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粤海关对外商船舶的管制也较市舶更为严格，且内容具体详尽。凡外商船舶到粤，先泊澳门，经批准方许入海口，至虎门，经海关检查，按例缴税后，方可入黄埔泊位。同时规定对进出港外国商船实施“引水”（领港）制度，这是粤海关贯彻自主贸易的重要表现。雍正帝规定所有到达广州的外国商船，一律令在黄埔停泊，后因距省城太近，于雍正十年（1732年）改在澳门停泊。对于船只所带炮位，由中国官方起卸保存，离去时始行发还；船到后，都由中国派兵看守，只许外商与中国的行商贸易，其水手只能在船上等候；外商将货单交给行商，一切进出口报关运输事宜，皆由行商包办；由粤海关有关人员进行征税和查货；与外商贸易无关的所有中国人，一律不许进入外商船只；来自各国的船队，每年五六月间泊靠广州港，在十三行商馆卸货交易后，外商于当年十一月、十二月乘季风回归。
除广州之外，澳门也是当时清政府对外贸易的一个聚集地。因此，雍正帝对澳门的外商也进行了严格管理。康熙末年，康熙帝禁止中国人到南洋进行贸易，于是，居住澳门的西洋人把握住了做生意的机会，他们逐年添置船只，扩大交易。康熙六十一年（1722年），澳门的洋船已达二十五只，居住西洋男女三千五百多人，清政府深感有必要加强管理。雍正元年（1723年），雍正帝规定，澳门西洋人的船舶只限于现有的25只，不准再添造，防止其扩大贸易、招引西洋人来澳居住；无故来澳门的洋人，令其随船离去，不许在当地居住；在澳门的西洋人要遵守清朝法令并向粤海关交纳赋税；清政府还在澳门设有驻军，又在澳门通往内地的交通要道设立城池关卡，由都司、守备带领兵丁驻防，四面安设炮台，不许西洋人随便进入内地；雍正九年（1731年），于澳门前山寨设立县丞衙门。这些都是雍正年间清政府对澳门行使主权的具体表现。
为使税制规范化，雍正十三年（1735年），清政府制定关税税则《比例税册》。货分四大类：布匹织品、食物、器皿和杂货。进出口关税大体和前代类同，属低税政策。税则虽粗糙，但大致勾画了关税税则的轮廓，这也是超过历代市舶管理的地方。
在雍正帝执政期间，管理外商的官员往往大肆贪污。雍正三年（1725年），广州巡抚杨文乾在行商中设立行头，专用其中的六家垄断与外商的贸易，并代替粤海关征收关税。关税是清王朝重要的赋税来源，为保证清廷的财政收入，清政府还规定了粤海关的关税征收定额和超额指标。当两广总督孔毓殉、广东藩司常赉珣揭露杨文乾贪赃时，雍正帝很不以为然，大加保护。可是，后来的结果表明，杨文乾的确有贪污的行为。他在粤海关每年额定税四万两之外，又以溢耗名义，多得十一万两。此外，还向行商勒索钱财，行商须按接洽的商船大小，包送杨文乾一万、八千、六千或三千两数额不等的银子。对待贪官，雍正帝一向从严治罪，但惟独对杨文乾，雍正帝认为贪点无妨，他还站在杨文乾的立场上，为他说话，以为这些事不关国计民生，设法巧取，而名实兼收。
雍正帝在管理外商上，处处以国体为重。而官吏借外商而获暴利，也是有失国体的行为。可见，雍正帝在处理杨文乾这件事上，是有失考虑的。
雍正帝严格外商管理，其中，最具代表性的事件就是禁止鸦片贸易。鸦片的吸食在明末就已传入我国，但由于当时价格昂贵，尝试者人数极为有限。18世纪20年代，英国殖民主义者找到了一条发财之路，那就是向中国走私鸦片。当时的皇室认定西方货物包含着诱惑，因而采取限制的措施，限制的措施包括禁止以货易货的实施。当时的官员们却随心所欲地认可允许进口的货物，且规定出口必须换回金银。由于英国人非常喜欢中国的茶叶，商人们必须用现银购买茶叶，在交易过程中会导致巨额逆差，而内地市场严禁外商涉足，有限的贸易额不足以弥补这个逆差。为了弥补这种逆差的商人们很快发现，官员们从不禁止进口鸦片。产于印度的鸦片有暴利可图，官员们特别需要它来发财。中国虽然已经盛产罂粟，但国产鸦片质量却无法与印度鸦片相比，何况国产鸦片远不能满足需求。正是这种广泛的需求助长了鸦片贸易的扩展势头。
雍正帝敏锐地意识到鸦片的侵入祸国殃民，于雍正七年（1729年）下令禁止鸦片贸易，对于从事鸦片贸易的人进行严厉处罚，处罚包括100军棍、三个月戴枷囚禁、流放新疆直至处死。雍正帝禁止鸦片贸易，官员们都能较认真地执行。福建漳州知府李治国全身心致力于查处鸦片贸易，同年，他在商户陈远家中查获鸦片三十三斤，拟以枷号充军之罪，陈远申冤，说这是药用鸦片，不是鸦片烟，经巡抚刘世明交药店鉴别，确系医药用品，尚未制成毒烟，因此将陈远释放，将鸦片贮存藩库。通过这个案子，也可看出当时吸食者极少，所以连巡抚等人也无法识别鸦片烟为何物。
雍正帝在对外贸易的管理中，充分发挥了行商的重要作用，达到了以商制夷的目的，同时以官制商，官员通过征收关税协调管理贸易活动中的商人，同时也增加了财政收入。在限制外商的过程中，雍正帝所采取的某些措施也起到了一定的积极意义。雍正帝对西洋人的活动非常警惕，极大地防止了侵略者和清政府内部一些腐败分子的勾结，避免了社会动荡，保证了清朝统治的稳定。尤其严禁鸦片贸易更是很好地保护了国人，遏制了鸦片贸易蔓延的趋势。所有这些措施既极大地促进了贸易的发展，同时也保证了清朝的安定。
废弛海禁，对外开放
明朝时期，鉴于东南沿海倭患日益严重，为了更好地管制国民，明代曾长期实行“片板不许入海，寸货不许入蕃”的海禁政策。清政府出于维护自己统治的需要，在初年实行了比明代更为严厉的海禁制度。
清廷正式全面推行海禁，是在顺治十二年（1655年），当时的规定是：“海船除给有执照，许令出洋外，若官民人等擅造两桅以上大船，将违禁货物出洋贩往番国，并潜通海贼，同谋结聚，及为向导劫掠良民，或造成大船，图利卖与番国，或将大船赁与出洋之人，分取番人货物者，皆交刑部分别治罪。”次年，又令沿海各省督抚申饬所辖文武官员“严禁商民船只私自出海”，并“不许片帆入口”，一度几乎完全断绝中外正常贸易往来，同时颁布了“迁海令”，在沿海制造无人区。
清初的海禁，特别是强迫迁海制造无人区的政策不仅妨碍了正常的海外贸易，而且使沿海各省数百万人流离失所，引发出严重的社会问题，同时也极大地影响了政府的税收，因此不可能长久维持下去。康熙帝亲政以后，在沿海地区设置界栅，严禁人民“透越”，违者处死的规定在一些地方实际已有所松动，有的地方逐渐“开边”、“展界”，允许内徙人民回乡复业。康熙二十二年（1683年），清政府出兵平定台湾，东南各省疆吏乘机请开海禁。康熙二十三年，康熙帝以开海禁既“于闽粤边海生民有益”，又可“充闽粤兵饷，以免腹地省分转输协济之劳”，下令准许人们出海贸易。次年（1685年）宣布江苏的松江、浙江的宁波、福建的泉州和广东的广州为对外贸易港口，并分别设立江海关、浙海关、闽海关和粤海关管理对外贸易事宜，从此对外贸易迅速发展，特别是和东南亚诸国往来贸易频繁。但是不久，清政府发现，每年出海船只千余艘，“回来不过十之五六，其余悉卖在海外”。到康熙五十六年（1717年），清政府最终决定停止南洋贸易，不许人民继续前往，此即第二次海禁。第二次海禁虽然允许中国商人到日本经商，即所谓“内地商船，东洋行走犹可”，还明确规定“至于外国商船，听其自来”，不在禁止之内。
第二次海禁之后，沿海一部分出洋贸易的人失掉了往日的职业，无法生存。对于这一点，广东、福建官员看得很清楚。雍正帝刚刚登基不久，两广总督孔毓珣上奏建议取消禁令，允许商人出海贸易。雍正帝交廷臣讨论，隆科多坚决反对。雍正帝认为双方的观点都有道理，没有决定。雍正二年，再次讨论，廷议结论是仍然实行禁令，雍正帝此时也产生了倾向性于海禁的意见，他从封建统治者传统的“重农抑末”的思想出发，错误地认为，解除出海禁令虽然可以解决部分人的衣食问题，却不利发展农业和社会的稳定，他特别担心居留海外的民众归来后会怀有不轨之心策动反叛。因此，他对孔毓珣说：“料理地方一切事宜，当于远大处熟筹深计，凡出一令举一事，必期永久可行，有利无害方好，不可只顾目前小利，对将来有害。”又说：“海禁宁严毋宽，余无善策。”
雍正三年（1725年），福建秋季遭遇大灾，四年春天时青黄不接，各地出现抢劫米店等民众运动，福建人民要求降低米价，巡抚毛文铨不允，愤怒的群众打破巡抚辕门、砸烂了巡捕官的轿子。邵武府建宁、汀州、上杭等地都出现抢米、冲击衙门、罢市等严重事件。四年，闽浙总督高其倬上奏，他认为福建地窄人稠，百姓无田可耕，以致很多人成为盗贼，要想弥盗，最好为他们筹划谋生之路。开海禁，允许人民出海进行贸易，不失为消除人民反抗的一个方法。海禁一开，富者为船主、商人，贫者当头舵、水手，一艘船就可解决近百人的生路。有的人反对说：运米出