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尽管督政府认为进攻法国的老盟友土耳其苏丹的领地埃及实属不义之举，但还是同意了拿破仑远征埃及的方案。一方面，法国在战胜大陆强国奥地利之后，迫切要求同反法联盟的重新组织者英国决一雌雄；另一方面，督政府也希望战争吸引住拿破仑的旺盛精力和智慧，以免这个令人妒嫉的、野心勃勃的年轻人在巴黎和自己作对。督政府早已看出拿破仑再也不会轻易地服从自己，签订坎波福米奥和约就是一个很好的例证。特别是1797年12月10日欢迎他凯旋的时候，他不像一个年轻的军人那样，带着激动的、感激的心情来接受祖国对自己的颂扬，而像一个古代罗马皇帝在一次战争胜利之后去参加奴颜婢膝的议会所组织的庆祝凯旋的盛会一样，态度冷淡，阴沉威严，不声不响，把眼前的一切看成是理所当然、司空见惯的事。总之，他的态度十分令人不安。这次远征埃及，正合督政府心愿，如果得胜还朝，督政府可由此巩固自己的统治。如果战死疆场，督政府可由此去掉一块心病，他们甘愿忍受失去一位才华横溢的将领的损失。远征决定了，1798年3月5日，拿破仑被任命为埃及远征军总司令。
总司令立即展开了繁忙的准备工作：巡视海岸和海军、组织远征兵团、研究世界政治局势的一切动态以及英国纳尔逊舰队活动的一切消息。拿破仑几乎是一个个地选拔远征埃及的士兵。他认识很多士兵，他有着极为惊人的记忆力，他知道哪个士兵勇敢、坚强，但经常饮酒；哪个士兵很聪明、灵敏，但容易疲劳，因为有疝气病。为了使他的军队能在烈火般的阳光下作战，能走过炎热的、一望无边的荒芜的干旱沙漠，他必须挑选能吃苦耐劳、身体健壮的士兵。他还挑选了一批高级军官，贝尔蒂埃继续担任他的参谋长，布律埃斯海军上将担任舰队司令。除此之外，还有克莱贝尔、狄舍、拉纳、贝西埃尔、缪拉、朱诺、达武、马尔蒙等一批著名将军。约瑟芬与前夫的儿子欧仁·博阿尔内也作为拿破仑的随从副官一同前往。
出于对科学和文史的广泛兴趣，这次远征还带走了许多科学研究和工程技术人员。著名的数学家蒙日和化学家贝托莱为拿破仑挑选了数学家21名，天文学家3名，民用工程师17名，博物学家和矿业工程师13名，地理学家13名，火药工程师3名，建筑师3名，设计师、绘图师8名，机械师10名，雕刻家1名，翻译15名，文人10名，印刷工人22名，并带有拉丁文、希腊文和阿拉伯文的排字字模。此外，还带有丰富的图书。古希腊诗人荷马和古罗马诗人维吉尔的诗集、卢梭的《新爱洛绮丝》、歌德的《少年维特之烦恼》、《圣经》、《古兰经》、《吠陀经》、阿里昂的《亚历山大大帝》、雷纳尔的《欧洲人在东西印度开辟商业的政治和哲学史》以及伏尔泰、孟德斯鸠的著作统统都被收集在内。
5月9日，拿破仑从巴黎来到土伦，监督七军团3。7万人装船的最后准备工作。在上船前夕，他对部队发表了极具刺激性的演说，允诺每个战士凯旋回家时可获得6亩土地。
5月19日，远征舰队由土伦扬帆出航。此舰队拥有130艘运输船，由13艘主力舰护送。另外还有42艘三桅快速帆船，以及大小运输帆船共300艘。主力舰中，“东方号”和“阿密腊耳号”各拥有大炮120门。运输船上的陆军由15个步兵联队、7个骑兵团和28个连（炮兵连、工兵连和地雷工兵连等）组成，共计步兵24300人，骑兵4000人，炮兵3000人，非战斗人员1000人。当最后一名士兵上船以后，太阳升起来了，太阳是那样的光彩夺目，以致后来被士兵们高兴地称之为“拿破仑的太阳”。灿烂的阳光照耀在排成半圆形的船舰上空，甚是壮观雄伟。官兵中的绝大部分是久已跟随拿破仑的，他们认为只要有他在，胜利就有保证。官兵们的心中对未来充满必胜信心和美好希望。
挺进开罗
这次远征的目的地是严格保密的，只有极少数高级官员知道是前往埃及。直到最后一分钟，官方还称它是英吉利军团的左翼兵力，并宣称他们要经过直布罗陀海峡，绕过西班牙，去爱尔兰登陆。这个消息传到英国海军司令纳尔逊的耳朵里，他信以为真。当法国海军离开海港，直奔马耳他岛时，他却在直布罗陀海峡防守着拿破仑。
马耳他岛位于地中海中部，是大西洋通往地中海东部和印度洋的交通要道，也是地中海最好的港口。当时岛上有居民3万人，由耶路撒冷圣约翰骑士团据守。6月10日，法国舰队抵达该岛，拿破仑立即派兵登陆。岛上的骑士只作了些象征性的抵抗便投降了。拿破仑宣布此岛为法兰西共和国领土，并废除了圣约翰骑士团，没收了他们的土地，建立了新政府。6月19日，法国舰队离开该岛，同时留下4000名法军据守马耳他，以确保地中海法军的航运能够畅通无阻。
6月30日，法国舰队顺利到达亚历山大港附近的埃及海岸。拿破仑派出一艘巡洋舰前往亚历山大港侦察。不久，这艘巡洋舰就从亚历山大港返回，并带来了法国领事马嘉隆。从这领事口中得知：在法军到达亚历山大港以前48小时，英国舰队就已到了这里，并到处打听拿破仑的动向。原来，纳尔逊获悉法军占领了马耳他岛后，便大呼上当，他断定法军的目的地是埃及。于是，他拉起所有的船帆，取最短的航线，直奔埃及，想不等法军登陆便把他们消灭在大海里。可是他过于性急，致使英国海军走得太快，等他到亚历山大港时，根本不见法军踪影。他向当地居民打听，可当地人压根就没听说过什么拿破仑。纳尔逊又糊涂了，既然法军不去埃及，又会上哪里去呢？他又一次自作聪明地断定法军的目标是君士坦丁堡，他立刻率领舰队直奔君士坦丁堡。
拿破仑害怕纳尔逊会随时回来，决定立即登陆。此时海面波涛汹涌，狂风大作，天气极其恶劣。海军司令为了安全起见，主张再等几个小时登陆，他断言几天之内纳尔逊是不会回转的。但是遭到拿破仑的严词拒绝，他说：“时间紧迫，命运只给我3天时间，如果我不充分利用，我们就失败了。”海军司令不得不发出全体登陆的信号。
尽管登陆十分艰难，许多人溺死在海中，但最终还是完成了登陆。7月2日凌晨1时，法军踏上了埃及土地。3时许，拿破仑亲自率领3个师向亚历山大港出发。几个小时后，亚历山大港便落入拿破仑手中。
拿破仑在亚历山大港停留了6天。期间，他用阿拉伯文向当地居民发出了一份宣告，其内容如下：“统治埃及的贝伊们曾长期侮辱法国，伤害它的商人们，他们受惩罚的时刻已经到来了。
“从乔治亚和高加索买来的奴隶中的这批暴徒，很长时间以来在世界的这块最美丽的土地上实行暴政；但是，真主，一切都从属于他的真主已经下令：他们的统治应该结束。
“埃及各族人民，你们会被告知，说我是来消灭你们的宗教的，不要相信这种话！回答是：我是来恢复你们的权利和惩罚那些篡夺者的，我比马穆鲁克①更尊敬真主，尊敬他的先知和《古兰经》。
①马穆鲁克原意为奴隶。埃及在法蒂玛王朝时从希腊、高加索等处招募奴隶组成禁卫军，即称为马穆鲁克。13世纪后，他们的军官控制了埃及，成了属于土耳其奥斯曼帝国的埃及的实际统治者，被称为马穆鲁克贝伊。贝伊原意为地方上的执政者。马穆鲁克有时也被用来称当时统治埃及的贝伊们所统率的土耳其——埃及部队。
“说在真主面前人人品等，人与人之间只有聪明、才智和品德上的差别。但是，马穆鲁克有些什么样的聪明、才智和品德，他们却独占了使生活满意和美好的一切手段呢？……
“埃及人应该被召唤来担任所有公职；最有智慧、最有学问和最有德行的人应该执行政务，人民应该得到安乐。
“你们有过一些大城市、大运河和巨大的贸易。如果不是马穆鲁克贪婪、不公正和推行苛政，是什么东西把所有这一切都毁坏了呢？
“律法师们、酋长们、阿訇们，请告诉人民：我们是穆斯林的真正朋友。……
“极其幸福的人将是那些为我们效力的人！他们将在事业和地位两个方面都取得成功。幸福的人将是那些保持中立的人！他们将有时间学习，以便了解我们，而他们将使自己站在我们一边。
“可是，灾殃——成3倍的灾殃将降临到那些为马穆鲁克拿起武器同我们作战的人身上！他们不会有任何希望，他们将灭亡。
“第一条，位于部队经过的地方9英里内的所有村庄应派一名代表报告指挥军队的将军：他们是忠顺的，并且已经悬挂了蓝、白、红的部队旗帜。
“第二条，所有拿起武器与部队为敌的村庄将被焚毁。
“第三条，所有投诚的村庄应把我们部队旗帜与苏丹的旗帜一起悬挂。
“第四条，各个部落的酋长应把属于马穆鲁克的货物、房屋和财产封存起来，并注意不得有任何侵吞。
“第五条，部落酋长、律法师和阿訇应继续履行自己的职责。所有居民应留在家里，并照常祈祷。大家应为消灭马穆鲁克而感谢真主，并高呼：'光荣归于苏丹！光荣归于他的朋友法兰西部队！把马穆鲁克逐出教门，幸福属于埃及人民！'”
6天之后，拿破仑命克莱贝尔为当地和全省司令官，率约9000卫戍部队留守亚历山大，自己则率其余军队向开罗进发。
这是一年中最炎热的季节。全军要在几乎是无水的沙漠里