之私，外不轻信毁誉之说。自当事以来，鉴前人之失，首陈皇极之论，以开悟上心，消弥偏党。（书牍十一《答南列卿陈我度》）
最有兴趣的是张佳胤。佳胤是当时有名的才子，也是有名的能臣。但是他和高拱关系太深，又因为在应天巡抚任内，办事棘手，他很有些消极，居正接连去过两次信：自公在郎署时，仆已知公，频年引荐，实出鄙意。不知者，乃谓仆因前宰之推用为介，误矣。天下之贤，与天下用之，何必出于己？且仆于前宰（前宰指高拱）素厚，顷者不恤百口，为之昭雪，区区用舍之间，又何足为嫌哉？“蔡人即吾人”，况前宰非蔡人，而公又吾人也？何嫌何疑之有？愿努力勋名，以副素望。（书牍五《答总宪张崌崃言公用舍》）
惟公俊才厚蓄，又富于春秋，不以此时取旗常，勒钟鼎，乃顾恋庭闱，忘“在公”之义，非所望也。兹属休明之会，方将招遗佚于薖轴，宁肯纵鸾鹤于云林？大疏已属部复，而雅志必不得遂。愿勉奉简书，以徇国事。（同卷《答总宪张崌崃》）
但是居正对于高拱底爪牙，决然不能容忍。他和汪道昆说：“二、三子以言乱政，实朝廷纪纲所系，所谓‘芝兰当路，不得不锄’者，知我罪我，其在斯乎！”（同卷《答汪司马南溟》）
高拱去了，政治中枢当然重有一番布置。要求干练如高拱的吏部尚书，是不可能的，但是当时有一个最负重望的大臣，这是管兵部尚书事的杨博。杨博自嘉靖三十四年以来，三任兵部尚书，嘉靖四十五年，调任吏部尚书，隆庆五年复以吏部尚书起用，在资望方面没有比杨博再高的了。因此提出杨搏仍还吏部尚书。居正说过：今上登极，首命公还秉铨衡，余受先帝遗托，方欲与公同心戮力，共佐休明。（文集五《襄毅杨公墓志铭》）
居正又说到杨博历佐三朝，以及自己和杨博始终相与的关系：桓桓世庙，经武纬文，公媚天子，耆定策勋。穆穆庄皇，（穆宗）垂衣拱手，公佐太平，声色不有。迨于今皇，两作继明，询兹黄发，还公宰衡。我求一德，惟公是与，不吊昊天，夺我心侣。有谋孰谘，有难孰夷，山颓木坏，沧矣其悲。（同上）
杨搏调回吏部，遗下兵部尚书，照高拱定下的原则，应由总督继任。当时的口号是国防第一，北边第一。北边三位总督：前任蓟辽总督谭纶，现任宣大总督王崇古，和前任三边总督王之诰，都有重望。杨博和居正商定，起谭纶为兵部尚书。居正给崇古去信说：昨本兵虚席，公论咸归公与西石，（王之浩）乃太宰（杨博）谓渠复铨之始，嫌于首用其亲，且贡市方殷，犹借重望以镇之，计非久当别有简命也。（书牍四《答王鉴川》）
正在布置底当中，高仪死了。内阁只剩居正一人。问题又到了面前，应当补怎样一个人呢？在不知明朝政体的人，也许以为既是杨博底资望最好，当然应补杨博。但是事实不是如此的。明朝的中枢，是二元制：吏部尚书底地位，本来在内阁大学士以上，即使到了内阁权重以后，吏部尚书，终于不曾落到内阁以下。当时的故事，吏部尚书在路上遇到大学士，照例不避道，便是显然的证据。（见《明史》卷二二四《孙鑨传》）孝宗弘治年间，吏部尚书王恕底声望，始终不受内阁底压制，更是实例。还有，由吏部尚书入阁的，不是没有，但是这是特旨。在推举的时候，通常是礼部尚书、吏部侍郎，或是翰林学士。因此，神宗吩咐居正推举阁员的时候，居正不能推举吏部尚书杨博，（推举吏部尚书入阁非故事，见《明史》卷二二四《陈有年传》）只能推举礼部尚书吕调阳。其实居正底经验多了，他知道内阁里除了自己，只需要一位忠厚老实，和衷共济的长者，并不需要一位雄才大略、器度恢宏的重臣。这是居正底私心，但是这是隆庆年间内阁混斗的经验。为国求贤，固然是对的，但是为内阁谋安定，也何尝不是为国家？居正对于调阳，在辛丑会试主考的时候，已经认识了，现在正准备和他长期合作。万历七年调阳死后，居正说过：余与公同政府，知公深。公为人，外温而心辨，中毅而貌和，于事呐呐不轻为可否，于人恂恂不苟为异同；尝曰：“大臣协心体国，苟利社稷，嫌怨共之，安事羯羠其间？无论彼己懻伎，即贤者各是所见，政本之地，龂龂而争，如国体何？世儒嘐嘐，猥小曹参而卑丙吉，然则，虞廷云‘寅恭’者非邪？”自余柄政，与公共事者六年，内奉冲圣，勤缉熙，外赞密勿，定计划，莫逆于心，莫违于口，六年如一日也。（文集五《豫所吕公墓志铭》）
吕调阳入阁，递遗礼部尚书，居正便起用陆树声。树声嘉靖二十年会试第一，嘉靖中，屡掌南京翰林院，南京国子祭酒，后来召为吏部右侍郎，称病不拜。隆庆中，再起故官，仍不就。这是一位声望隆重的大臣，现在居然来了，居正用后辈进见先辈之礼待遇他。
七月间户部尚书张守直、刑部尚书马自强致仕。守直在封贡的一件事，意见和居正不一致，自强也有些不满意，他们去了，居正便补进王国光、王之诰。王国光原来以户部尚书，总督仓场，现在调回管部，后来在任内完成《万历会计录》，是一部有关国计的著作。王之诰是居正底亲家，（居正第四子简修娶之诰女）但是之诰隆庆三年总督陕西三边军务，进南京兵部尚书，资望久已够了，而且卓然自守，并不附和居正，因此更得一般的推重。
诸人以外，工部尚书朱衡、左都御史葛守礼留任；朱衡在河工方面的成绩，和守礼底操守，都是当时物望所归。明朝的内阁，当然不是现代的内阁，对于阁中同僚和六部首长以及都察院的人选，首辅没有进退的大权，但是居正对于人选的布置，确曾费了一番苦心，而且也确曾达到自己底主张。后来他曾经自负地说：《书》曰：“无侮老成人，皤皤良士，膂力既愆，我尚多有之。”宓子贱治单父，孔子使人觇之，见与老者二十余人议政，孔子喜曰：“吾知不齐能办单父矣。”今以幼主当阳，而朝多长者，岂非盛事乎？（书牍六《与南台长言中贵不干外政》）
大政方针既经发表，中枢人选也分别确定，居正准备负起国家的重任。从隆庆六年六月起，到神宗万历十年六月为止，这整整的十年当中，他逐渐完成他底政治理想。在他掌握政权的期间，除了当前的政治问题以外，他还得应付三个重要的人物：第一，皇贵妃——后来的慈圣皇太后；第二，冯保；第三，神宗。这三个都是他底主人，三个人各有自己底立场，因此在应付方面，不时地发生困难，幸亏居正有他底政治天才，总算安稳度过了，但是毕竟因为没有应付完全得当，在他身后，发生意外的波折。
皇贵妃是一个有办法的人。居正还记得穆宗病重，冯保宣读遗嘱的时候，皇妃在帷中的口谕：
江山社稷要紧，先生每要尽忠为国。（参奏疏六《谢皇太后慈谕疏》）
这是一个有决断的呼声。神宗即位以后，不久召居正至平台面谕：
皇后是朕嫡母，皇贵妃是朕生母，尊号上先生可多加几字。
问题立刻提出了，皇后当然尊为皇太后，但是皇贵妃也要称皇太后！这个还不要紧，以往还可以对一位皇太后加上尊号，以示分别，但是现在办不到了。居正疏称：仰稽我祖宗旧典，惟天顺八年宪宗皇帝尊嫡母为慈懿皇太后，生母皇贵妃为皇太后，则与今日事体，正为相同，但于嫡母特加二宇，而于生母止称皇太后，则尊尊亲亲之别也。然今恩德之隆，既为无间，则尊崇之礼，岂宜有殊？且臣居正恭奉面谕，欲兼隆重其礼，各官仰体孝思，亦皆乐为将顺。今拟两宫尊号，于皇太后之上，各加二字，并示尊崇，庶于祖制无愆，而于圣心亦慰。（见奏疏二《看详礼部议两宫尊号疏》）
就这样决定了，皇后陈氏尊称仁圣皇太后，皇贵妃李氏尊称慈圣皇太后，一切透露居正迁就事实的心理。居正是一个干练的政治人才，但是他在政治方面所受的训练，还是世宗嘉靖年间的训练，对于皇室，永远是那样诚惶诚恐，有时竟不免有些阿谀附和。万历元年翰林院产生白燕，居正把它和内阁所开并蒂莲花一并进献。神宗随即下一道手渝：白燕、莲花俱进献圣母，甚是喜悦，却独产翰林院中，先开于密勿之地，上天正假此以见先生为社稷祥瑞，花中君子。朕赖先生启沃，固不敢颠纵，何德之有！（见奏疏三《谢宸翰疏》）
《明史（卷二三五）余懋学传》称居正进《白燕、白莲颂》。《白莲颂》不可考，《白燕颂》大致即是《白燕曲》：
白燕飞，两两玉交辉，生商传帝命，送喜傍慈闱。有时红药阶前过，带得清香拂绣帏。（诗四《白燕曲》四首之一）
这是一篇贡谀慈圣太后的诗句。诗集中如《恭颂母德诗》：
猗钦我圣母，世德宜重光，扶天致升平，毓圣纂灵昌，履盛弥勤烙，秉礼日矜庄。内庭政无哗，外家恩有常，明达信如此，马邓岂足望？（诗一）
如《皇上祝圣母诗》：
女中颂德称尧舜，膝下承欢有帝王。（诗四）
文集中如《神母授图万年永赖颂》、（文集二）《圣母图赞》，（文集二）都是同样的作品。居正受的训练太久了，他自己无法摆脱这个形态，然而也正凭这种训练，博得慈圣太后底好感。
冯保是司礼掌印太监，在内廷他只是一个奴才，但是正因为掌握章奏的大权，他也成为居正底主人。冯保底大权，全靠慈圣太后，所以居正更不能不结好太后，借此减轻冯保底压迫。李太后要做功德，建涿州二桥，冯保主持，居正便有一篇《敕建涿州二桥碑文》，李太后建承恩寺、海会寺、东岳庙、慈寿寺、万寿寺，又是冯保主持，居正又是每一处来一篇碑文。（皆见文集四）