神宗高兴得很，吩咐准备赏赐，一面亲笔写信给居正：
闻先生父母俱存，年各古稀，康健荣享，朕心喜悦。特赐大红蟒衣一袭，银钱二十两；又玉花坠七件，彩衣纱六匹，乃奉圣母恩赐：咸宜钦承，著家僮往赍之。
大致是万历五年夏间，文明病了，有时连走路都困难，居正准备请假省亲，偏偏神宗大婚的问题来了，后来婚期决定在万历六年三月，居正看到暂时走不得，索性定在大婚以后再行回去。他在给王之诰的信上提起：“老父顷患甚剧，今虽暂愈，然闻动履尚属艰难，桑榆暮景，风烛可虞。颛拟主上大婚后，乃敢乞身。（”乞身“二字不可信。文集十《先考观澜公行略》作”拟俟大礼告成当请告一省觐，“语较翔实。）今定婚期于来岁三月，则陈情之举，当在夏初矣。遥望此期，以日为岁，奈何？”（书牍九《答司寇王西石》）
文明这一年七十四岁，疾病缠绵，（敬修《文忠公行实》言“不谓一日晨出登王粲楼，蒙犯霜露，寝疾十有一日，遂卒。”与居正《答王西石书》不合。）终于在九月十三日逝世了。那时从江陵到北京，交通困难，九月二十五日，居正才得到讣闻。内阁同僚吕调阳、张四维奏明神宗，神宗颁赐御笔给居正说：朕今览二辅所奏，得知先生之父，弃世十余日了，痛悼良久。先生哀痛之心，当不知何如里！然天降先生，非寻常者比，亲承先帝付托，辅朕冲幼，社稷奠安，天下太平，莫大之忠，自古罕有。先生父灵，必是欢妥，今宜以朕为念，勉抑哀情，以成大孝。朕幸甚，天下幸甚。（见奏疏六《闻忧谢降谕宣慰疏》）
神宗赐银五百两、纻丝十表里、新钞一万贯、白米二十石、香油二百斤、各样碎香二十斤、蜡烛一百对、麻布五十匹。两宫皇太后也是照样赐唁。二十八日礼部奉圣旨，文明“著照例与祭葬，仍加祭五坛，”身后恤典，一切从厚。
但是重大的问题来了。明代内外官吏人等有丁忧的制度，在遇到承重祖父母，亲父母底丧事，自闻丧日起，不计闰，守制二十七月，期满起复。英宗正统七年令，“凡官吏匿丧者，俱发原籍为民”；十二年令，“内外大小官员丁忧者，不许保奏夺情起复”。“丁忧”指亲丧二十七个月中，必须解职的事；期满而后，照旧做官，称为“起复”。在二十七个月中，由皇上特别指定，不许解职，称为“夺情”。夺情之事，平常很少见，但是在军队中，尤其是在作战的时候，原谈不到“丁忧”，这一类的事，古人称为“墨绖从戎”，又称“金革之事不避”。在宗法社会里面，政治就是教化，官吏就是师长；主持教化的师长，在教忠、教孝的社会里，自己先行履行对于亡父、亡母的义务，不能不算是一种合理的行为。
居正照例咨行吏部，题请放回原籍守制。吏部随即奉到圣旨：
朕元辅受皇考付托，辅朕冲幼，安定社稷，朕深切依赖，岂可一日离朕？父制当守，君父尤重，准过七七，不随朝，你部里即往谕著，不必具辞。（见奏疏六《乞恩守制疏》）
居正九月二十五日得讣，这道不许守制的上谕，也在九月发下，一切都是四、五日间之事，没有回旋的余地。本来居正夺情的事情太严重了，居正身后，经过神宗十年到四十八年这个很长的阶段，一般人因为后来神宗对于居正的反感，无从追求正确的结论；等到神宗死后，讨论可以自由的时候，夺情底经过已经成为长远的过去，时日不清楚了，事实不清楚了，伪造的根据，曲解的现实，到处作祟。于是夺情的是非，遂成为一个谜。
据说第一个主张夺情的是户部侍郎李幼孜，冯保主张夺情，居正也有意夺情，因此造成夺情的局势。其实幼孜第一个提出这个呼声，只提出时代底要求，而造成这个时代要求的，却是居正本人。
自从隆庆六年六月，居正当国以来，这五年三个月的时间，整个国家安定了。政治上了轨道，经济有了把握，太仓粟支十年，太仆寺积金四百余万；北边的俺答屈服了，土蛮虽然没有屈服，但是不断地溃败，解除了东北方的威胁；内阁里面，安静到没有一点波浪，更是嘉靖、隆庆以来没有的现象；这一切是谁底大功？居正去了，这个局面，交付那一个？徐阶七十五岁了，高拱更和冯保结下生死大仇，都谈不到回朝，在野的还有那一个干练的大臣？吕调阳是一个忠厚老实的人，他自己没有大的抱负；张四维也许还有些才气，但是资历太差，而且也没有人望，在朝的又交给谁？居正固然有三个主人，但是慈圣太后和冯保，都说不到自己掌握政权，明代根本没有太后临朝和宦官执政（王振、汪直、刘瑾、以及后来之魏忠贤、皆未直接掌握政权。）的前例；至于神宗，这时才十五岁，慈圣太后还把他当小孩看待呢，更说不到自己负责。一切的形势竟造成居正非留不可的局面。这一个局面是居正自己造成的，居正自己也看到。
其次大学士丁忧起复，不是没有故事的。成祖永乐六年六月杨荣丁优，十月起复。宣宗宣德元年正月金幼孜丁忧，随即起复。四年八月杨溥丁忧，随即起复。景帝景泰四年五月王文丁忧，九月起复。宪宗成化二年三月李贤丁忧，五月起复。这都是故事。五人之中，惟有李贤是首辅，而李贤所处的时代，是一个太平的时代，成化二年，宪宗已经二十一岁，即使李贤丁忧，也还和现在非留不可的局面，有些不同。这一切，慈圣太后、神宗、冯保，连同居正也都看到。
不许守制的上谕下来了，居正再行上疏请求，自称“是臣以二十七月报臣父，以终身事皇上”，但是语气并不十分坚定，他甚至说：臣闻受非常之恩者，宜有非常之报。夫非常者固非常理之所能拘也。臣一介草茅，忝司政本，十有余年，受先皇顾托之重，荷圣主倚毗之专，无论平日所承，隆恩异数，超轶古今，即顷者闻忧之日，两宫圣母为臣悯恻，圣心感动，为臣凄惋，慰吊之使，络绎道途，赙賵之赉，充溢筐篚，又蒙皇上亲洒宸翰，特降玺书，中间慰借之勤笃，勉喻之谆切，尚有溢于圣言之外者。臣伏而读之，一字一泪，虽旁观近听之人，亦无不伤心酸鼻者。夫自古人臣，以忠结主，商则成汤之于伊尹，高宗之于傅说，周则成王之于公旦，汉则昭烈之于诸葛亮，其隆礼渥眷，辞命诰谕之文，载在史册，至今可考，固未有谦抑下巽，亲信敬礼，如皇上之于臣，若是之恳笃者，此所谓非常之恩也。臣于此时，举其草芥微躯，摩顶放踵，粉为微尘，犹不足以仰答于万一，又何暇顾旁人之非议，徇匹夫之小节，而拘拘于常理之内乎？且人之大伦，各有所重，使幸而不相值，则固可各伸其重，而尽其所当为；不幸而相值，难以并尽，则宜权其尤重者而行之。今臣处君臣、父子，两伦相值，而不容并尽之时，正宜称量而审处之者也。况奉圣谕，谓“父制当守，君父尤重”，臣又岂敢不思以仰体，而酌其轻重乎？（奏疏六《乞恩守制疏》）
无疑地，居正是在考虑应否守制的问题了。十月初二日奉圣旨：
卿笃孝至情，朕非不感动，但念朕昔当十龄，皇考见背，丁宁以朕属卿，卿尽心辅导，迄今海内乂安，蛮貊率服，朕冲年垂拱仰成，顷刻离卿不得，安能远待三年？且卿身系社稷安危，又岂金革之事可比？其强抑哀情，勉遵前旨，以副我皇考委托之重，勿得固辞。（见上）
奉旨以后，居正上《再乞守制疏》，十月初五日复奉圣旨：
览奏，词益哀恳，朕恻然不宁。但卿言终是常理，今朕冲年，国家事重，岂常时可同？连日不得面卿，朕心如有所失。七七之期，犹以为远，矧曰三年！卿平日所言，朕无一不从，今日此事，却望卿从朕，毋得再有所陈。（见奏疏六《再乞守制疏》）
神宗甚至和吕调阳、张四维说起，即使居正再上百本，亦不能准。守制的请求，已经成为僵局，居正只得再从旁面提出，他说：仰窥皇上之心，不过以数年以来，举天下之重，尽属于臣，见臣鞠躬尽瘁，颇称意指，将谓国家之事，有非臣不办者。此殆不然也！夫人之才识，不甚相远，顾上用之何如。臣之不肖，岂真有卓荦超世之才，奔轶绝尘之力，惟皇上幸而用之，故臣得尽其愚耳！今在廷之臣，自辅臣以至于百执事，孰非臣所引荐者？观其器能，咸极一时之选。若皇上以用臣之道而用诸臣，诸臣以臣心之忠而事皇上，将臣平日所称圣贤道理，祖宗法度，此两言者，兢兢守之，持而勿失，则固可以端委庙堂而天下咸理。是臣虽去，犹未去也，何必专任一人，而使天下贤者，不得以各效其能乎？且臣尚有老母，年亦七十二岁，素婴多病，昨有家人到，致臣母意，嘱臣早归。田野之人，不知朝廷法度，将谓臣父既没，理必奔丧，屈指终朝，倚间而望，今若知臣求归未得，相见无期，郁郁怀思，因而致病，则臣之心，益有不能自安者矣。皇上方以孝养两宫，何不推此心以及臣之母乎？（同卷三《乞守制疏》）
神宗底圣旨又下了，他说：
朕为天下留卿，岂不轸卿迫切至情，忍相违拒？但今日卿实不可离朕左右。著司礼监差随堂官一员，同卿子编修嗣修，驰驿前去，营葬卿父；完日，即迎卿母，来京侍养，用全孝思。卿宜仰体朕委曲眷留至意，其勿再辞。（见前）
这道圣旨，由内阁传下，神宗再命司礼监太监何进带去亲笔谕旨：谕元辅：朕以幼冲、赖先生为师，朝夕纳诲，以匡不逮。今再三陈乞守制，于常理固尽，于先帝付托大义，岂不鲜终？况朕学尚未成，志尚未定，一日、二日万几，尚未谙理；若先生一旦远去，则数年启沃之功，尽弃之矣。先生何忍！已有旨，特差司礼监官同先生子前去造葬，事完便就迎接先生老母，来京侍养，以