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内利比她著名的哥哥活得长久。她在列克星敦一家私人医院里久病不愈，1956年1月24日去世，享年83岁。在一则简短的讣告里，既没有提到她哥哥托马斯·亨特·摩尔根，也没有提及她伯父约翰。亨特·摩尔根。不过，在同一版上，有一则占四分之一版的推销肯塔基威士忌酒的广告，画着一幅“南军雷神”的肖像。他们希望约翰丸十多年前的英雄业绩仍会有助于为威士忌酒打开销路。
莉莲·摩尔根把一天的生活安排得紧紧凑凑，加之家里还雇有三、四个佣人，所以在她生了孩子，甚至生了第二个孩子以后，仍然每天在实验室里工作几个小时。但她生第四个孩子时已超过不惑之年。从那以后她就退出了实验室。不过，阅读有关学科的文献仍未间断。她每天都在跟踪果蝇研究的进展。，她把大部分精力用来使摩尔根不致为家务和生活操心。孩子们的教育也主要由她负责。她教女儿们使用针线，教霍华德木工活。她年轻时就设计过各种家具，叫别人去做，现在她和霍华德亲手做了几件。两个小女儿，即小莉莲和伊莎贝尔，一直留在家里，直到一个七岁，一个已满九岁，才让她们一道去上三年级，主要原因是她认为冬天把孩子关在室内是件难受的事。孩子们都上私立学校。莉莲鼓励四个孩子都学音乐，虽然全家一致认为这一家人缺乏音乐禀赋——包拾他们的妈妈在内。不过，她一辈子始终坚持每周练小提琴，常有朋友弹钢琴伴奏。
在摩尔根家里，生活一直是舒适的。确也理应如此。摩尔根毕竟与约翰·皮尔庞特·摩尔根同属一个家族。除了薪金、版税和大笔大笔的讲课酬金之外，摩尔根夫妇还有股票和公债的收入。但摩尔根从不夸耀自己的富有。他有时穷得破破烂烂。即使是那些人们经常谈到的他慷慨解囊的事也是悄悄做的，通常不留姓名。这个家，一方面生活优裕，丰衣足食，佣人成群，另一方面也厉行斯巴达式的节约。比如，有个孩子回忆当年的情况，他们拖到圣诞节前夕才去买圣诞树，因为那时圣诞树已跌价了。
1920年，摩尔根享用在哥伦比亚大学的第一个体假年。夏天，他们到了座落在帕西菲克格罗夫的斯坦福大学霍普金斯海洋实验室；秋季开学时他到了斯坦福大学。翌年夏天，他是在伯克利的加利福尼亚大学度过的。自从十七年前汤姆和莉莲在帕西菲克格罗夫度过蜜月后，他俩从没有一道走过这么远的路程，也没在外面住过这么久的时间。孩子们更不用说了，他们的生活局限在伍兹霍尔与纽约之间，甚至连肯塔基的老家也没去过，这一次简直是大开服界。他们从阳光之乡加利福尼亚的纯朴的孩子口里，而不是从自己当博物学家的父母那儿获得有关生物学的知识，这还是破天荒第一遭。与此成对照，莉莲给他们的讲解往往深奥难懂。此外，新的生活也打破了一家过去刻板的作息制度，有了机会到新世界历险。他们到帕西菲克格罗夫后买了一辆奥弗兰牌轿车，霍华德同妈妈一起照着使用说明书学着开车。他很快就学会了，十四岁就成为正式司机。摩尔根本人对开车这类事既无时间，又无兴致。此外，他也知道，无论是哪个地方，只要他想去，都可以让他的太太或某个学生甚至某个同事为他开车。
有了车，对于莉莲和孩子们是做梦也没想到的方便和自由。这一年，住房是租来的，生活起居不同于往年，他们利用多次野营的机会认识加利福尼亚。他们的父亲只去野营过一次，那是一次精心组织的只有男人参加的野游。他平时推托不去，总说工作太忙，抽不出时间。不过孩子们有些怀疑，也许部分原因是他不愿打破自己的生活规律，喜欢家庭的安适环境，晚饭后个人坐在逍遥椅上（这椅子是谁也别想坐的）抽一支雪茄，晚上看看杂志，然后坐在灯下写他的文章。他也舍不得离开从哥伦比亚大学带来的学生和同事，他们许多人在这横越全美的旅程中始终跟随着他。
1921年回到纽约后不久，在他们的生活还没有完全恢复旧秩序之前，莉莲认定她的家不再需要她过问得太多。孩子们都上学了，家务安排得井井有条。于是她回到实验室，每天工作五小时左右，早上，孩子们上学去了，莉莲陪着丈夫步行至谢默霍恩大楼；中午，两入又一道回家，同两个最小的孩子共进午餐。
莉莲定会觉得有点不自在。在哥伦比亚大学，生物系的女研究生们的处境本来就够尴尬了，她们不是在蝇室里面那间外人不得擅入的房间工作，而是在外面一间打外围战。女研究生也从未应邀参加摩尔根每星期五晚上举行的生物学研读会，不过，似乎并没有因此就减少了她们对摩尔根的崇拜。而比起女学生来，莉莲的处境更为难堪。在实验室里，实际上根本没有她的位置。她不是学生，不是人们有时认为的那种丈夫的助手，也不是个真正的同事。她干工作是无偿的，而她之所以使用实验室的材料和设备，完全是靠一种默契。她的研究题目虽然与摩尔根或小组中某个成员的课题相近，但彼此互不相关。
1921年，她已五十开外，常板着一副面孔，头发往后梳得平平整整，戴着一副夹鼻眼镜。好些学生对她怀有敬畏，不知在实验室应该怎样同她打交道。但莉莲一心一意搞她的果蝇研究，而且十分在行。慢慢地，学生们认识到她本质的一面：心肠好，待人宽厚大方。她与丈夫不一样。摩尔根如果心情好，可以表现出南方人特有的平易近人，但如果碰上心绪不佳，他也可能表现为恶作剧的粗鲁无礼。莉莲呢，要同她接触一段时间才会对她产生好感。不过，她对有些学生的妻子简直像慈母般地关怀，特别是外国学生的妻子。除此之外，她同许多人结下了友谊。
虽然她同蝇室不存在那么正式的关系，但她积极参与这一奇特的老是乱哄哄的实验室中的信息交换。有一天，她发现她显微镜下那只果蝇是个新的突变，但这家伙一转眼就不见了。大家一起在地板上找来找去，以为果蝇被从玻璃片上碰了下来。但莉莲推断一定是麻醉剂药性已过，果蝇苏醒后飞走了。果蝇性喜光。于是她走到窗口，果然一下就把它认了出来——这件事说起来容易做起来可就难了。因为这间屋子任何时候都有好几十只果蝇在逃窜，甚至还有发酵香蕉和垃圾桶招来的野蝇。
这只果蝇经证明是个非常特别的雌蝇，因为它的后代违反了通常的伴性性状的交叉遗传方式。像人类的色盲和果蝇的白眼性状，一般是儿子从母亲那儿继承伴性基因，女儿可以从父亲也可从母亲那儿继承伴性基因。这一只雌蝇腹部是黄色，是同白眼一样的伴性隐性性状。同正常雄蝇交配，所有的雌性后代都同母本一样具黄腹，而所有雄性后代却与父本相同。这恰巧与预料的相反。最合理的解释是，这只雌蝇的染色体是XXY。两个调染色体连在一起，所以卵子有两种类型，一为XX，一为Y。这两种卵子可能与带X或Y的精子结合。YY不能成活，而XXX（超雌）生活力很弱，容易死亡。剩下的多半为两种：一种是XXY，雌蝇，它们没有从父本得到X；另一种是XY，雄蝇，它们的X来自父本，即X连锁基因。细胞学检查证实了杂交实验的结果。
这个实验也证实了布里奇斯的性决定平衡理论，即性别不仅仅取决于X或Y染色体的有无，而且取决于受精过程中X染色体与常染色体之间的平衡关系。摩尔根夫人在致友人的信中兴致勃勃地写道：
这是只黄腹雌蝇。看来，在细胞分裂的某一时期，亲本的黄染色体没有分为两半，于是产生了嵌合体。至今已经过三代，从未产生分离。这种解释是基于这样的事实：不论怎样交配，所有的雄蝇都同父亲相像，而所有雌蝇连续三代都具黄腹。如果我们的解释是正确的，那就可以预期F1雄蝇全部不育。而事实果然如此。出现了几只像布里奇斯先生的3XXX雌蝇，它们稍微有点“异常”，而且表现出黄色基因与来自父本的X结合而应产生的颜色。
在20世纪20年代，发现的新基因突变或新染色体突变日渐稀少。这一方面的研究已经接近尾声。当年促使摩尔根转而研究遗传学的那些问题肯定已得到他认为满意的解答。他的洋洋洒酒的论文和专著中的语气好像是宣布：现在是整理材料、对果蝇遗传学研究做总结的时候了。
摩尔根在哥伦比亚大学的最后几年中，由于他的成就而得到许多报偿：他的著作一版再版，而且译成多种文字；他获得种种荣誉学位，并被授予高官厚禄（比如，1927年被任命为美国国家科学院院长）。但是，最能说明他享有的威望的是世界各地的科学家川流不息地来到摩尔根的实验室。有的是来交换意见的，例如，兰茨泰纳和莱文1927年发现MN血型后来到美国，希望摩尔根帮助他们从遗传学上加以论证。另一些人，如从英格兰来到蝇室的威廉·贝特森1922年所说的那样，只是想来“看看哥伦比亚的奇迹”。摩尔根的实验结果一次又一次地被别人证实和承认。最富戏剧性的也许是贝特森的转变。直到他亲自来到蝇室之前，他始终不相信基因确实是染色体的组成部分。显然，如果例外的东西是属于你自己的，它们就比较易于受到珍惜。后来，贝特森到了多伦多，在第三届国际遗传学大会上讲话。在《科学》杂志第50卷（1922年1月20日出版）第55…61页上有这样两段话：
关于合子（即受精卵）中特�