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在教育子孙严禁张扬骄奢等种种邪心之余，徐阶的踪迹出没佘山慧日寺、广富林知也寺、东门外的修身庵，与圆宝和尚、小知也、四空品茗参禅，诗棋相娱，颇为自得。
万历二年（公元1574年），长房长孙徐元春赴京应试中了进士，举家大喜，但徐阶处之泰然。松江府、华亭县皆欲前来贺喜，徐阶一概谢拒：“劣孙侥幸得中，不敢劳动父母官玉趾；尤不当启劣孙骄奢之心。敬祈谅鉴！敬祈谅鉴！”遭难时为数不多的雪中送炭的亲朋、避之犹恐不及的亲朋，都一齐拥来致贺，徐阶开门延客，待以酒食，贺礼一概拒却。赴京以后，徐元春授任刑部，徐阶忧心忡忡，似乎从孙儿的身上看到了自己的影子，自己如此倾心为国，致仕后连遭大难，宦海险恶，吉凶莫测。徐元春赴任前晚，老眼昏花的徐阶学自己的祖父，给孙子挥笔写了铭语三条：“毋躁进，毋上人，毋标榜立门户。”徐元春敬受，赴任后就将此三语置于座右，“朝夕讽览，率循维谨”。
到了万历六年（公元1578年），高拱去世。同年正大刀阔斧推行改革的张居正的父亲去世，拟告假回籍守制，又恐继任者不良于事，致轰轰烈烈的改革大政搁浅，便修书一封，驰送恩师，有意请恩师出山，再任首辅。这是徐阶恢复名誉的极佳机遇，但徐阶厌倦了，复书婉拒。以致张居正不得不“夺情”，也就是因国事紧要而不返乡守孝，继续任职，留下恋栈的话柄。
一年后，多灾多难的苏松地区突发大水，吴淞江又严重淤塞，沿江八十里，一片汪洋，“平原十里，巨浸渺然。豆麦秧苗，无一存者”，灾民如过江之鲫，携妇将雏，拥入府城。
有人盼海瑞：“当年海大人……”有人责海瑞：“疏浚没几年，怎又……”
独无人看到，此次水灾，极为凶险，十万灾民，命悬一线！
徐阶听得门外喧嚷，不禁又想起当年围府景象，便问左右：“府外何事？”徐Ц嫠担骸拔怃两偃狗⒋笏蠼稚显置裨禹常秽淮浮！毙飙＇话音刚落，徐阶便拄杖起身道：“驾舟，Ф嫖敢还劬烤埂！毙飙＇阻拦说：“父亲耄耋之年，不良于行……”徐阶摇手道：“人命关天，为父怎能安坐？”父子俩驾舟一路行来，但见“十里平畴，顷成巨浸”，浩渺大水中，梁木、盆桶杂用之物，随水漂浮，无数灾民，涉水而向府城奔去。徐阶不免叹息连连。
灾民拥入城中，熙熙攘攘，逢人乞讨，而官府却迟迟没有赈灾之举，富户乡官也不似往年踊跃施粥，灾民坐卧大街小巷，哀声动地。
是夜，年已七十有七的徐阶，辗转难寐，他分明知道，此次大灾，官府施救无望了。
官府何以不施救，富户何以不施粥？那就说来话长。
须知明代江南应天十府，自有其自然形成之社会生态，尤其是苏松地区，乡官多，富户也多。富户乡官盘剥百姓也罢，勤劳致富也罢，每逢饥荒之年，或出于同情，或迫于舆论，都会捐钱捐粮，开粥厂施粥，救灾民于水火；而官府则动用府库钱粮，予以赈济，这已成一种常态。但到了万历七年（公元1579年），情况已大不同。官府库藏空虚，尚未恢复。当年海瑞疏浚吴淞江，工程款皆地方自筹，甚至寅吃卯粮，苏松库藏已被掏空，尚未缓过气来，自然无力赈济。至于富户乡官，则或因退田，或因遵海瑞之令仅留口粮，其余皆借贷民间，内囊也罄了。
此中内情，徐阶心中了然。当年海瑞迫富户贷粮，徐阶深知其弊，致书知府衷贞吉称：“那海瑞为民的心思很恳切，但他逼迫富户出借粮米，引来奸诈者趁火打劫，他们把富户留存的口粮都指为余粮，强行借贷，把富民掏空，富民怎么存活呢？富民不是民吗？更兼奸诈者今日拥入富户甲家，明日拥入富户乙家，富户掏空，老实贫困的老百姓只能坐以待毙了。这岂不是利奸诈而毙良善吗？”可见所称富家，当年也“罄其所有”了。
当晚，徐阶披衣掌灯，文不加点，挥毫书写《上太岳少师乞救荒书》，恳请时任首辅的学生张居正伸援手，救万民。在书中，徐阶描述了惨不忍睹的水灾情景，阐述了“苏松之人，素习耕作，一失农业，便无可谋生”的危害，哀诉了受灾百姓希望官府发粮救济，可是官府的库藏早已空虚，想到大户家借粮，大户家的粮仓早已枯竭，想到邻县行乞，可是周边都遭水淹。肯求朝廷破格减免应征赋税，发粮赈灾。首辅张居正拆阅《上太岳少师乞救荒书》，不敢怠慢，立即复信恩师，称苏松地区久雨成灾，百姓遭溺的原因都是因为执政者不称职所致，对海瑞应天之政做了批评，解释了朝廷迟迟未有举动实因需要调查受灾程度，最后决定减免松江当年税收一半，地方税收也减半，马价银、颜料银、马草银等苛捐杂税一概豁免。统计下来，仅松江一府，减征大米二十二万石，同时发粮赈济灾民。
朝廷恩命下达，苏松官民皆松了一口气，松江百姓每家每户都沾皇恩，减轻了负担，更是以手加额。酒肆、茶楼等地，人们交相传说徐阶上书请求救荒的事情。没料想这个被海瑞搞得灰头土脸，被高拱整得家毁人亡的衰朽老头，竟也有一副菩萨心肠，又有这么大的能耐。
过问了灾情，徐阶的生活又重归平静。
一天，小知也送来请柬，称知也寺来了位山水云月心禅师，来了位地仙黄桂峰，特相邀一叙。徐阶得书，命舟前往。不知有意还是无意，四人的相聚，小知也竟安排在方丈室内。此地正是六十七年前，少年徐阶拜见知也僧的地方，徐阶不免触景生情。但见那山水云月心，鹤形猿臂，生相奇特，左右两条雪白长眉，垂于两颊；地仙黄桂峰，虽瘸一腿，两目却很有精神，光芒四射。
坐停奉茶，谈天说地，说起当年知也僧四句偈语，徐阶大为感叹，居然是句句应验。说话之时，见一蝇子，停于果盘上，谁也不去拍打，徐阶挥手赶走蝇子，那鹤形高僧笑对徐阶说：“依老衲看来，施主皮相平常，施主一副骨架，很是出奇。”徐阶心头小鹿一撞，往年梦中吕洞宾换骨之事，从未向人提起，那鹤形僧从何得知？怪哉。于是，将梦中换骨之事据实以告。谈话间，忽见那只蝇子，又复飞来，停于果盘之上。鹤形僧指着那蝇子笑说：“列位可见这蝇子，停于果盘，撵飞了一大圈，竟又重返原处，大千世界，芸芸众生，莫不如是！”徐阶惊悚地说：“大德所言极是，想老夫六十七年前至此，宦海沉浮，转了个大圈，今又复归此时，与那蝇子毫无二致。”地仙黄桂峰笑着摇头说：“施主与那蝇子同中有异。”“异在何处？”“施主起点不在此地，何云飞去复来？”徐阶默然，心想，是啊，我生于浙江武义父亲任上官邸。正想间，那鹤形僧说：“依老衲看来，施主之归宿，似不在此，施主生于浙江，百年之后似应归于浙江。”徐阶惊异之余，连忙摇手称：“不可，不可！某曾有言，与发妻沈氏同葬。”鹤形僧劝道：“施主百年之后，尚有四百年之阴灾，声名狼藉尤过于海瑞、高拱之灾！如葬于浙，则四百年后你桑梓中之异代知音，将还你清白，你之冥运，自然否极泰来。”徐阶推一推身旁的小知也，想听听小知也的高见，谁知小知也端坐不动，细细一看，竟圆寂了。
见小知也圆寂，徐阶心中咯噔了一下。知也僧“小知也今生与你有缘”，言犹在耳。小知也去了，自己恐怕也不久人世。他已经想穿了，决定死后埋骨深山，他不怕死了，“岂向浮生畏有涯？”
参加完小知也的葬礼，徐阶与鹤形僧、黄桂峰挥别，知来日无多，归家后加紧整理旧文，编辑成书，取名《世经堂集》，同时委托黄桂峰落实葬地，最终决定在湖州长兴县东北山地惟新里买地，营造生圹，即日动工。闲时则“杖策日应临竹屋，赋诗时复坐江沙”。哪里知道，万历十年（公元1582年）六月十二，力推改革的一代名相张居正忧劳去世。惊闻噩耗，徐阶悲痛万分，扶着病体为学生撰写祭文。这祭文，可称徐阶的封笔之作。
万历十一年（公元1583年）春，徐阶病重，而惟新里生圹已成。徐阶唤来老妻张氏，儿子徐А⑿扃⑿扃鏊担骸拔衣攀艹⑸痛停篮蟛灰讼虺⒂兴肭螅豢裳寺埃俪莆耷朐幔蚯氤⒋驮幔凼赖撩Ｄ骨安蛔冀ǚ弧⒔ㄅ坡ァ⒔ㄍぬǎ鹨橛瘢桓挪挥茫膊蛔龇鹗隆Ｎ冈诔臼佬至艘簧币园簿参恰！狈愿酪驯希词樾葱旁蚓捎晷屡笠灰桓嬷约貉≡嵴憬莸那橛桑约旱囊簧暇浜拧！�
八个月后，徐阶病逝。得此消息，万历帝十分“震悼”，为之暂停朝会，下旨设十二坛祭祀亡灵，又命工部郎中余君寅赶赴长兴为徐阶治丧。同时按照《谥法》，追赠徐阶谥号为文贞。“文”赞的是徐阶的道德高尚，名闻天下，“贞”肯定徐阶拨乱反正之功。并称与历史上同样赐谥文贞的唐代魏征、前朝杨士奇相比，徐阶之功“有过之而无不及”。
一代名相，远离故士，远离父祖兄弟发妻，孤葬浙江，魂归长兴，所为何来？
因为他尚有余惊，家乡的民风并不似海瑞所谓“刁风盛行”，倒是比较淳厚，但海瑞的退田之举，兴讼之举，加以蔡国熙怂恿状告徐府便可升官之举，引起了兴讼狂飙，把淳厚的民风引向了浇漓。如葬在家乡，日后再来个江瑞、再来个张国熙，恐怕坟茔难保，尸骨无存。从徐阶《湖州买葬地成，走笔报山水并诸朋旧二首》可见其情。其一云：“长兴东北惟新里，翠竹苍松六尺丘。峰列乙辛相对耸，水环丁