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严禁王公对属下的勒索行为，这是将整顿旗务与整饬吏治联系在了一起。可见，在雍正帝即位之初，之所以要急于改革旗务，是和当时的政治实际密切相关的，在打击朋党的同时，又整饬了吏治，这些都是雍正帝即位后的当务之急，从这些举措中足以看出雍正帝是一位睿智大帝。
整顿旗务，健全规章
雍正帝在削弱旗主权力、改变王公与属下私人关系的同时，还整顿了八旗旗务，这表现在对八旗的机构、体制、工作作风等方面的改革上。
第一，创设八旗衙门，集体办公。雍正王朝之前，八旗都统等官各自在家里办事，一应行文档案堆贮家中，无人登记、管理，存在很大的积弊。雍正元年（1723年）九月十五日，雍正帝谕令总理内务府事务的和硕庄亲王允禄及内务府总管来保：“现今八旗并无公所衙门，尔等将官房内，拣皇城附近选择八所，立为管旗大人公所，房舍亦不用甚宽大。”允禄等遵照皇帝旨意，创立八旗公所八处。即镶黄旗满洲、蒙古、汉军三旗都统衙门，设于拐棒胡同；正黄旗三旗都统衙门，设于石虎胡同；正白旗三旗都统衙门，设于烟筒胡同；正红旗三旗都统衙门，设于锦石坊街；镶白旗三旗都统衙门，设于东单牌楼新开路胡同；镶红旗三旗都统衙门，设于石驸马街南；正蓝旗三旗都统衙门，设于崇文门内大街西堂子胡同；镶蓝旗三旗都统衙门，设于宣武门内塘子胡同东边宽街地方。
都统衙门建立起来之后，各旗都统、副都统必须到衙门办事。随后，雍正帝又相继设立了步军统领、两翼前锋统领、各旗护军统领衙门。雍正帝下令，他们必须要像一般官员一样，到衙门办公，不得以任何理由旷工误事，有连续五天不赴衙办公者，即另由皇帝派人署理，代行其职，这就相当于罢官免职。可以看出，雍正帝在这件事上，要求是非常严格的。
第二，严格要求当值官员尽职尽责。雍正帝发现，有些都统、副都统，凭自己资格老、功劳大，“于旗务并不办理，唯以曾经效力为足倚恃”。因而雍正帝规定：“若有人擅自不来办公，必将派人署理，代行旗帜。而且八旗轮流，各当值一日，处理日常公务。值日大臣职名，应提前开列具奏。”
除都统、前锋统领、护军统领、副都统等旗下大臣之外，雍正帝最重视的就是参领。参领为旗与佐领之间的机构———甲喇（八旗制中的某一级组织）之长，是仅次于旗下大臣的办事之员，“所关最为紧要”，不仅管辖甲喇之事，而且副都统员缺一般都从参领中拣选补授，实系候补旗下大臣。所以，雍正帝于元年九月十月之间，一再谕令：“今观旗务甚属废弛，嗣后参领一缺，拣选能人补用。”经过认真考察，“优者留用荐举，劣者即行罢黜。”为了便于培养和提拔新生力量，雍正帝于参领、佐领中增设副职。最初每甲喇只设参领一员，因不敷用，始委署一员协理。十二月，谕令将委署参领改作副参领，秩为正五品，从兵丁出身的护军校、骁骑校中拣选引冠补用。“若参领、副参领奉有差遣，其员缺应行委署者，奏闻委署。如此则责任专，而管辖得力，由兵丁出身者，其升转之途亦不致壅滞，旗下既得人才，事务亦大有裨益。”
第三，创制八旗新例。八旗例则，年久失修，雍正帝即位后，虽然对旗制多有改革，但并未形成新例，旗员亦多不执行，因此无法律约束力，臣下处理事务散漫无羁、无所遵循。针对这种情况，雍正帝于三年令八旗大臣在原来的《现行则例》基础上，根据现实八旗情形，命允禄、鄂尔泰等人分别编写上奏，后编成了《八旗则例》《绿营则例》及《世宗宪皇帝上谕八旗》十三卷、《世宗宪皇帝上谕旗务议复》十二卷，《世宗宪皇帝谕行旗务奏议》十三卷。乾隆六年（1741年）告成的《中枢政考》三十二卷，也不是原来版本，而是经鄂尔泰等人奉雍正帝敕旨，另行纂修的。雍正五年（1727年），雍正帝又倡议纂修《八旗通志》初集，命大学士鄂尔泰、尹泰等总裁其编修工作，此书经12年努力，到乾隆四年（1739年）成书。该书长达250卷，是全面记述八旗制度及八旗人物的巨型专著，为后世研究八旗制度的宝贵资料。雍正十二年（1734年），雍正帝又修订了《户部则例》，例文规定：“八旗尺遇比丁之年，各该旗务将所有丁册逐一严查，如有漏隐，即据实报出，补行造册送部。如该旗不行详查，经部查出，即交部查议。”此例文中的“送部”、“经部察出”，均指户部而言。《户部则例》与《大清律例》有所不同：《大清律例》是祖宗成法，具有严格的修律程序，而且涉及到吏、户、礼、兵、刑、工各个方面，不可能根据变动的民事状况及时地作出补充修订，而《户部则例》所调整的对象主要是民事行为，因而有可能及时地修订、确认和调整新的民事法律关系。
新例中的条款对旗民要求甚为严格。例如，条例要求旗民重视有关服饰、用具之定例。雍正帝于元年五月初六，谕令八旗大臣、步军统领衙门、都察院衙门严行稽查，如有服饰、用具不按品级、不遵定例者，即行指参。又如对八旗都统等官要求不得对属下和外吏进行任何私自科派，有犯者按“作弊治罪”。其他八旗官员，都有明律相治。对居乡旗人如皇庄庄头、内府庄头及居住旗地的一般旗人，都有严律约束。
新例与旧例有本质的不同，即新例具有法律效力。为了使八旗旗民认真贯彻新例，雍正帝首先进行了大力宣传。雍正三年（1725年）六月，他要求八旗都统如果发现定制之内及条奏准行事件有不便施行者，可将不便施行之故声明具奏，以便谕令停止；如有没有不便施行之处，且又已经传示众人，则“必须实力奉行”。在进行大力宣传后，雍正帝要求严格落实法律，严厉打击不法旗人。在雍正五年（1727年）四月二十九日，雍正帝谕令八旗都统及内务府总管等、内府庄头及乡居统一旗人，“有窝藏逃盗在家者，地方官差役搜捕，有抗拒者，即将窝家一并拿究”。为惩治不法旗人，有司于雍正二年在京城八门各设旗人监狱，犯罪的旗人照例关押、监禁。雍正帝还于四年（1726年）八月决定：“旗人犯军流等罪者，亦照汉人之例发遣”。雍正五年，又设立重、轻和犯妇三大监牢，足以看出雍正帝对旗人的管理已经甚为严格。
第四，开设宗学。宗学是民间同一宗族之内为教育本宗族子弟而设立的学校。二年间，雍正帝下令设立宗学，按八旗的左右两翼各设一所宗学，招收宗室子弟入学学习。宗学学习满文、汉文，演习骑射，由政府按月发放银米纸笔。雍正帝每年亲派大臣考试，按成绩优劣给以奖惩。至雍正七年（1729年），由于宗学不能容纳所有爱新觉罗氏子弟，又予各旗设觉罗学，招收觉罗子弟学习文化、骑射。雍正帝这样做，目的有二，一是八旗子弟年深日久享受特权，滋长了骄奢之风气，所以设学教育后代，“鼓舞作兴，循循善诱”，方能使后代“改过迁善，望其有成”。二是宗室中一些人员各怀私心，互相倾轧，把骨肉视为仇敌；更严重的是，他们“要结朋党，专事专营”，为改变这种恶习，须从教育开始。可见，雍正帝之所以兴办宗学，是为了消除八旗后患，预防宗室朋党的再起。
为了解决八旗的种种痼疾，雍正帝对旗务进行了严格的整顿，健全了规章制度，约束了八旗旗民。整顿旗务，既巩固了皇权，打击了朋党，同时，又防止了盗贼的横行，提高了满人的文化素质。这不仅是政治上的胜利，也是文化上的胜利。
采取措施，解决生计
由于八旗兵丁在为满洲统治者打天下的过程中立下了汗马功劳，在1644年清人入关后，顺治帝对旗人实行“恩养”政策，宣布永远免征八旗人的差徭、粮草、布匹，从此只承担兵役，给予八旗人种种特权，让他们为官做宦，享受衣食无忧的生活。
为了解决旗人生计，保证置办军械马匹的开支，入关之初，清廷圈占京畿方圆259公里内18万余顷汉民土地分给入关旗人，并且禁止旗民交产，《钦定大清会典则例？户部》曾明确规定“八旗地亩原系旗人产业，不准典卖与民”说的就是这个意思。由于八旗兵丁经常出兵在外，后又建立起俸饷制度，此时的旗人根本不存在生计问题。至康熙王朝，八旗生计问题已相当严重，甚至发生了旗人无法生活下去，隐瞒身份冒充民人卖身为奴的事件。这种情况表明，旗人生计问题已经到了极其严重的程度。由于人口增殖，官职、军职额缺有限，旗地不仅未增，还逐步变为民田；再加上清政府把八旗兵视为“国之根本”，只准他们以“骑射为业”，不准从事其他任何行业的生产劳作，这些都是导致旗人生计恶化的原因。当国家财力允许时，“恩养”这些旗人还算可以。而当国家财力有限、旗人人口不断增加、旗地变卖租赁情况严重、八旗官兵腐败日甚的情况下，八旗生计问题就越来越棘手。
为解决八旗生计问题，康熙帝曾从国库拿出银钱5415000余两，平均旗人每户获赏银数百两，但无济于事，很快旗人将其挥霍得荡然无存。康熙四十二年（1703年），又发库银6554000余两，也同先前一样，旗人很快将其挥霍一空。雍正帝