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工部尚书郭朝宾复奏：“委一垂陷之安东，以拯全淮之胥溺，漕臣言可听。”上谕立即俞允。（《明神宗实录》云“报曰可‘。《明史·河渠志》言帝不欲弃安东而命开草湾如所请者，误。）居正对于国家大事，只有果断，没有推诿；只有全力的推进，没有两可的游移。在这个情形之下，桂芳当然可以放手办事。万历四年七月，草湾功成；八月工部复奏。上谕赏吴桂芳银币，居正去信说：海口疏通，淮、扬之间，欢声雷动，从此人得平土而居，翳谁之力与？以此知天下无不可为之事。”人存政举“，非虚语也。比者暂行薄赉，侯元圭既告之日，仍当有殊锡焉。（同卷《答河道吴自湖言蠲积逋疏海口》。按题衔误。）
草湾功成以后，桂芳便进行修筑高邮湖堤的工作。但是在工作进行的当中，淮水冲下来了，兴化、泰州一带，又是一片汪洋。居正说：高邮堤工闻已告成，乃久未完报者，想以大工甫就，新水暴涨，虑有变态，欲俟其坚定，乃完报耳。但微闻兴、泰之间，河塘溃决，复成巨浸，未审何以拯之？河流既自复故道，当无俟开浚。承教挽淮入河之策，甚善。考其泛地，多属河道衙门，然公欲为国家万年之计，救淮、扬目前之急，想当视为一家，同心共济也。议定，幸即疏闻，此既关系来岁漕计，自不容不预图也。年来方内乂安，庶几小康，独河漕一事，时往来于怀，而当事诸公亦既殚厥心力矣，乃竟不获底于平成，岂所谓可能者人，不可能者天耶？奈何！（书牍九《答河道吴自湖。》按题衔误。）
桂芳提议挽淮入河，牵涉到河道总督傅希挚身上来。居正再给希挚去信：“河、漕意见不同，此中亦闻之。窃谓河、漕如左右手，当同心协力，以期共济。如所见必不能合，亦宜各陈，以俟高断，不宜默默而已。国之大事，不妨公议。事君无隐，岂为失忠厚之道耶？”（书牍九《答河漕傅后川》。按题衔误。）这是万历五年的事。但是希挚和桂芳底主张，绝对不能融洽，到万历六年初，居正不得不出以断然的处置，这是后话。关于淮水底问题，自从至元二十年，黄河改道以来，黄河夺了淮水出海的水道：在黄河水落的时候，黄、淮并流，一切没有妨碍；但是到了黄河水盛的时候，淮水被逼，倒灌运河，再加以高邮、宝应诸湖底激荡，遂成淮、扬一带的大祸。因此在万历五年便有两派不同的主张。一派主张挽淮入河，吴桂芳便是其中的一个。万历六年潘季驯总理河槽，彻底贯彻这个主张。一派如给事中汤聘尹等，主张纵淮入江，他们要黄、淮分背而行，黄河不再妨碍淮河，淮、扬地方，便有相当的安全。在地方言地方，这个不失为一种有力的主张，但是黄、淮两条水道，中间不能没有运河。假如没有运河，四百万漕粮，怎样北上？假如保留运河，即使筑堤设闸，如何能使黄河在洪水期不至倒灌入运，重新破坏淮河底水道？居正真有些茫然了。他听了淮、扬京官底主张，也认为纵淮入江，是一个方法。他立刻告给桂芳，但是他还是说：“但仆自来未经此地，不悉其曲折，独以意度如此，谩呈以备采择。”（书牍九《答河道吴自湖计分淮导河策》。按题衔误。）桂芳当然是明白情形的，他看到黄河洪水已退，淮水归流，便据实见告，根本打销纵淮入江之议。居正取消自己底动议，只提出治水底苦心。他说：辱翰示，知淮已归流，水势渐退，慰甚。河患自古记之，有非人力所能胜者，但仆今谬当大任，一闻愁叹哀号之声，痛心疾首，虽智力短浅，济时无策，然不忍坐视民之失所，而不思以拯救之也。淮水既已会河，则导江之说，无烦再议。（书牍九《答河道吴自湖》。按题衔误。）
居正底负责和虚心，在这一次里，完全表现出来。他不是水利专家，但是他能任用专家，并且发动政治的力量，做专家底后盾。因为不是专家，所以他底主张，不一定正确，但是在他发现错误以后，他立刻修正，这正是他底优点。关于黄、淮水利的事，万历六年，潘季驯提出他底定律。他说：“淮清、河浊，淮弱、河强。河水一斗，沙居其六，伏秋则居其八，非极湍急，必至停滞。当借淮之清，以刷河之浊，筑高堰束淮入清口，以敌河之强。使二水并流，则海口自浚，即桂芳所开草湾，亦可不复修治。”到季驯手里，理论方面有了根据，事业方面也有了成绩，这才不愧为水利专家，而任用季驯的，也是居正。
万历四年十月，居正因九年考满，奉旨加特进左柱国，升太傅，支伯爵俸。一切当然只是循例的升转，但是居正四赐恩命，中间还曾一度奉到神宗手诏：谕元辅，先生亲受先帝遗嘱，辅朕冲年。今四海升平，四夷宾服，实赖先生匡弼之功。先生精忠大勋，朕言不能述，官不能酬，惟我祖宗列圣，必垂鉴知，阴祐先生子孙，世世与国咸休也。兹历九年考绩，特于常典外，赐银二百两，坐蟒、蟒衣各一袭，岁加禄米一百石，薄示褒眷，先生其钦承之，勿辞。（见奏疏五《考满谢手敕加恩疏》）
最后居正还是坚决地辞却，他说：
缘臣前岁以辽东大捷，荷蒙圣恩，欲加升荫，臣具疏辞免，中间引古侠士酬报知己之义，以及人臣敬事后食之心，每欲事过所受，功浮于食，犬马之诚，于是乃安；自今凡非分之恩，逾格之赏，无复滥及，庶大义克尽，微志获伸等因，已荷圣明，俯垂矜允，又特加纶奖，风励臣工，是臣之微忱，既已仰孚于圣鉴，臣之愚忠，又已盟心而自许矣。乃今未有尺寸之效，以自副其功浮于食之心，而非分之恩，逾格之赏，又复滥及，则臣向之所以陈辞者，不过矫饰之虚言，而皇上之所以许臣者，亦未为相信之深矣。臣不敢自背其言，上以欺主，外以欺人，故不避烦渎，沥血陈诚，必望圣慈，特垂俞允。倘微志终伸，即通侯之爵未为荣，万鍾之乐不为富矣。臣屡冒天威，无任战栗陨越之至。（奏疏五《三辞恩命疏》）
经过这样地恳切陈辞，神宗准予辞免太傅及伯爵俸，其余特嘱接受。这一次居正底奏疏，令人联想到诸葛亮《与李严书》。诸葛亮底大志，是辅佐后主，讨平曹魏，在大功没有完成的时候，李严论为诸葛亮宜受九锡，封王。诸葛亮和他说道：“吾与足下相知久矣，可不复相解。足下方诲以光国，戒之以勿拘之道，是以未得默已。吾本东方下士，误用于先帝，位极人臣，禄赐百亿，今讨贼未效，知己未答，而方宠齐、晋，坐自贵大，非其义也。若灭魏斩睿，帝还故居，与诸子并升，虽十命可受，况于九耶？”（《三国志李严传注》）居正底屡辞恩命，也许不是模仿诸葛亮，但是也许竟是模仿。他们同样地辅佐幼主，同样地有绝大的抱负。在抱负没有实现以前，他们同样地拒绝过分的恩赐。假如居正竟是模仿诸葛亮，毕竟他找到一个绝好的榜样。正因为自己力辞厚赏，始可以督促一般政府官吏底上进。在这一点，更发生政治的作用。居正曾因为宣府巡抚吴兑请求恩赐部属，和他说起：辱翰示，一一领悉，即嘱本兵为之区处。但有功必叙，有劳必酬者，朝廷厚下之仁；敬事后食，先劳后禄者，人臣自靖之义。若铢铢 两两，计功程劳，以责望于上，似非所谓怀仁义以事君者也。仆以菲薄，待罪政府，每日戴星而入，朝不逞食，夕不逞息，形神俱瘁，心力并竭，于国家岂无尺寸效？然自受事以来，力辞四荫，独守旧官，每一蒙恩，辄夔夔栗栗，不能自宁，非矫也，诚以国恩难报，而臣子虽鞠躬尽瘁，不过自尽其所当为，本无功之可言也。公所欲为诸君处者，自见鼓舞用人之道：而区区所云，似亦为人臣之所当知也。冒昧吐沥，惟高明采之。（书牍七《答督抚吴环洲言敬事后食之义》）
在万历四年、五年的中间，国家大事须提及者尚有边防和条编。
实际讲，到了这个时候，边防底局势已经大定。鞑靼首领俺答已经归顺了，因此北方减少一个最大的威胁。固然俺答部下不是没有些少的侵扰，但是对于小小的出入，居正只是抱定耐烦的宗旨。他认为即在本国，不时还有“盗贼”突发，对于鞑靼武士底小骚扰，他有时竟是置之不问，不过大棒还在手中，他准备随时出击，因此宣大北边，永远得到安宁。一切的胜着，都在把握之中；他和宣大总督方逢时说：往时庙堂无定见，一闻浪语，即为之动摇，譬之低棋，随敌向往，应手即下。今则不然，吾审势已定，窥敌观变，或无事而自补，或弃于而求先，此今日之局面也。诸公当事者，宜审计焉。（书牍八《与总督方金湖以弈谕处置边事》）
但是尽管胜算在握，他对于俺答还是主张待之以诚。为什么待之以诚？因为俺答已经不是明朝底敌人，所以居正主张开诚布公。山西的穷民，逃到鞑靼去了。山西巡抚崔镛和居正说，要向俺答讨回：他还豫备万一俺答拒绝送回的时候，种种的对策。居正只和他说：“盖今之虏情，与昔不同。昔未臣服，故可用计处，今既为一家，又当待之以信，谕之以理。”居正提出怎样派人向俺答讨回；他要通事对俺答说：“王如晓事，宜将此人及其党与，执送军门。朝廷必鉴王之诚款，和好益坚，赐赉愈厚：何为纳此无用之人，听其妖妄之说，而坏已成之功，失永久之利哉？”居正又说：彼闻此言，势必听从。即彼不从，我常持此以责让之，使曲在彼，则我之威信，亦无所失。量此幺么干得甚事！今板升之人如此辈者，何啻千万，即索之而不得，亦恶足为轻重乎？彼虽犬羊，亦不可欺。用术以求之，或未必得，而彼反持此以诳我矣。（同卷《答山西崔巡抚计纳叛招降之策》）
居正对于俺答，完全是一边开诚，一边布置，因此在威德兼济的形态下面，俺答和明朝，永�