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自汉以后，很多朝代都沿用这一政策。南北朝时全国趋于分裂，西南地区也不例外，在部分少数民族地区，有左郡左县、僚郡俚郡等。唐宋时期，南诏和大理国的统治者在云南及其附近地区进行相对割据，但有“羁縻”州县和土州土县以及峒等设置，多任当地的少数民族首领为土官土吏，只是没有统一西南加以全面推广而成为完备的土司制度而已。
元朝统一西南后，终于给土司制度在西南少数民族地区的全面推行创造了条件。当时，由于元统治者需要通过土司统治西南少数民族地区，因而给予土司很多特权。土司实行世袭制，自行征纳赋税，对属民有生杀予夺之权，因而土司在相当程度上是一批割据者。在这些统治地区，往往只有形式上的中原王朝，而实质体现的却是土司的意志，具有十分强烈的奴隶制色彩。土司们权力本来就很大，由于天高皇帝远，他们更可以恣意横行，对土民任意使役，任意杀戮。不仅如此，土司之间还经常发生征战，起因也往往只是为了争夺土地、属民或者牲畜。在这些半开化地区，朝廷驻兵很少，有时也只能任他们自相残杀。
明代在元代土司制度初具规模的基础上，已形成为完整的土司制度。在西南各少数民族首领归附的前提下，王朝先后就少数民族首领原来所辖的地区建政，他们的子孙一般也不调离其辖地，并授予他们各种官职，给以符印。他们通常都世袭职位。让原来的土司继续统治原有的辖区和属民，不改变这些地区的政治、经济及一切文化习俗。但也规定他们应遵守王朝为管理他们而制订的法规条例，如他们承袭九品官阶以上的必须由行省勘合，然后要亲自进京朝贡，最后必须得到朝廷的批准，朝廷有权力直接或通过行省对他们进行考核、升降、迁调和罢免；他们必须按规定定期或不定期向行省或朝廷承担各种经济义务，其武装力量也须听从朝廷的调动，若有犯法或彼此之间发生争执，也须听从朝廷的判决或仲裁。
土司、土舍都是割据者，只是实力大小有所不同，而中央要加强对他们辖区的统治，这就形成了土司、土舍与中央之间不可调和的矛盾。在明朝时，土司还发动过对中央的战争，清朝虽无这种事，但是土司、土舍到邻近州县抢劫、屠杀汉民的事却屡有发生，于是出现了双重矛盾：一是土司属民与汉民对立，土司属民往往成群结伙骚扰汉民，有的在夜间乘人不备，焚屋屠戮；二则他们又害怕汉民，一离开村寨，就怕被汉人追杀。土民、汉民问题从根本上说还是土司制度造成的。到雍正帝统治时期，由于弊端的积累，暴露得就更清楚了。
土司、土舍和头人对属民任情役使，赋税是一年四小派，三年一大派，小派计钱，大派计两。他们掠夺的比向中央上贡的要多很多倍。如云南镇沅土知府刀瀚，于雍正初年起每年向朝廷进贡银三十六两、米一百石，而向土民征收的银子高达二千三百四十八两、米一千二百一十二石，强征的比上贡的多几十倍。
再者，土司恣意虐杀属民，对犯其法而被杀害者的家属，要征二十四两、六十两不等的银子，还名之曰“垫刀银”，实乃凶恶至极、惨无人道。属民们对土司无官民之礼，而有万世奴仆之势，子女财帛总非本人自有，他们的一切包括生命都是土司的。
还有，土司之间的战争，常年不断，世代为仇。如广西隆州古隆地方土司王尚氏等，与贵州普安州地方的土司阿九等争夺歪染、乌舍、坝犁、鲁磉等寨，常年刀光剑影。雍正二年（1724年）时上告官府，因事涉两省，地方官互相推诿，到雍正四年（1726年）还没有得到审理解决。湖南永顺地方的诸土舍，也是如此相互仇杀，经年不断。
这些情况自然严重地妨害了国家的统一，造成政府与土司分立的局面，土司所属之地成为国中之国；而且由于土司制的奴隶性质，严重影响和制约了社会的进步，使这些地区长期得不到足够的开发，始终是蛮夷烟瘴之地；同时，土司制不但危害本地的安定，也破坏汉民和少数民族的交流与合作，使它们彼此仇视，是民族矛盾的制造者之一，对民族大融合造成了极为不利的影响。
明朝以降，中央政府就决定取消土司世袭制，并在条件成熟的地区，设置府厅州县等地方政权，派遣一定时间进行调换的流官前往治理，这就是改土归流。这种办法，明朝和清初只是偶或实行，大部分少数民族地区仍然保留着土司制度。随着清朝对边远地区政治、经济统治的加强，中央政府再也不允许在自己的版图内存在许多不听号令、不服管束的独立王国，各族人民也愈加要求挣脱落后、残酷的土司制的压迫。
雍正帝在帝位坐稳之后，将目光放在了对“土司制度”的改革上，并开始了紧锣密鼓的筹划。
用鄂尔泰，改土归流
对土司制度造成的这些危害，清初诸帝都了然于胸，他们深知改土归流的必要性。之所以迟迟不对土司制度大肆开刀，不仅在于土司制已经存在了一千多年，而且土司们的势力也十分强大。他们富埒王侯，奴隶成群，拥有士兵。无论是经济实力还是军事实力，都不可小觑。因此要革除土司制，必须具备两个现实条件：一是土司制引起本族人和汉人的公愤，自觉反抗，方可借机削弱；二是朝廷力量足够强大，使土司不敢作乱，即使作乱也可一举荡平。
雍正帝即位不久，幕客兰鼎先就曾建议削夺土司：依据土司犯罪轻重，削减他的村落里数，若罪行严重，则夺其位，将地方归流官治理。不便改土归流之处，可将大土司除去，将领地分散于诸子弟，众建土司，以弱其势。面对这一提议，一开始时雍正帝认为条件尚未具备、时机尚未成熟，因而不敢贸然行事。
二年（1724年）五月，他谕示四川、陕西、湖南、广东、广西、云南、贵州等省督抚：“朕闻各处土司，鲜知法纪，所属土民，每年科派，较之有司征收正供，不啻倍蓰，甚至取其牛马，夺其子女，生杀任情，土民受其鱼肉，敢怒而不敢言。莫非朕之赤子，天下共享乐利，而土民独使向隅？朕心深为不忍。”在这里，雍正帝还只是提出问题，尚没有提出解决的方案，仅要求封疆大吏对土司加强管辖。而在事实上，加强管辖并没什么用，土司有兵有钱，他们并不怕朝廷大官，表面上以礼相待，暗地里该怎么干还怎么干。官员们明明知道这些，却往往束手无策，除非挑起兵端，但若挑起兵端，那就不是一家土司的事了，而是向所有土司发起挑战，这个问题谁都不能不予以考虑。
这种社会现实几乎成了历代封建皇帝们的心病，雍正帝对此也一样是耿耿于怀。他明白，惟一的解决办法，只能是沿用明朝的“改土归流”制度。但是明朝的“改土归流”并不彻底，早在明朝洪武年间，明太祖朱元璋就曾经在云贵地区实行改土归流政策。当时著名的“奢香案”就是在改土归流的背景下发生的：有个流官欲一举清除土司制度，向少数民族挑衅，将当地土司之妻奢香剥衣鞭打，结果土民入京上告，朱元璋将那官员杀了。明朝的改土归流在洪武和永乐年间，实行得较成功，但碰到的阻力也不少，由于朝廷在某些方面不得不向土司妥协，尤其是需要通过土司统治少数民族人民，因而一直到清初，土司制度仍顽固存在，使得中央政府对少数民族区域政令不灵，难以实行有效管治。
鉴于此，尽管有很多封疆大吏奏请改土归流，雍正帝起初仍不想轻举妄动，而以“柔远之道，安边为要，万万不可贪利图功，轻启衅端”以及“开疆拓土，好大喜功之念，丝毫不可存于胸中”为由，一一驳回。
直到雍正三年（1725年），此时雍正帝的统治地位渐趋稳固，朝廷官员的凝聚力也已经加强，雍正帝便开始考虑改土归流问题了，而此时贵州刚好发生了长寨事件。这年，云贵总督高其倬在贵州贵阳府广顺州长寨地方仲家族村寨建立营房，遭到土司武力反对。高其倬卸任回京，向雍正帝面呈土司问题的严重性。这时，鄂尔泰正好出任云南巡抚，到任就遇上这件棘手的事情。鄂尔泰看到事态严重，认为必须用兵，“穷究到底，杀一儆百，使不敢再犯”。于是他上奏折，提出推行改土归流的建议。奏折要点是：
第一，阐明实行改土归流政策的必要性。土司相杀相劫，“汉民被其摧残，夷人受其荼毒，此边疆大害，必当解决者。”办法就是尽快实行改土归流，“将富强横暴者渐次禽拿，怯懦昏庸者渐次改置”。否则，不过是“临事治标”，不能从根本上解决问题。
第二，拟议改流的方针和方法。“改流之法，计禽为上策，兵剿为下策；命自投献为上策，勒命投献为下策。”对于投献者，“但收其田赋，稽其户口，仍量予养赡，授以职衔冠带终身，以示鼓励。”至于改流的策略，既要用兵，又不专恃武力，争取波及面小，尽量减少阻力，以便迅速奏效。
第三，任事大吏必秉公奋力才能达到目的。因为变革土司这样的旧制，困难很大，又有失败的可能。如果失败，主办人将受到舆论的谴责和行政的制裁。要取得好的效果，主办人必须殚精竭虑，勤奋不懈，“稍有瞻顾，必不敢行；稍有懈怠，必不能行”，这就要求任事大吏要不计较个人得失，实心实力地去行事。
鄂尔泰在奏折中阐述了改土归流的必要性和急迫性，以及推行这一政策的战略方针和具体措施。雍正帝看了折本后十分高兴，当众称赞鄂尔泰�