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摩尔根后来常常宽厚地提起肯塔基州立学院。他承认当时的条件的确简陋，但“为我们打下了坚实的基础”，“聘用的教师之出色令人惊叹”。但摩尔根在校的那几年里，这批出色的教师们的观点却有很大分歧。彼得博士反对任用另一名教师以加强薄弱的化学、动物学、植物学和兽医学等课程。学院院长詹姆斯·帕特森却认为彼得博士没跟上化学的发展，在课堂上讲的都是五十年前的旧货。他甚至在公开的场合说出这种看法。他说，事情还不只如此，彼得博士已半聋半瞎，无法控制学生，以至课堂上总是乱作一团。这场争执是摩尔根在校时发生的，1887年他毕业之前才算了结。结果彼得以晋升“荣誉教授”为名受到排斥。他可以保住自己的实验室，但不得再上讲台。
汤姆毕业后第二年，克兰德尔教授泄露了他对该校理科教学的安排是否成功所抱的怀疑。不幸的是他说这种知心话找错了对象，这位朋友是报社的记者，邻近一个小镇温切斯特一家报纸报道说学校管理不善，理学系尤其糟糕。1889…1890年度州立法机构开会调查，克兰德尔和帕特森在会上互相攻击，语言尖刻。克兰德尔坚持说帕特森院长完全忽视了理科，而帕特森反驳说他井没有忽视，只有克兰德尔这种“半瓶醋的新英格兰佬”才会提出这样的责难。帕特森虽然勉强承认了克兰德尔在教学上有一些优点，但总的来说，他觉得理学系要是没有克兰德尔反倒会办得更好些。
除了开设课程门类不多以及理科教员与学院行政领导之间的摩擦外，摩尔根在大学里还有他自身的难题。作为南军雷神的亲侄子，如果碰到的老师和同学是同情南军的，这当然是好事；如果他们不是南军的同情者，事情就不好办。就拿汤姆的法文老师来说吧，他在北军里当过兵，曾在摩尔根袭击队的逼迫下骑着骡子从辛辛那提后退了九十英里路到列克星敦。据说，由于怀着对汤姆伯父的宿怨，他差点给汤姆打个不及格。
对于约翰·亨特·摩尔根，彼得博士也有一些不愉快的回忆。约翰曾在特兰西瓦尼亚大学念书，当时彼得是那儿的教员。约翰·亨特精力过于旺盛，喜欢冒险，无法再读下去。但这个退学生对于自己从前的老师总是十分尊敬。可惜内战开始后彼得成了一名坚定的联邦主义者，挥起军刀对南军袭击队毫不留情。又由于彼得博士是列克星敦联邦军医院的外科主治大夫，每次南军临时攻占了这个城市的时候，摩尔根将军就认为必须把彼得博士拘留起来。不过，彼得博士还是喜欢汤姆，他是他儿子的好朋友。有一回，他让两个孩子一起做甜菜选种实验——当时这被看作属于化学或栽培研究，现在应归入遗传学的范围。
托马斯·亨特·摩尔根获得了肯塔基州立学院1886年授予的唯一的理学士学位。教员们以五票赞成、四票反对选定他为毕业生代表，在毕业典礼上致告别词。威廉·普鲁伊特获得另外四票，也在台上宣读致敬信。罗伯特·普鲁伊特也是1886届毕业生。
一个获得理学士学位的人能在列克星敦做什么？摩尔根心中无数。他有一次说，他之所以进入研究生院是因为不愿经商，但又不知道另外有什么事可干。在另一场合他又说，他之所以到约翰斯·霍普金斯大学是因为有位原肯塔基州立学院的理科学生约瑟夫·卡斯尔两年前到了霍普金斯。加之，巴尔的摩是他母亲的老家，霍华德一家（包括他母亲在内）当然觉得在巴尔的摩找所学校读书是很合适的。“但那时我的确不太明白，”摩尔根接着说，“他们对于在他们中间正出现一所了不起的大学几乎一无所知。我觉得，对于那座欢乐的城市中绝大多数旧式家庭，这是很有代表性的。”不过这也无关紧要。无论摩尔根当时已基本上意识到这点，或纯粹是由于幸运，霍普金斯大学对于一个学生物学的学生的确是个再好不过的地方。_
第二章 霍普金斯大学
世界的未来掌握在有能力把对自然界的解释比前人更向前推进一步的人们手中；……大学最重要的作用在于发现这样的人，爱护这样的人，充分发挥他们的能力。
托马斯·亨利·赫胥黎：在约翰斯·霍普金斯大学成立大会上的讲话
在等待霍普金斯大学1886年秋季开学的时候，十九岁的汤姆·摩尔根在位于马萨诸塞州伊普斯维湾小港的暑期学校开始了海洋生物学的学习。教学方法是个别指导，每周收费一美元，教学目的是培养班上十三名男生和十三名女生对教学工作或研究工作的兴趣。由于设在阿尼科姆的这所暑期学校翌年将成为设在伍兹霍尔的海洋生物实验室的核心，又由于海洋生物实验室同霍普金斯生物系的教师有协作关系，摩尔根到阿尼科姆去很可能是为了掌握他未来的生物学研究生学习阶段所必需的基本实验操作技术。他觉得这段工作收获很大，也十分有趣；他写信回肯塔基，说他总是庆幸自己转到了那里，而未再去搞地质调查。
不管摩尔根对霍普金斯大学抱有什么希望，他都该庆幸自己选择了这所学校，1886年该校已有十年历史，学术上的各种活动已走上正轨，在欧美教育界享有盛名。它处处都显得不同于肯塔基州立学院，也不同于美国大多数院校。
霍普金斯大学得到私人大量捐助，所以它不同于一般照联邦莫里尔法案接受国家拨地的院校，对教会的各种派别、州和地方政府的政策，对于一些艰涩课程的设置，一概不承担任何义务，也不受其制约。霍普金斯大学尤其有一位富于想象力的校长——丹尼尔·科伊特·吉尔曼，有一个信奉霍普金斯校训的理事会。这条校训是：真理使你成为自由人。所以，霍普金斯大学正式宣告成立那天晚上，它所属各学院已经解决好有关与达尔文的进化论的冲突。而其它许多大学四十年后还要面临这个问题。霍普金斯大学之所以及早处理了这一争论倒是有些偶然。英国生物学界的泰斗托马斯·赫胥黎曾应邀前未在成立大会上讲话。赫胥黎是著名的达尔文进化论的支持者，他自称是“达尔文的猛犬”。当时，在许多人看来，这个来霍普金斯讲教育问题的温文尔雅的（而且也不是不信教的）科学家，就普通的生物学而论，凡是唯物主义的东西，凡是非宗教的东西，凡是有威胁的东西，他统统都赞成。再说大学的理事会，虽然委员们全是虔诚的教徒，但他们一致决定，每次上课前做祈祷是不恰当的，于是取消了这一仪式。有一个神父这样写道：“请赫胥黎来是大错特错，邀请上帝出席成立大会会好得多。如果把他们一起请来，那是荒谬绝伦的。”待到摩尔根来到巴尔的摩的时候，建校之初进化论与神创论的激烈斗争早已被人遗忘。带有浓厚达尔文主义倾向的教师们有时还就这一题目给巴尔的摩的市民作报告，在该城上流社会的圈子里，人们喜欢把霍普金斯大学的师生邀去装点门面。所以在这种情况下，还保持着自由交换意见的气氛。
霍普金斯是当时为数不多的几所侧重于培养研究生而不注重本科生教学的学校之一。霍普金斯大学的奖学金，就其所设的数量和每人的金额来看，都远远超过其它院校，于是吸引了全国的优秀学生。他们多数是像摩尔根那样已经毕业的大学生，不需再学多少课程。
对摩尔根来说，更重要的是霍普金斯十分重视生物学。除哈佛大学以外，美国的院校对这一门学科都只触及一点皮毛。实际上，多数理科课程在当时的院校里常常不受重视，特受青睐的是文史哲。要不然，就是像在肯塔基州立学院那样，理科被束缚在农业和地质调查之类的实际应用方面。事实上，霍普金斯大学最初之所以加强生物学教学，特别是包括那么多生理学的内容，部分原因是为1893年成立医学院和医院作准备。关于成立医学院和医院的事，原来的霍普金斯遗赠的文件里有明文规定。不过，吉尔曼招聘来的两名生物学教师是强硬派，他们着手建立起一个独树一帜的生物系，在这个系里，生物学的教学和研究自成一家，对医学院学生不可能有什么用处，任何人也不能直接利用。从1876年建校到1886年摩尔根入学这十年中，校区内已建起一个新的生物学实验室，在切萨皮克湾建立了海洋生物实验室，下属两个试验站，一个设在北卡罗来纳的比尤堡，另一个设在巴哈马群岛。生物系甚至还自己出版刊物：刊名是《约翰斯·霍普金斯大学生物学实验室研究报告》。
摩尔根来到霍普金斯无异于不知不觉到了一个新的家庭。左这个小小的生物系里的几个人物门下学习，意味着他正跻身于生物学界最负盛名的学者的行列。他把大部分时间用于学习当时开设的两门基础课——生理学和形态学。教他生理学和普通生物学的是系主任亨利·纽厄尔·马丁。马丁博士是苏格兰人，剑桥出身，曾在迈克尔·福斯特门下学习生理学，在托马斯·赫胥黎门下学生物学，并同赫胥黎合写过一本基础生物学著作，成为当时普遍采用的教科书。摩尔根学形态学时的主讲教师是个身材矮胖、穿着随便、爱嚼烟草的美国人，名叫威廉·基思·布鲁克斯，他在哈佛念书时是博物学家和动物学家阿加西斯父子的门生。布鲁克斯参加过阿加西斯筹建海洋生物实验室的工作，也曾是闻名遐迩的那不勒斯海洋生物试验站的成员。摩尔根就读于霍普金斯大学期间还陆续来了一些教员，相应地带来了他们的传统和影响，还有许多学界名流来校讲学。摩尔根的许多同学推动过学校的发展，他们也成了终身的朋友和同事，其中著名的有E·G·康克林和R·G·哈里森。摩尔根还在霍普金斯校�