第一，随着军机处的出现，整个国家的政治运作体制发生了巨大改变。由原来内阁承旨、六科封驳，公事用题本内阁承办、私事用奏本直达御前的方式，改为皇帝亲书谕旨或口授，军机大臣承旨拟谕径自廷寄各地的方式，使题本成为“例行公事”的具文，从而，原为王朝中枢的内阁成为有名无实的闲曹，大学士成为无公可办的荣誉头衔。
第二，削弱了当朝某些重要机构的职权。军机大臣奉旨撰拟机要事务和西北用兵大事，这些工作本来是内阁票拟的内容。在军机处成立以后，内阁这方面的权力就被剥夺了，内阁的兵部就只从事军官的考核，稽查军队的员额和籍簿等工作，而这些都是日常的琐碎事务，至于如用兵方略、军政区划等重要事情，内阁从此就无由问津了。这样就大大地削弱了内阁的职权，从而加强了君主的专制权力。军机处成立以前，机密军务之商讨，主要在议政处，由议政大臣完成。议政大臣，顾名思义就是要议政并提出相应的意见，而能够在上层机构提出意见，这已经就是一种权力。军机处设立后，商议军机要务，雍正帝也不交给议政处的议政大臣了，军机处所用的满人军机章京，绝大多数都是从议政处调来的，这样就给它来了个釜底抽薪，议政处也名存实亡了。而军机大臣们自身既没有议决权，也没有票拟权，只能秉承皇帝的旨意办事，因此，即便他们再有雄心壮志，也无法成为与天子抗衡的“宰相”，军机处也永远不会变成尾大不掉的官僚机构。
第三，雍正帝通过军机处和“廷寄”制度，进一步加强了中央和地方的联系，使皇帝的旨意能畅通无阻地直达各部院和地方。上至六部、九卿及九门提督、内务府太监之敬事房，外至十八省，无事不综汇；军国大计，无事不总揽。雍正帝设立军机处这一固定的班子，形成了一整套工作制度，因而在竭力加强皇权的同时，还大大提高了行政效率，使皇帝的旨意能够真正充分得以实现。
历代帝王都希望加强集权，只是采取的手段有所不同。朱元璋日理万机，忙不过来，就找了几个大学士作顾问，然而这些顾问不是固定地在皇帝指导下处理政事，因此皇权是强化了，行政效率却并不高；而雍正帝建立的军机处，在加强皇权的同时，还提高了效率，使得皇权的加强能够真正地充分地得到实现。军机处是绝对军权的有力支柱，皇帝们并不想取消它，反而会有意识地发展完善它，乾隆帝于乾隆五十六年（1791年）时取消了议政王大臣会议，这说明军机处已经形成了一代定制。
第四，加强了中央集权，维持了社会稳定。雍正帝在削弱乃至排除内阁与议政王大臣会议参与国家政务的决策权后，这些大权皆总汇于军机处；而军机处则牢牢地控制在雍正帝之手，如“人之使臂，臂之使指”，一切权力皆由雍正帝自操，军机处官员真正成了他的办事人员。雍正帝惟恐军机大臣“专擅”，设置层层警戒，军机大臣无不小心谨慎，奉公守法。历代曾屡屡出现的权臣专政、外戚专权、宦官干政等难以克服的政治弊端，自雍正帝设立军机处以后，自行根绝。
总之，雍正帝设立的军机处，建立了君主高度专制的运行机制，保证了中央集权，提高了行政效率，实行了政治上与思想上的“一元化”统治，维持了社会长期的稳定与统一，避免了政治动乱和社会骚动，让百姓能够持久地休养生息，推动社会向着繁荣稳定的方向前进。因此，在当时的历史条件下，雍正帝创设军机处，是有其积极意义的。
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