德意志和意大利方面抽调出来增援西班牙，而以新兵补充德意志和意大利的各个军营。
10月26日，拿破仑离开巴黎。11月3日，抵达巴荣纳。8日，到达维多利亚。在这里，他听取了有关法国和西班牙两军阵势的详尽报告，他立刻起草了继续作战的计划。几个小时之内，整个战争机器又重新运转起来。
这时，西班牙人的部队状况给拿破仑的反攻提供了良好机会。西班牙各种正规的和非正规的部队已达到11。5万人，但其装备恶劣，纪律欠佳。他们的兵力分成五、六个独立单位，没有任何集中的指挥或参谋机构。各地方指挥官彼此妒嫉，难以合作。拿破仑相信凭着自己那支训练有素的大军，一定能把西班牙的“流氓”部队打得落花流水。拿破仑的第一步就是收复马德里以及确保普通过维托里亚和圣希巴斯坦到法国的交通线。他命维克托、苏尔特、勒菲弗尔三个军向西作宽广的扫荡，把西班牙人全部赶出去。这三军果然不负拿破仑的重望，一路上如秋风卷残叶般地横扫过去，西班牙军纷纷溃退。12月4日，法国终于攻下了马德里。
与此同时，约翰·穆尔爵士率领3万英军进入西班牙。12月10日，穆尔爵士决定向北进击守卫在布尔戈斯的苏尔特军，以切断法国交通线。当时苏尔特只有18000人，数量上处于劣势。12月21日，两国旗兵相遇，法国旗兵败北。正当穆尔准备乘胜前进时，忽然传来拿破仑已经北上的消息，穆尔害怕法军切断他与葡萄牙之间的交通线，立即命令军队向西撤退。原来，法军重新成为马德里的主人之后，拿破仑决定乘胜进至塔古斯河谷，把英国人赶出葡萄牙。就在这时，英军已进入了西班牙，拿破仑立即改变计划，向西北进军，准备把英国人赶入海中。他留下约瑟夫国王和第一、第四两军驻守塔古斯河谷，自己于12月22日，以内伊为前卫，率军42000人去支援苏尔特。内伊军团奉命开向萨拉曼卡和阿斯托尔加，穿过风雪交加的瓜达腊马山，从侧面进攻穆尔。在法军攻击下，英军加快撤退速度。1809年1月3日，拿破仑在阿斯托尔加把指挥权移交给了苏尔特，自己火速回转巴黎，因为已有确切消息表明：奥地利将在春天发动进攻。没有拿破仑的亲自指挥，战果逊色不少。苏尔特在追击英军的过程中，虽使穆尔身负重伤，但未能阻止其主力部队登船撤走。而且，英军不久又重新出现在葡萄牙。
此时的拉纳军正在围攻萨拉戈萨城。该城已坚守了几个月之久。1809年1月27日，拉纳占领了该城的外围工事，并攻入城中。但在城中，拉纳又遭到前所未有的英勇抵抗。每一栋房屋都变成了堡垒，每一间茅舍、马棚、地下室、顶楼都必须经过战斗才能占领。这种激烈的战斗在这个已被法军占领的城市中整整进行了3个星期，法军士兵不分青红皂白屠杀了一切人，包括妇女儿童。然而，只要法军士兵稍一疏忽，妇女儿童也会杀死他们。法军屠杀了2万名守卫部队和3万多名城市居民。拉纳元帅是位骁勇的骑兵，他曾参加过拿破仑指挥的所有激烈的战斗，在他的头脑中几乎没有“恐惧”二字，然而，他却被眼前可怕的情景震动了，无数具男人、女人和儿童的尸体并排躺在血流成河的街道上，整个城市死一般的寂静。拉纳不无感慨地对身边的人说：“这是怎样的一场战争啊！我们被迫要杀死这样勇敢的人们，即使他们是疯狂的人们，这场胜利也只能使人感到忧伤！”
西班牙的战争远未结束，反法烈火在1809年春仍在熊熊燃烧。英勇无畏的西班牙人民拖住了拿破仑30万精锐部队，拿破仑从此不得不承受由于自己的野心所造成的沉重负担。
第四次对奥战争
奥地利于1805年奥斯特里茨战败后，一心不忘复仇雪耻。维也纳宫廷任命查理大公为陆军部长，全面进行军事改革。经过一段时间，奥地利已编成4万常备军，24万预备军，后来又编成34万新军。军事力量已逐渐恢复的奥地利见拿破仑忙于西班牙的战争，便蠢蠢欲动。可懦弱的弗兰西斯皇帝虽受主战派的极力怂恿，还是不敢跨出开战的第一步。最后，在英国的公开要求下和俄国的暗示中，奥皇毅然决然地宣战了。不过，首先不是向法国宣战，而是向其盟国莱茵同盟宣战。1809年4月9日，担任奥地利部队总司令的查理大公向巴伐利亚法军总司令致送照会如下：“我遵照奥地利皇帝陛下向拿破仑皇帝发表的宣言，特此通知法军总司令：我奉命率领部队前进，凡是同我敌对的人都以敌人对待。”
信使将这份照会的抄件飞速送往斯特拉斯堡，再从该地以快讯传往巴黎。4月11日，拿破仑在圣克鲁接到这个消息。对此消息，拿破仑感到意外，但不惊慌。两个小时之后，他就登程去了德意志。战争的紧迫性再次激发了他的活动能力，15日，他就率军越过了莱茵河。17日，他在多瑙沃耳特设立大本营，并向该地士兵发表了一篇简短有力的宣言，他说：“士兵们！莱茵同盟的领土已遭到侵犯，奥地利将军希望我们看到他们的部队就逃跑，把我们的盟国丢失给他们，可我却像闪电般地到来了。
“士兵们！当奥地利君主上次来到摩拉维亚营地的时候，我就在你们的环绕之下，你们都曾听到这位君主哀求我宽大为怀，并且向我发誓要同我建立永恒的友谊。作为三次战争的胜利者，我们给予奥地利宽大之恩，可它三次违背了誓约！我们过去的成就是我们现在期待的胜利的可靠保证。
“因此，让我们勇敢直前，让敌人一看到我们就承认我们是他们的胜利者！”
拿破仑从未经历过如此危险的军事情况：他的30万精锐部队被牵制在西班牙战场上，他不得不提前在法国征召新兵，同时又从德意志各国强迫征兵10万，来补充他的军队，普军队质量因此而下降。而奥地利则集结了自己的全部力量，他们同心同德，立志要把拿破仑打垮。不过，拿破仑仍对胜利充满信心，他在出征前这样说：“两个月以后我要让奥地利放下武器，那时如果需要的话，我将重新完成在西班牙的旅行。”这又是一次拿破仑发挥普军事才能的好机会，他所喜爱的诗人奥西安喜欢向暴风雨的呼啸声拨弄竖琴，拿破仑也同样需要政治风暴和敌对因素来表现他的非凡才能。
法奥的第一次大战是在巴伐利亚的阿本斯贝格进行的，奥军被击退，损失13000多人。第二次战斗是4月22日在艾克缪尔发生的，查理大公损失惨重，被迫北退累根斯堡。法军因受大拉比尔河的限制，未能及时追击。次日，拉纳元帅在完成迂回之后，开始强攻累根斯堡，拿破仑亲临现场指挥。这场战斗进行得异常激烈，拿破仑的脚部被敌军炮弹打伤，他脱下靴子，命人将伤口迅速包扎好，然后又端坐在马上，若无其事地指挥战斗。身边的将领劝他下阵休息，他回答说：“朋友们，难道我不该战斗到底吗？”他严禁任何人谈论他受伤的事情，以免扰乱军心。累根斯堡终于被攻下了，奥军主力撤至多瑙河左岸。拿破仑进入累根斯堡时，忍着剧烈的疼痛，微笑着向那些对他欢呼的士兵还礼。与此同时，法军在泰根、兰次胡特也取得了胜利。五天当中，拿破仑赢得五次血战的胜利。
夺占了累根斯堡之后，法军主力经多瑙河右岸直趋维也纳，只留下达武军监视奥军主力退却。5月8日，拉纳军团首先抵达维也纳近郊，城郊守军不战自降，可城内马克西米利安大公率领的奥军还在负隅顽抗，他们紧闭城门，从城楼上猛烈地向下扫射，法军伤亡惨重。为了减少伤亡，拿破仑委派拉格拉热上校前去敦促大公投降，不想遭到城中军民的一顿痛打，马克西米利安大公回复说：他誓死保卫维也纳，直到最后一口气。拿破仑忍无可忍，立即下令构筑两组炮台。一小时后，炮弹像雨点似地向维也纳城倾泻而去，维也纳顿时淹没在火海之中。5月13日，维也纳的大门终于向拿破仑敞开了，市长将维也纳的钥匙恭恭敬敬地呈献给法国皇帝。
奥军虽在几次血战中连连败北，却未受到致命的打击。他们在查理大公的指挥下，有秩序地撤到多瑙河左岸，炸掉了河上所有桥梁，准备与拿破仑作旷日持久的周旋。而拿破仑则想再打一次奥斯特里茨战役，所以，他决心渡过河去，寻求与奥军决战的机会。
拿破仑将渡河地点选在维也纳东南的凯撒埃比尔多夫。此处河床较宽，河中央还有个较大的罗堡岛，岛上树木丛生，可掩护部队渡河。法军用68条大船和9个大木筏在多瑙河右岸与罗堡岛之间架起一座坚固的浮桥，在罗堡岛至多瑙河左岸的阿斯佩恩和埃斯林之间，则架设了一座比较轻便的舟桥。为了迷惑奥军，拿破仑命达武军团进至维也纳北面的诺斯多夫，佯装架桥渡河。
5月20日16时，浮桥架设完毕，法军立即开始渡河。拉纳和马塞纳两军团最先渡过河，并占领了附近的两个村庄阿斯佩恩和埃斯林。夜间，河水渐涨，再加上浮桥其材不善，法军渡河出现了困难。21日拂晓，拿破仑与贝尔蒂埃、马塞纳、拉纳等军官一同去阿斯佩恩察看地形，全力组织渡河。但多瑙河仍在涨水，渡河行动只得中止。这时渡过河的部队仅3万人。
此时的奥军正好驻扎在阿斯佩恩和埃斯林两村庄后面的高地上，法军渡河行动简直就是在奥军眼皮底下进行的。查理大公见法军在罗堡岛与左岸之间只架设了一座轻便的舟桥，心中暗自高兴，他认为拿破仑已给自己布下了死亡陷阱。在他看来，庞大的军队从唯一的一座舟桥上越过湍急的大河，各部队只能缓缓地依次行进，一旦军队被迫退却，此桥必不能应急。若是此桥被毁，则法军的退路完全被切断。另外，轻便的舟桥一点也不牢固，步兵过桥尚且小心翼翼，骑兵和炮兵渡河就更加困难。鉴于这