那年9月下旬，摩尔根年满二十五岁。他蓄了胡子，使他看上去要老相一些，但显得更有气派。秋季开学时，摩尔根从巴尔的摩的霍普金斯大学赶到它离费城不远的姐妹学校布林莫尔学院，去接替埃德蒙·威尔逊的工作，身份是生物学副教授。威尔逊则动身去欧洲参观那不勒斯动物试验站，在欧洲呆了两年，准备扮演新的角色，然后去哥伦比亚大学工作。
第三章 布林莫尔学院
如果地球上之最初出现生命并最终发展为各种人种需要奇迹，那么，每次由卵子发育成为成体生物也需要出现同样的奇迹，或另一次奇迹。
托马斯·亨特·摩尔根
布林莫尔学院原来是由公谊会的教徒于1885年创办的，目的是为妇女提供与青年男子同等的受到高等教育的机会。虽然摩尔根即将离开霍普金斯这个男人的一统天下，去到布林莫尔这个女人的世界（只有教师可以是男人），他也不会感到拘谨。这不仅因为他去接任的是霍普金斯的老校友威尔逊，而且因为该校的首批理事会理事和教师中有不少人出身于霍普金斯，以至于布林莫尔常被人谑称为“约翰斯·霍普金斯女校”或“简斯·霍普金斯学院”。它的教学计划基本上是从霍普金斯大学抄来的。当然，一个生物学女研究生在布林莫尔上学，所受的教育必定同上霍普金斯大学差不多。至于本科的女生，她们可以到巴尔的摩去上高切尔学院。经系主任马了同意进入霍普金斯生物学实验室的唯一女学生不久就被校长吉尔曼逐出，理由是“生物学实验室是进行有关动物的生命进程的实验场所，不宜于青年男女混杂在一起学习。”
摩尔根有生以来第一次面对课堂上的学生，而且每天都得去教室讲课。本科生和研究生的生物学教学由四人分担。摩尔根是生物学副教授，雅克·洛布是生理学和生理心理学副教授。摩尔根在伍兹霍尔时就结识了洛布，两人在学术上终生交往甚密。另两名教师，一个的专业是生理学，还有一个是植物学。
摩尔根每周五天有课，每天至少上两次，一次讲高级生物学，另一次上普通生物学或普通动物学。他又开设了胚胎学系列讲座，每周一次；还负责这些课程的实验室工作，指导博士研究生的研究和博士论文。他组织了一个两周一次的学术沙龙，漫谈近期发表的物学文献。
要应付这么繁重的教学任务，最省事的办法是年年期期都讲同一内容，照本宣科，周而复始——但摩尔根不这样做。相反，他却愿意对课程内容有所修改，以反映他自己的研究成果。1894至1895年在那不勒斯呆了一年之后，他回国来就这么教书，尤其是在研究生的课堂上。
作为一个教师，摩尔根与威尔逊的风格迥异。威尔逊在布林莫尔执教六年，讲课总是经过周密思考，层次分明，顺理成章。摩尔根的口头禅却是：别管教学。他后来又把这样的信条传授给他的得意门生们。
大约十年以后，摩尔根发觉他在哥伦比亚大学生物学实验室的一个研究生费尔南达斯·佩思全心全意扑在教学上，他就取笑说：“你得当心呀，要不然你会变成个教务主任了。”在摩尔根看来，真正有价值的工作绝不是在课堂上，而应该是独辟蹊径的研究。他的课堂教学多半同他写书一伴，是利用这个机会把头脑里思考的东西用语言表达出来，系统阐述他目前对某些问题的看法，介绍最新的研究资料。一部分学生被这位教师在实践和理论上的旁征博引弄得稀里糊涂。他讲课时随兴所至，杂乱无章，而且还常常迟到，有时干脆不来。但另一些学生简直对摩尔根和他讲的生物学着了迷。他有热情，有才学，能使有兴趣的学生认识到生物学的广阔天地和多种多样的实验方法。而且，他舍得花时间。你要是有问题需要讨论：随时可以打断他的话。这样，他轻而易举就赢得了大批追随者。他外出度假期间，这批学生总是十分想念他。他们说：“这位新来的教师真棒，但在实验室里从不请我们喝喝茶。”
摩尔根在布林莫尔的头三年生活得很快活。网球场上经常可以见到他。学校里的各种集会他多半都要参加，虽然不常跳舞，但吃糖果点心却是尽心尽力的。
与此同时，摩尔根的家庭关系也基本定型，这种关系贯穿于他的一生。他成了母亲和妹妹的特定保护人，对她俩关怀备至。不过他从不去看望她们，而是她们来看望他。对大、小查尔顿，他比较淡漠，同他俩没有多少共同点。
摩尔根的弟妹都没有继承长兄那样的智慧和抱负，也不及他走运。内利1891年报考布林莫尔学院落榜，翌年又考，被录取上了，因而置于摩尔根的卵翼之下。他一方面决心要她养成独立思考的习惯，一方面对她有种老大哥的威严。他谆谆教训她，说必须学会自己用脑子；但在火车站，她却一定要在女宾室里候车。内利在布林莫尔学院三天打鱼、两天晒网，然后又因“健康欠佳”而中途辍学，始终没有读完。之所以改变了先前的计划，部分原因是她对于脑力劳动缺乏热情，又太丢不下亲爱的妈妈。虽然汤姆大哥为她作了种种安排，虽然一长串追求者希望她留在学校，但她仍回家去，一直和妈妈生活在一起。内利在布林莫尔那段不长的时间里，妈妈经常来探望他们兄妹俩。当时，小查尔顿从肯培基州立学院商科退学，在圣路易斯的密苏里太平洋铁路公司供职。他觉得坐办公室枯燥乏味，天天给父亲写信（“并向老太婆转致问候”），催促父亲实践承诺，利用自己的威望为他在家乡谋个职位。他好像不太明白，大查尔顿的威望有限，他自己要谋个职位也还没有着落呢。
摩尔根一家两派的分歧到1893年表现得最为突出（摩尔根结婚以后，由妻子负责处理来往信件，这种歧异趋于缓和）。摩尔根的父亲那年立了个新遗嘱，一方面抱怨他母亲的遗嘱是有意对他施以惩罚，使他不但没得到母亲的分文遗产，而且对全家的财产也没有丝毫发言权；另一方面，他自己拥有的一切全归儿子查尔顿继承，说“他总是那么喜欢我，比其他两个孩子更会体贴人，更懂得感情”。
作为一名青年教师，摩尔根继续搞他研究生时代的课题，主要对柱头虫、蛙类、海鞘等进行描述性的研究。既然他关心的是胚胎学研究，海洋动物自然就成了最好的研究对象，因为它们个体小。数量多，躯体又是半透明的。但他不久就改变了研究方向。这时，他越来越相信实验方法的力量，后来他为发展实验研究贡献了毕生精力。四十年后他荣获诺贝尔奖时，说的第一句话就是：这是实验生物学的光荣。他的意思是，实验生物学与单纯的形态学研究或描述性的生物学研究是不一样的。
对摩尔根产生巨大影响的不仅有霍普金斯的同事、布林莫尔学院的雅克·洛布、伍兹霍尔的C·O·惠特曼，而且也应包括设在维苏咸火山下那不勒斯湾的动物学试验站。1890年，摩尔根朝拜了这一生物学界的圣地。1894…1895年，他得到布林莫尔学院给予的休假，到那儿搞了一年研究工作。
摩尔根沿途观光，进行学术交流，于10月抵达那不勒斯。当时，他口袋里塞满意大利钞票，手里拿着本意大利文语法书。据说，由于他父亲当年支持加里波迪政府，意大利人伸出双臂欢迎他。不过，他们的热忱不足以影响美国政府同意查尔顿出任他梦寐以求的领事职务。对于意大利人的热情欢迎，摩尔根回答说，他有心娶一位意大利公主，但没有具体说明哪一位。那不勒斯实验室里正在进行的一切更加使人心醉神迷。摩尔根为《科学》杂志撰文（载1896年第3卷，第16…18页），盛赞这个试验站像一个目不暇接的万花筒，每个月都有新变化。学生、教授、研究人员从天涯海角聚集到这里，各有各的爱好，各有各的方法。他写道：“各式各样的人物聚在一起，自然要发生思想上的交锋，互相品评。这样，人人都得到深刻印象，从中学到不少东西。”
摩尔根在那不勒斯，同汉斯·德里施及其他儿个德国生物学家一道工作。他对动物发育的实验胚胎学研究产生了兴趣。生物体的发育是复制与分化相统一的过程。无论是蛙或人的成休，都是由一个单细胞——受精卵自行复制了四、五十次后形成的。最根本的问题过去是、现在仍然是：一个细胞分裂成完全相同的两半，每个子细胞又分裂成完全相同的两半，如是反复，经过五十来次，它们所处的环境完全相同，那么，经过了这一神奇的转化过程，怎样分化为躯体的不同部分，有些子细胞变成了骨骼，有的变成血液，有的又变成了脑？
摩尔根着手研究影响卵发育的几种内在的和外在的因素，使用的是原始的鲁布·戈德堡公司的器械。例如，他用这样的方法研究重力对卵发育的影响：“由一台水动机提供动力。将一辆自行车倒翻过来，取下前轮的车胎，将一条带的一端套在马达上，另一端套在自行车的轮盘上。这样，马达带动自行车轮旋转，车轮的转速控制在每分钟12…16转。把卵放在大试管里，用橡皮塞封闭管口，然后把试管拴在车轮的辐条上……试管内几乎装满水，但上面留有一个大气泡。试管随车轮旋转，气泡随之从试管的一端跑至另一端。所以，车轮每转动一圈，管内的水和卵就来回转动两次。”
当时学术界最重要的辩论是先成论和渐成论之争。有人说性细胞注定（或预定）会变成一个完整的生物体。按照这种称之为“镶嵌说”或“先成说”的理论，每个卵子里都预先存在着生物体的雏形，此后能自动展开，成长为成体，就像巧妙的日本花球一样，一经泡入水中，就会成为一朵鲜花。与此相反，渐成论认为，个体发育取决于卵内物质相互作用的力量，而且原生质、环境同细胞核之间的�