6月2日，在台湾基隆港外的一艘日本军舰上，清政府代表李经芳（李鸿章之子）与日本政府代表桦山资纪办理了割台的交接手续。决心血战的刘永福将军，不断给将士们鼓气。同是6月，飞鸿受命于危难之中，被唐景崧任命为殿前大将军。
就在“台湾民主国”成立的同时，日军开始进攻台湾，6月4日日军进攻基隆，迫近台北。当晚唐景崧化装逃往淡水，两天后乘德国轮船逃到厦门。6月7日，日军先头部队开进台北，丘逢甲、林朝栋等人相继内渡。“台湾民主国”昙花一现，仅存在了12天就名存实亡。
就在台北沦陷的同时，刘永福在台南草拟《盟的书》，发出联合抗日的号召，表示为保卫国土“万死不辞”。飞鸿也暗下决心，坚决跟刘将军血战到底。唐景崧逃走后，抗日斗争群龙无首，台南民众和官绅推举刘永福为“台湾民主国总统”，领导抗日。刘永福坚辞不受，仍以帮办之职，统率各路人马抗敌保台。
由于负责中路防守的林朝栋逃回大陆。6月12日，日军近卫师团分东西两路猛扑台中门户新竹县。日军很快包围新竹，开战前日方送来了劝降书。抗日军民没有理会他们这一套，加紧修筑工事，准备决一死战。刘永福本来只负责守卫台南，现在实际上已成为全岛抗日首领，他不能坐视新竹沦陷，于是派手下的分统杨紫云率领新楚军，会同义军吴汤兴、徐骧、姜绍祖等人驻守。众将领与来自山区的农民一起阻止敌人，农民狩猎锻炼出射击准确的特长，杀得日军伤亡惨重。
6月17日，日本在台北成立台湾总督府，由日军首领桦山资纪任台湾首任总督。
新竹保卫战打得十分艰苦，飞鸿听到这一情况，主动向刘永福请求带兵增援。刘永福手下的黑旗军得力干将吴彭年、王德标等不赞成派飞鸿前往，他们认为飞鸿武艺高、医术精，保卫刘永福的安全更重要。再说，随着战事的深入，会有越来越多的伤员等待他治疗。
刘永福认为吴、王两爱将从伤员考虑是有道理的，因此派别人前往支援新竹。日军依靠人多和武器精良，发起了一次又一次疯狂进攻，新竹守城军队终因粮械不济，被迫后撤，6月22日新竹失陷。
新竹之战，暴露了抗日军队军械粮饷供应不足的问题。刘永福紧急召集有关人员，商讨解决军械粮饷的办法。台北失陷前，藩库还存银四十余万两，火药库储炮弹药四万多磅，枪弹就更多了。台北失陷后，唐景崧带走了一部分银子，约有24万两库银“尽入游兵手”，其余军储、电线、铁路、机器制造（包括兵工厂）被日军占有了。每想到这一点，刘永福就骂唐景崧“混蛋”。
飞鸿从刘永福那里，也了解了一些关于唐景崧的情况。唐景崧1841年生于广西灌阳，是同治年间进士，授吏部主事。1882年曾向朝廷请缨援越抗法，中法战争期间招募“景字军”，与黑旗军并肩战斗，故与刘永福结交。中法战争后清政府晋升他为福建台湾道员（按察使衔）。1887年台湾建省时他赴台，后升为台湾布政使。此前一年（1894年）升任台湾巡抚。
福字军的将士们对唐景崧恨得咬牙切齿，刘永福说：“当务之急是赶快筹粮饷，恨唐景崧也没有用。大家都谈谈自己的想法吧！”
飞鸿、吴彭年、王德标等人都谈了各自的看法。刘永福综合大家的意见后，决定采取如下对策：一是向东南沿海督抚求援；二是就地解决粮饷；三是“兵民一气”，相互援助。
早在割台前，清政府曾要求两江总督调拨饷械济台，如果能得到内地的援助当然更好，毕竟台湾本地的财力、物力有限。到大陆去筹饷，能拿到的话就不是一笔小数目。必须有武艺高强的人暗中护送来台湾。刘永福让飞鸿从军中挑几个武艺高的人出来，陪同去东南沿海督抚求援。
飞鸿了解军中武艺高手的情况，很多高手就是他亲手教出来的，他向刘永福表示：“这件事我马上就去办，您放心吧！”
飞鸿当即找到徒弟戚继宽，向他交代了任务：“筹集粮饷这件事关系到抗倭的成败，刘将军把它交给我们，你带几个功夫好的士兵尽快出发吧！”戚继宽领命而去。
新竹作为台中的门户，战略地位十分重要，台中沦陷将直接威胁台南。为了夺回新竹，7月9日晚义军向日军发起反攻，但是由于走漏了消息，双方激战之后仍没夺回新竹。7月18日，姜绍祖、徐骧再攻新竹，终因寡不敌众，姜绍祖率部在枕头山阻击敌人时弹尽被俘，与部下七十余人壮烈牺牲。
8月初，日军增兵2万向南逼近。8月9日以3个联队的兵力在3艘军舰的配合下，向尖笔山和头份庄发起进攻。驻守头份庄的杨紫云部队奋勇杀敌，大挫敌军。后因汉奸为日军引路，偷袭杨部后路，使杨紫云部处于孤军奋战局面，杨紫云同大部分将士战死疆场。
“汉奸太可恶了！”
连日来不断听到汉奸帮助日寇与我抗日军民为敌之事，飞鸿恨不得将汉奸们一个个碎尸万段。侵略者踏上台岛时，进入一座清军弹药库，一名爱国士兵引爆炸药，当场炸死炸伤日军两百余人，这位没留下姓名的爱国士兵被俘后，当天被日军残酷折磨致死。也就在同一天，经营杂货店的鹿港商人辜显荣、大稻埕商人李春生等汉奸，与一些西方记者和商人赶往基隆，欢迎日军进驻台北。日军攻打台北时，一名女汉奸还为日军提供梯子登墙，真是岂有此理！
“一样的米，养两样的人。这句话一点都没说错。” 飞鸿想到义军反攻新竹被走漏消息、日军偷袭头份庄又有人带路，这些败类不除，不知要付出多大代价。因此，他向刘永福提出“除奸”一事。
刘永福非常赞同，但他忙不过来，就委托飞鸿等人去布置实施。除奸任务艰巨，须深入敌占区进行，要求除奸队员枪法准、武艺高。飞鸿选了几个精明强干的台湾义军士兵，让他们去执行这项任务。杀几个汉奸，可以起到“杀一儆百”的作用。
8月13日，日军集中兵力进犯苗栗。抗日义军进行了英勇抵抗，双方互有伤亡。由于武器落后，义军损失较重，被迫放弃苗栗，退守大甲溪。次日苗栗陷落，日军企图南下进攻彰化。
黑旗军统领吴彭年和义军首领徐骧在大甲溪伏击日军。8月22日打退敌人进攻，使日军死伤惨重。第二天日寇集结主力再攻，黑旗军袁锦清营与汤人贵营迎敌，袁带五十多人杀入敌阵，杀死一批日军，这些人全部为国战死。
日军占领台中以后，全力进攻彰化。由于多次遭到抗日军民的沉重打击，日军伤亡不小。为了减少己方伤亡，他们再次派人送信，劝刘永福军队投降。抗日将士表示要誓死保卫国土，决不贪生投降！
8月28日，抗日部队与日军在彰化城东的八卦山展开肉搏战，演绎了一场可歌可泣的惨烈血战。中国武术对日本拳术、长矛拼刺刀，杀得难解难分。汤人贵、沈福山等壮烈牺牲。在山下追击敌军的吴彭年，冒死率黑旗军300余人前来支援，不幸中炮阵亡。这次肉搏战，日军的近卫师团也伤亡一千多人，是日寇侵台以来损失最惨重的一次。飞鸿教的不少军中徒弟，在这场恶战中为国捐躯。
八卦山战役共五天，日军占领该山最后还是靠汉奸、奸细带路悄悄爬上山顶才得逞。抗日义军牺牲五百余人，其中有不少黑旗军头领。日本陆军少将山根信成，也被打死，罪有应得。
一天，派往大陆筹饷的戚继宽和几个士兵护卫回到军营。从他们的口中，飞鸿知道了筹饷的情况，肺都几乎要气炸！原来，腐败卖国的清政府命令两江总督等断绝对台援助，清政府中的主和派更是一再阻挠，“不得丝毫接济台南”。李鸿章在上海扣留转汇台湾作为军费的款项。
刘永福还请了为反割台而奔走的道员易顺鼎去向南洋大臣调拨饷需，但南洋大臣慑于清政府的禁令，分文不给。在当地，刘永福发动有钱人捐助，但却收效甚微。看着两手空空而归的筹款人，刘永福对飞鸿说：“你说这仗怎么打呀？！”
9月11日，日本派出第二师团增援台湾，他们组成“南进军司令部”。10月8日，在海军的配合下，日寇疯狂攻打嘉义城。嘉义城是台南的门户，如果攻下了嘉义，台南危在旦夕。刘永福深知事关重大，牵出了他的爱犬——黑虎。黑旗军将士都知道，此举意味着刘永福准备亲临一线，与日寇决一死战。
关于刘永福的爱犬黑虎的故事，在黑旗军中几乎无人不知。在中法战争中，黑虎发挥了重大作用。据记载，在著名的谅山战役中，黑虎一马当先，总是冲在最前面。因为训练有素，黑虎专咬法国侵略军扛旗士兵的喉咙，致使法军士兵望而生畏，个个不愿扛旗。时至今日，在广东陆丰碣石镇北郊，还有纪念刘永福爱犬黑虎的“义犬冢”。
话说黑旗军将领见刘永福准备亲自到嘉义前线去，个个都挺身而出要替他出征。没有到最后的时候，怎么能让统帅上阵？刘永福拗不过大家，就增派兵力前去增援已在嘉义守城的黑旗军将领萧三发、王德标等人。
在飞鸿的坚决要求下，刘永福同意让他和援兵一起前往嘉义助战。
日军重兵出击，兵临嘉义城下。敌人故伎重演，又一次劝降想动摇抗日将士的军心。
飞鸿对送信的人说：“让你的日本主子死了这份心吧！”王德标警告说：“两国交兵不斩来使，但这是最后一次。回去告诉倭寇，谁下次再敢来劝降，定斩不饶！”那位替日寇送信的人，吓得赶紧溜走了。王德标、萧三发和义军黄荣邦等合力抗击敌人。守军见敌人来势凶猛，己方兵力不足，无法与他们硬拼，就商量出了用地雷消灭敌人的办法。
他们预先在城外抗日义军的营地中埋下许多地雷，用药线将地雷连在一起，并进行了巧妙的伪装。一切准备就绪，