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军机处的第三个工作是为皇上管理文书档案。官员的奏折，皇帝亲自阅览后，无论有朱批的还是没有朱批的，都交给军机处抄成副本，加以保存。雍正帝很重视军机处文书档案的管理工作，在军机处内设立了清档房、汉档房，以分别管理满、汉文的档案。凡档房收存的档案都要逐件进行登记，名为“随手登记档”。凡经过皇帝朱批的奏折，由军机大臣奏请另外缮写一份，以备阙失；未经朱批的，以原折存案，每半月一包，按年月日顺序归档。同时，军机处还建立了定期清查军机处档案的制度，每次清查都建立有档案清册，并有折片数目、档册篇页数目及清查档案的记录等。这种记录工作全由军机章京执笔，十分辛苦，他们所干的工作颇类似于各部院吏员的活计。雍正帝之所以会这样做，一是为了保存各种档案，二是为了便于将来查寻各种资料。
军机处官员的工作责任看似十分重大，其实没有任何实权。在当时，所谓的“军机处”实际上完全是雍正帝处理军务的一个秘书班子。这个秘书班子的职责本来是由内阁、议政大臣完成的，雍正帝现在绕开了内阁和议政大臣，这样，实际上就削弱、剥夺了内阁和议政大臣的权力。
惟贤与信，不问出身
雍正帝对军机大臣的挑选标准与清朝末年的挑选标准根本不同。清末的军机大臣地位显赫，实为国家首相，握有军政实权，如恭亲王奕为军机大臣最久，是清末权势极重的首脑人物。而雍正朝的军机大臣，所办事务虽很重要，但本人却无实际权力，仅仅是雍正帝的辅佐和推行集权统治的工具。
我们首先来看一下军机处人员的具体情况———雍正帝曾先后任命怡亲王允祥，大学士张廷玉、蒋廷锡、鄂尔泰、马尔赛，平郡王福彭，贵州提督哈元生，领侍卫内大臣马兰泰，兵部尚书性桂，内阁学士双喜，理藩院侍郎班第，銮仪使讷亲，都统莽鹄立、丰盛额等为军机大臣。又先后任命内阁侍读学士舒赫德、蒋炳，兵部主事常钧，庶吉士鄂容安，内阁中书柴潮生，翰林院张若霭等人为军机章京。在军机处人员中，允祥、张廷玉、蒋廷锡与雍正帝的关系就不必说了。
雍正朝的军机处有一个规定，即不用亲王入军机，直至乾隆朝仍遵守这一成例。但惟独怡亲王允祥破例。在军机处成立之初，允祥就被任为首席军机大臣，雍正帝之所以任用他，是由允祥的性格决定的。
雍正帝即位后，一方面打击政敌，一方面加紧培植发展自己的势力。要培植自己的势力，最好是在兄弟辈中找几个对自己真心实意的阿哥。阿哥是皇子龙孙，所处的地位是其他大臣所无法比拟的，关键在于是否真心实意支持皇上。无奈境况凄凉，八阿哥、九阿哥、十阿哥、十四阿哥等都是雍正帝的政敌，只有十三阿哥胤祥与之相交最厚。在争夺皇位这场没有硝烟的生死搏斗中，胤祥始终坚定地站在四阿哥胤禛这边，暗中帮助胤禛跟原太子党、阿哥党等政敌作殊死斗争。为此，他失宠于父皇，削爵圈禁，直到父皇去世前一直都生活在灰暗和痛苦之中。雍正帝上台之后，云开日出，他被封为和硕怡亲王，成为总理事务四大臣之一，最为皇兄雍正帝信赖。
雍正元年（1723年），雍正帝又将总理户部的大权交给他，并让他主管钱粮奏销的会考府事务。对于封建国家来说，掌管钱粮就是掌管实权。允祥没有辜负皇兄期望，操纵财政大权，参与军国大事，事事办得井井有条。雍正七年（1729年），军机处一成立，雍正帝就让他充任首席军机大臣。允祥的首要任务是为雍正帝传旨，他以亲王的身份替皇帝向百官传达谕旨，这项任务极其重要，但归根结底不过是个传声筒罢了。
在军机处时间最久的军机大臣要数张廷玉。他的性格和允祥的性格极为相似，他也是典型的只为雍正帝操劳具体事务，并无决策和施政大权。张廷玉是安徽桐城人，字衡臣，大学士张英的儿子。康熙三十九年（1700年）中进士，康熙末年任吏部侍郎兼翰林学士，雍正帝即位后，他先后做过礼部尚书、户部尚书、文渊阁大学士、保和殿大学士兼吏部尚书。雍正帝设立军机处后，他与鄂尔泰同为军机大臣，曾先后纂《康熙帝》、《雍正帝实录》，并充《明史》、国史馆、《清会典》等总裁。
张廷玉在军机处供职，不分白黑入值，常与雍正帝一道筹划军政大事，每日都要接受皇帝多次密谕和上呈多篇奏疏，忙着拟旨，替雍正帝看奏章、提意见。每次从军机处走出至自己的公署，属吏请求他指示和批阅文件的常达百余人，一拥而上。他坐在轿子里、入紫禁城骑马，都要听取汇报、处理事务，每天很晚回到家里，草草用膳之后，赶快点起灯烛，继续办事，有时要干通宵，有时睡下想起某稿未妥，又得起来再改。雍正帝常说他“事务太多了，从早至晚，没有片刻的闲空”。
张廷玉一生忙碌，都是在具体的事务堆中度过，而他自己却没有什么思想，但这并不妨碍他成为雍正帝十分器重的大臣。因为雍正帝要的不是他的建树，而是他的忠心不二，踏踏实实地完成皇帝交给的文字工作。
蒋廷锡早在雍正四年（1726年）就担任户部尚书一职，协助允祥办理财政问题，从那时起他就获得了雍正帝的信任。马尔赛曾被雍正帝任命为北路军抚远大将军，早得眷宠。莽鹄立在雍正初年任长芦盐政时，受到雍正帝的赏识。哈元生在西南改土归流行动中立有大功，雍正帝接见他时，曾解御衣以赐之，对其恩宠有加。讷亲在雍正帝重病时，被任命为顾命大臣，由此可见雍正帝对他的信任之深。张若霭、鄂容安则分别为张廷玉、鄂尔泰之子。
由此看来，雍正帝所任命的这些军机大臣，他们原来的官职相差悬殊，从正一品到从四品都有，这就表明，雍正帝在选拔军机大臣时，官职不是必要的条件，而工作能力和与皇帝良好的私人关系才是最重要的。从这个角度来看，雍正帝在用人一事上，既体现了“惟用亲信”的思想，也体现了“不问出身，不拘一格用人才”的用人策略。同时，由这些亲信负责军国大事还有另外一个好处，即这些人绝对服从雍正帝，而又无政治野心、无权力欲望。作为军机大臣，他们的职责多是从事议事、鉴述、传达工作，虽有一定的权力，但却主要是秉承雍正帝的旨意办事，既没有议政处的决议权，又没有内阁的票拟权（票拟又称为条旨，它是阁臣根据皇帝所示旨意草拟敕旨，或对各部门各地方所上奏章提出批答意见，供皇帝裁决参考，经批红后颁示，因而具有相当的决策权力）。这样一来，雍正帝就从最大限度上加强了中央集权。
加强集权，提高效率
雍正帝设立的军机处具有鲜明的时代特点。
首先，军机处是皇帝的集权工具。从明到清，废除宰相制，皇权得到相应提高。清朝初年，多了一个“八爷议政制”，加上各旗旗主、管主都有一定实权，导致皇权在一定程度上被削弱，因此为了加强集权，雍正帝设立了军机处。正是看到军机处能实现集权这一目的，所以雍正帝才进一步扩大其权力范围，从而把自己推向了权力的金字塔顶峰。
其次，军机处有高度的机密性。这体现在以下几方面：一是军机处设在皇帝身边，与朝臣百官相隔绝。 二是对印信管理极严。印信是机构的符号和象征，是出门办事的护身符和通行证。
还有，军机处有很严格的纪律，雍正帝对军机大臣的要求极为严格，要求他们时刻同自己保持联系，并留在皇帝最近的地方，以便随时应召入宫应付突发事件。军机处像飘移的帐蓬一样随皇帝的行止而不断改变，皇帝走到哪里，军机处就在哪里。雍正帝每次议事，一般都是分批独自会见一名军机大臣，让他们无拘无束地谈自己对工作、对百官的一些看法，以便察言观色、去伪存真地选用人才。此外，军机处要求所办之事，不分大小，当日必须处理清楚，不许拖到来日，工作效率极高。
军机处的设立是一个不断完善的过程，具有重要的意义。概括地讲，主要有以下几个方面：
第一，随着军机处的出现，整个国家的政治运作体制发生了巨大改变。由原来内阁承旨、六科封驳，公事用题本内阁承办、私事用奏本直达御前的方式，改为�