店里有些治病的良药。是不是不够谦虚呀，让提督大人见笑了。”
“哪里，哪里！黄师傅治跌打损伤，是祖传绝技，在广州乃至整个广东都鼎鼎有名。我相信，你的‘宝芝林’一定会兴旺发达的！”
“谢谢提督吉言，飞鸿敬您一杯！”
飞鸿的父辈开药店时，就将百姓疾苦当成自己的疾苦对待。麒英开生草药店时为缺衣少食的穷苦人看病，分文不取还送药。这种乐善好施的美德，使飞鸿从小就受到影响。现在他自己当家作主开药馆了，怎么能失掉祖传的美德呢？
“宝芝林”开业后不久，飞鸿体谅穷苦大众生活的艰难，就向社会献出跌打药酒良方。在“宝芝林”门前的小广告牌上，常贴着这样的药方：牛大力1两，千斤拔1两，半风荷1两，宽根藤1两，田七5钱，金耳环5钱；以上诸药浸酒1斤5两，15天后可用于骨头未折，皮肉未开之一切跌打肿痛及练功积瘀、跌打损挫之伤。药方还注明，此药方的功效在于“活血散瘀，消肿止痛”。
飞鸿贴出的这张药方用药不多，但胜在少而精，它配搭合理，恰到好处。相传这是少林派拳师陆阿采传给麒英，再由麒英传给飞鸿的。此后由飞鸿传林世荣，由林世荣传他的弟子关坤等。该方药简而效验，故一直沿用至今，为伤科通用良药，治疗练功中的伤瘀有奇效。
因为这个药方用药不多，使老百姓能用最少的钱达到治好伤病的目的。飞鸿不但公布药方，还教他们如何泡制使用，许多广州的老百姓都知道这个药方，西关一带的苦工都打心底里感谢飞鸿，因为他们卖苦力常常免不了损伤，因而经常用到这个药方。
一心一意悬壶济世的飞鸿，对祖传的一些药方也加以研究，不断改进。经过他的努力，“刀伤散”和“武夫大力丸”的疗效大大提高，其医术和医德，深得社会各方面人士的称赞。“宝芝林”开办不久，声名就大振。尤其是其医治新旧患跌打创伤的“武夫大力丸”，与当时著名的李广海跌打丸、何竹林的跌打风湿膏、梁财信的跌打膏药并称为伤科“四大名药”，享誉省港澳。
林世荣、邓秀琼等徒弟经常到“宝芝林”来看望师傅，有时也向飞鸿讨教武技上的事。徒弟们都很关心师傅，看到飞鸿还是孤身一人，都劝他要成个家。邓秀琼说：“要是有师母关照您，我们也就不必老为您担心了。”
飞鸿苦笑着说：“我谢谢你们的关心，你们不是不知道，师公刚去世不久，按风俗我也得守孝呀！重孝三年，这是规矩。这事只有以后再说了。”
林世荣告诉飞鸿，他想开武馆授徒，为了生计，也为了不使师傅教的武技绝招失传。飞鸿表示：“我一向支持你开馆授徒，如果有什么困难，我能解决的都会帮你解决。只是你要记住一点，要让你的徒弟们不要恃武滋事。”
问及他的武馆准备开在哪里，林世荣说：“我想离师傅的‘宝芝林’近一些，就在西关附近吧！这样有什么问题要向师傅讨教，也更方便些。”
飞鸿表示赞成，并让林世荣稍坐几分钟等他一下。他自己找了纸笔，抄了两张药方给林世荣。林世荣打开一看，上