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刘台经过这一次严旨申斥，充满怨愤，就在万历四年正月上疏弹劾居正。这是居正当国以来所受的第一次打击，也是他平生所受的最大的打击。原疏如次：臣闻进言者皆望陛下以尧、舜，而不闻责辅臣以皋、夔。何者？陛下有纳谏之明，而辅臣无容言之量也。高皇帝鉴前代之失，不设丞相，事归部、院，势不相摄而职易称。文皇帝始置内阁，参预机务，其时官阶未峻，无专肆之萌。二百年来，即有擅作威福者，尚惴惴然避宰相之名而不敢居，以祖宗之法在也。乃大学士张居正偃然以相自处，自高拱被逐，擅威福者三四年矣。谏官因事论及，必曰，“吾守祖宗法！”臣请即以祖宗法正之。
祖宗朝，非开国元勋，生不公，死不王。成国公朱希忠，生非有奇功也，居正违祖训，赠以王爵。给事中陈吾德一言而外迁，郎中陈有年一争而斥去。臣恐公侯之家，布惠厚施，缘例陈乞，将无底极。租宗之法若是乎？
祖宗朝，用内阁、冢宰，必由廷推。今居正私荐用张四维、张瀚。四维在翰林，被论者数矣，其始去也，不任教习庶吉士也。四维之为人也，居正知之熟矣，知之而顾用之，夫亦以四维善机权，多凭借，自念亲老，旦暮不测，二、三年间谋起复，任四维其身后托乎！瀚生平无善状，巡抚陕西，赃贿狼藉，及骤列铨衡，唯诺若簿吏，官缺必请命。所援引者非楚人亲戚知识，则亲戚所援引也，非宦楚受恩私，则恩故之党助也。瀚惟日取四方小吏，权其贿赂，而其他则徒拥虚名。闻居正贻南京都御史赵锦书，“台谏无议及冢宰”：则居正之胁制在朝言官，又可知矣。祖宗之法如是乎？
祖宗朝，诏令不便，部臣犹告阁拟之不审。今得一严旨，居正辄曰，“我力调剂，故止是”；得一温旨，居正又曰，“我力请而后得之。”由是畏居正者甚于畏陛下，感居正者甚于感陛下。威福自己，目无朝廷，祖宗之法若是乎？
祖宗朝，一切政事，台、省奏陈，部、院题复，抚、按奉行，未闻阁臣有举劾也。居正令抚、按考成章奏，每具二册，一送内阁，一送六科：抚按延迟则部臣纠之，六部隐蔽则科臣纠之，六科隐蔽则内阁纠之。夫部院分理国事，科臣封驳奏章，举劾其职也。阁臣衔列翰林，止备顾问，从容论思而已。居臣创为是说，欲胁制科臣，拱手听令。祖宗之法若是乎？
至于按臣回道考察，苟非有大败类者，常不举行，盖不欲重挫抑之。近日御史俞一贯以不听指授，调之南京，由是巡方短气，莫敢展布。所惮独科臣耳，居正于科臣，既啖之以迁转之速，又恐之以考成之迟，谁肯舍其便利，甘彼齮龁，而尽死言事哉？往年赵参鲁以谏迁，犹曰外任也；余懋学以谏罢，犹曰禁锢也；今傅应祯则谪戍矣，又以应祯故，而及徐贞明、乔岩、李祯矣。摧折言官，仇视正士，祖宗之法如是乎？
至若为固宠计，则献白莲、白燕，致诏旨责让，传笑四方矣；规利田宅，则诬辽王以重罪而夺其府地，今武冈王又得罪矣；为子弟谋举乡试，则许御史舒鳌以京堂，布政施尧臣以巡抚矣，起大第于江陵，费至十万，制拟官禁，遣锦衣官校监治，乡郡之脂膏尽矣；恶黄州生儒议其子弟幸售，则假县令他事，穷治无遗矣；编修李维桢偶谈及其豪富，不旋踵即外斥矣。盖居正之贪，不在文吏而在武臣，不在内地而在边鄙。不然，辅政末几，即富甲全楚，何由致之？宫室、舆马、姬妾、奉御，同于王者，又何由致之？在朝臣工，莫不愤叹，而无敢为陛下明言者，积威之劫也。
臣举进士，居正为总裁；臣任部曹，居正荐改御史：臣受居正恩亦厚矣，而今敢讼言攻之者，君臣谊重，则私恩有不得而顾也。愿陛下察臣愚悃，抑损相权，毋俾偾事误国，臣死且不朽。
刘台底奏疏上去了，居正想起明朝开国二百余年，从来没有门生弹劾座主的故事，偏偏自己在隆庆五年所取的进士，竟对自己提出弹劾，这是一个异常的刺激。三、四年来，当国的苦辛，刘台不一定明白，但是刘台既请皇上抑损相权，自己以后怎样办事？最使居正痛心的，是刘台所提出的几点，不一定是对的，然而也不一定全无根据。是刘台底诬蔑呢，还是他底不能体谅？自己底门生，一手提拔的人，还不能体谅，以后又怎样办事？自己是大臣，当然谈不到和刘台辩驳，他和神宗说：依法，巡按御史不得报军功；去年辽东大捷，刘台违制妄奏，法应降谪，彼时臣仅请旨戒饬，刘台已经愤愤不已。后来御史傅应祯妄言下狱，请旨穷诘党与，当时并不知道刘台和傅应祯同乡亲近，从中主持，因此刘台妄自惊疑，全不顾忌，对臣泄恨。二百年来，没有门生弹劾座主的故事，如今臣惟有一去以谢刘台。
神宗看到居正跪在御座前面，眼泪簌簌地直下，只有自己扶他起来，和他说：先生起，朕当责台以谢先生。
居正仍是具奏请求致仕，神宗下旨慰留道：
卿赤忠为国，不独简在朕心，实天地祖宗所共降监，彼谗邪小人，已有旨重处，卿宜以朕为念，速出辅理，勿介浮言。
皇上底恩意很显然了，但是居正还是感觉到办事底困难，他再疏乞休道：
臣捧读恩纶，涕泗交集，念臣受先帝重托，既矢以死报矣。今皇上圣学，尚未大成；诸凡嘉礼，尚未克举；朝廷庶事，尚未尽康；海内黎元，尚未咸若；是臣之所以图报先帝者，未尽其万一也，臣岂敢以去？古之圣贤豪杰，负才德而不遇时者多矣，今幸遇神圣天纵不世出之主，所谓千载一时也，臣又岂可言去？皇上宠臣以宾师不名之礼，待臣以手足腹心之托，相亲相倚，依然蔼然，无论分义当尽，即其恩款之深洽，亦自有不能解其心者，臣又何忍言去？然而臣之必以去为请者，非得已也！盖臣之所处者危地也，所理者皇上之事也，所代者皇上之言也。今言者方以臣为擅作威福，而臣之所以代王行政者，非威也则福也。自今以往，将使臣易其涂辙，勉为巽顺以悦下耶，则无以逭于负国之罪；将使臣守其故辙，益竭公忠以事上耶，则无以逃于专擅之讥。况今谗邪之党，实繁有徒，背公行私，习弊已久，臣一日不去，则此辈一日不便，一年不去，则此辈一年不便。若使臣之所行者，即其近似而议之，则事事皆可以为作威，事事皆可以为作福，睊睊之谗日哗于耳，虽皇上圣明，万万不为之投杼，而使臣常负疑谤于其身，亦岂臣节之所宜有乎？此臣之所以辗转反侧，而不能不惕于衷也。伏望皇上怜臣之志，矜臣之愚，特赐罢归，以解群议：博求廊庙山林之间，必有才全德备之士，既有益于国而又无恶于众者，在皇上任之而已。臣屡读宸严，无任战栗陨越之至。（奏疏四《被言乞休疏》）
神宗随即再下圣旨；
卿精诚可贯天日，虽负重处危，鬼神犹当护佑，谗邪阴计，岂能上干天道。朕亦知卿贞心不贰，决非众口所能动摇，已遣司礼监随堂官往谕朕意，卿宜即出视事，勉终先帝顾托，勿复再辞。
这是正月二十六日的事。神宗还不放心，再差司礼监太监孙隆前往慰留，并降手谕；谕元辅：先帝以朕幼小，付托先生。先生尽赤忠以辅佐朕，不辞劳，不避怨，不居功，皇天后土祖宗必共鉴知。独此畜物，为党丧心，狂发悻言，动摇社稷，自有祖宗法度。先生不必介意，只思先帝顾命，朕所倚任，保安社稷为重，即出辅理。朕实惓惓伫望。特赐烧割一份、手盒二副、长春酒十瓶，用示眷怀，先生其钦承之，慎勿再辞。
在这个情形之下，居正没有再辞的理由，他只有重行出来辅理国事。居正对于政治，有自己底理想和抱负；政权是贯彻这个理想和抱负的工具，他决不轻易放弃政权。在他认定神宗对于自己的信任，不但没有动摇，而且更加坚定的时候，他慨然地说；夫事推求诸理之至当，心岂必于人之尽知。况臣区区之愚，既特孚于昭鉴，则诸呶呶之口，诚无足为重轻。谨当仰体圣怀，益殚赤悃，冰霜自保，虽嫌怨以奚辞，社稷是图，何发肤之敢惜。（奏疏四《谢恩疏》）
政权在自己手中，居正准备继续贯彻自己底主张。“你们谅解也好，不谅解也好，我底行为，自然有我底标准，”他想。
神宗说起对于刘台，自有祖宗法度，果然派文书官邱得用，口传圣旨：“刘台这厮，谗言乱政，着打一百充军，拟票来行。”拟旨是内阁底职务，但是交付廷杖，究竟有些困难。居正具疏论救，其结果刘台免去廷杖，只得“除名为民”的处分。这一点，当时颇有人认为是居正底宽宏。但是居正却坚决地否认，他说：古之圣贤所遇之时不同，而处之之道亦异。《易大过》栋桡。《彖》曰，“刚过乎中。”当大过之时，为大过之事，未免有刚过之病；然不如是，不足以定倾而安国，栋桡而本末弱矣。伊、周当大过之时，为大过之事，而商、周之业赖之以存，虽刚而不失为中也。仆以一竖儒，拥十余龄幼主，而立于天下臣民之上，威德未建，人有玩心。况自嘉、隆以来，议论滋多，国事靡定，纪纲倒植，名实混淆。自仆当事，始布大公，彰大信，修明祖宗法度，开众正之路，杜群枉之门，一切以尊主庇民，振举颓废为务，天下始知有君也。而疾之者乃倡为异说，欲以抑损主威，摇乱朝政，故不得不重处一、二人，以定国是，以一人心，盖所谓刚过乎中，处大过之时者也。而丈乃以为失士心，误矣。吾但欲安国家，定社稷耳，怨仇何足恤乎！……仆今所处何时也？主上举艰巨之任，付之于眇然之身，今权珰贵戚，奉法遵令，俯首贴耳而不敢肆，狡夷强虏，献琛�