清河城终被攻破了，被杀军民近万人，而八旗士兵也伤亡了八千多人。
为了防止明朝军队再来占领清河城，努尔哈赤发布命令，将清河城全部拆毁。又把三岔堡到孤山堡一带所有的房屋，尽行焚毁。经过努尔哈赤这种拆毁、焚烧之后，从清河城到抚顺关一带，明朝军队再无立身之地。
之后，努尔哈赤又下令，收取各地窖中的谷物，全部运回都城赫图阿拉。对田中的青苗，都纵马牧放，造成了五、六十里之内不见人烟。
清河城一战，是后金与明朝两军攻守战中，表现最为剧烈的一次廛战！
虽然努尔哈赤出动了八旗劲旅，仍然损失惨重；明朝军队所表现出来的战斗力，使努尔哈赤及其众贝勒、大臣们极为震惊，尤其在八旗军中产生了重大影响。
清河守城有法，官兵抗战志坚，居然没有一兵一卒投降，连后金的士卒也由衷赞叹。
明朝的抚顺等三城被努尔哈赤攻陷之后，又失去了清河城，引起了整个辽东震动，对京城的影响更大，朝野上下，一片惊慌。这时候，明廷的征兵虽然缓慢，但也初具规模了。
为了鼓舞士气，动员一切力量征伐后金，万历皇帝不惜以二十万金，犒赏官兵。为了进一步配合出师，皇上又提高赏价，明廷大行悬赏捉拿活动，诏告天下说：
若能有生擒努尔哈赤或是斩其头来献的，赏给白银万两，晋升为都指挥。
对于努尔哈赤的亲子、亲孙等，所谓八十个总管，有能擒、斩的，赏给白银二千两，并晋升为指挥。
对于努尔哈赤伯、叔、弟、侄等所谓十二亲属，有能擒、斩的，赏给白银一千两，并晋升为指挥同知。
对于其中军、前锋、书记、汗王女婿等，所谓领兵十二个大头目，有能擒、斩的，赏给白银七百两，并晋升为指挥佥事。
对于努尔哈赤的亲信，中外用事的人，所谓八十名小头目，有能擒斩的，赏给白银六百两，并晋升为正千户。
以上各官都世袭不替。
凡是降附后金的明朝官员，李永芳、佟养性等人，若能绑架献出努尔哈赤或作为内应的，免去死罪，并酌情升赏。
一天，努尔哈赤看过万历皇帝对“悬赏”提高了赏格的“诏书”之后，笑着对其部下道：“看来，朕的头的价码又提高了！万历朱翊钧不惜用万两白银悬赏，真是机关算尽，费煞心思了！”
众贝勒、大臣们听了之后，有的笑了起来，大部分却没有笑，陷入沉思之中。
努尔哈赤接着又对大家说道：“各位也得当心啊！从朕以下，皇子、皇孙、各位大臣，大小头目，将领等，人人有份啊！那位整日闲得无聊的朱翊钧，企图用这种卑劣的暗杀手段，恐怖行动，来得到他在战场上所得不到的东西，到头来也不过是黄梁美梦一场空啊！”
大臣额亦都气愤地说道：“自古以来，搞这种恐怖手段的人，很少有成功的。只要咱们上下一心，团结一致，形成铜墙铁壁，任何阴谋诡计，狡猾的伎俩，必将自取灭亡！”
大臣费英东也说道：“俗话说：”有事不可胆小，无事不可胆大。‘只要咱们擦亮眼睛，遇事谨慎，提高警觉性，就能逢凶化吉，遇难成祥，百事顺利！“
说到这里，费英东转过脸去，对他的儿子费格拉哈谆谆嘱咐道：“你要意识到自己肩上担子的沉重，可不能大大咧咧、毛手毛脚啊！”
自此以后，对努尔哈赤的保卫更加严密了，赫图阿拉城不仅白天警卫森严，夜里更增加了巡逻人员。
白天，何和理与邵魁领着人各自巡哨、检查；夜里，满浅与皇太极在内城、外城巡逻，费格拉哈对努尔哈赤的饮食起尽进行全面负责，其父费英东有时也自动参加了警卫活动。
因为警卫工作严谨缜密，杨镐派到赫图阿拉的四位刺客，终被何和理等诛杀。杨镐也终于放弃了刺杀始尔哈赤的计划。
努尔哈赤对万历的“悬赏”与刺客的袭扰十分恼火，便将一名被掳来的汉人，割去双耳，令其鲜血淋漓地送信给万历皇帝。
在这封措词强硬的信中，他说道：“……若以我为非礼，可约定战期出边，或十日，或半月，攻战，决战；若以我为合理，可纳金帛，以图息事！……”
万历皇帝看信之后，气得说不出话来，只写了两句话，八个字，作为回答：“调兵遣将，犁庭扫穴”。
于是，双方的战争气氛日益紧张，战事已不可避免了。的明廷虽然积极主战，但是兵饷不济，将不出关，兵不听调，困难重重。
明廷原定万历四十六年，即天命三年六月出兵，不得不一再延期，直到八个月之后的万历四十七年，即天命四年的二月，酌定兵马，兵分四路：
以杜松为主将的西路，即抚顺路；以李如柏为主将的南路，即清河路；以马林为主将的北路，即开原路；以刘綎为主将的东路，即宽甸路。
明廷又胁迫朝鲜出兵，其官兵一万余人归刘綎节制，属东路军。明朝四路兵马八万多人，加上朝鲜援兵，共有十万多兵马。
六月二十一日，明朝兵马大元帅杨镐在辽阳练武场誓师，他宣布军纪、军令如下：
若有迟误军期或迟留不进的，大将以下者论斩；官军有临战不前的，立即斩首；
当敌人败走以后，准许割取敌人首级报功；
若是敌军未败，就先行争割首级的，无论官兵，立即处斩；等等。
杨镐共申明军令、军纪一十四项，官兵有违令者，立即斩首。为了杀一儆百，以振军威，杨镐拿出尚方宝剑，命令道：
“将那个在抚顺官失守时，临阵脱逃的指挥——白云龙枭首示众！”
在论武场的东南角上，有一个断头台。刽子手把白云龙绑在柱子上，刽子手的大刀一挥，白云龙的人头骨碌骨碌滚到断头台下边去了。
传令兵走上前去，把白云龙的人头挂在台边的柱子上。
经略杨镐鉴于十万大军整装待发，也觉得胜利在握，灭后金不在话下，公开扬言道：“鞑子若要与官军相抵，势必以卵击石，如飞蛾之投火也。”
于是，二月二十四，即在出兵前夕，杨镐头脑发热，竟派遣女真人一名，前往后金去下战书。
书中号称出动大军四十七万，三月十五日将分别挺进，公然把进军日期通知努尔哈赤。
一向善于用兵的努尔哈赤接到战书之后，及时召开会议，他在会上说道：“后金国一定要与明朝打仗了，希望各贝勒大臣们作好准备，是厉兵秣马的时候了！朕的原则还是那句老话：恁尔几路来，朕只一路去！”
为了及时、准确地了解明军的动向、部署实力等情况，努尔哈赤要求负责情报工作的何和理、满浅等，把在抚顺关掠来的汉人，选出一部分进行认真训练，让他们化装成各种生意人，或是货郎、叫花子等，到关内外的明朝的各地搜集、索取军事情报。
努尔哈赤亲自去察看地形，在明朝军队将要进军的牛毛岭一带，布置士兵砍伐大树，设置路障，根据地势的险劣，分别布署兵力。
在浑河边上，他亲自下水测试河水的深度和河水的流速，对部下说：“四路军是明军的主力，这浑河是他们必经之道，要让这浑河成为埋葬明军的坟墓！”
皇太极提出自己的建议：
“先在浑河上游筑坝蓄水，等明军涉河时，再掘坝放水；另在附近埋伏一支人马，趁他们渡河时袭击一下，可以挫伤他们的锐气！”
努尔哈赤听后，当即答应道：“与朕的想法一致，就如此办吧！”
战前，努尔哈赤把一切准备工作做得有条不紊，为打败明军创造了各项有利条件。
明军各路兵马于二月二十一日誓师之后先后出边，可是十六月开始，天降大雪，到处冰水雪地，兵马无法通行，只得又停下来。
两路军总兵杜松，为人正直，敢于直言，身上的刀痕与箭瘢多处，从不贪财惜命，大有名将廉颇的风度。他对杨镐的“分兵合击”提出反对意见，遭到杨镐的忌恨，心中郁郁不乐。
东路的总兵官刘綎，多次向杨镐申请征调川军，也遭到杨镐的拒绝，不予办理。
身为统帅的杨镐，对部下的合理建议与要求，充耳不闻，又骄躁寡谋，盲目乐观，只是催促进兵，置天时、地利和人和于不顾，强行安排四路大军出师的具体时间为：
西路沈阳、开铁两路于三月二日到二道关，合营后再分路向赫图阿拉进军。
四路大军务必在三月三日会师于赫图阿拉，率先到达战地的以炮声为号。但是，杨镐作为全军统师，不知彼，不知己，又不听谏言，不熟悉地理，不察敌情，又不亲临战阵，还在沈阳坐台点将，又怎能将战争引向胜利呢？
且说杜松领兵于二月二十九日到达抚顺宿营，为了按时到达杨镐指定进军日期，不得不下令士兵手持火把，星夜急速进军。
这就为努尔哈赤的伏击提供了有利条件。
杜松军的监军张铨，虽是读书人，却遇事多谋，作风正派，他向杜松建议道：“如此昼夜急行军，士兵疲劳太甚，万一误入敌方险境，后果不堪设想。”
杜松说道：“若是误了杨镐规定的军期，又将奈何？”
于是，大军来到浑河边上，杜松急令兵马连夜过河。
都司刘遇节也向杜松建议道：“张监军的话很有道理，如夜半三更渡河，一旦敌兵袭来，我大军将首尾不顾。”
但杜松怀着对杨镐的满腹怨愤，带着求战心切的思想，不听二人规劝，反而轻蔑地说道：“大兵义旗东指，谁敢犯颜？何况杨镐的兵期切近，哪有停下来的可能！”
杜松说罢，急令士兵试探浑河水势，选择渡河地点，不多时，探马来报告说：“河水不深，仅及马腹，河中还有小船数十只哩！”
杜松听了非常兴奋，他一边举杯痛饮，一边时众将领高声地说道：“这真是天人齐助啊！”
于是杜松将军弃船不坐