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北京城经过明朝的精心建设，呈固若金汤之势，明朝的历史多次证明了北京城的稳固。“土木之变”之后，英宗被俘，但北京仍岿然屹立，蒙古的也先也奈何不得；“庚戌之变”时，俺答兵临北京城下，最终也未能攻陷北京城。
南京：明朝前期的“京师”（1）
南京聚宝门四重券式门洞
明人绘《南都繁会图》
明代的南京城，东连钟山，西据石头，南贯秦淮，北带玄武，城周33。68公里，规模盛大，气势磅礴，不仅为我国现存的第一大城，也是世界最大的一座砖石城。
元至正十五年（1356年），朱元璋攻下集庆（南京元时称集庆），改称应天府，以此作为根据地。第二年，朱元璋召见朱升。朱升提出了“高筑墙，广积粮，缓称王”的建议。元至正二十五年（1366年），也就是朱元璋称帝前两年，朱元璋就开始修筑城墙，营建皇宫。洪武元年（1368年），朱元璋在应天府登极，建元洪武，定都应天府。明代南京皇城示意图从1366年一直到1386年，朱元璋用21年时间，修建了南京城。南京城是明太祖朱元璋亲自精心设计的杰作。
朱元璋修建南京城分为四个阶段：第一阶段，在钟山西南麓新筑宫城和改筑南唐以来的金陵城；第二阶段，向北拓宽旧城直到江边；第三阶段，建造聚宝门、三山门、通济门等主要城门，并新筑后湖城和各主要街道；第四阶段，建造外廓城。
南京城墙朱元璋修建南京城，是先改建南唐遗留的金陵城，再在东边建造一个方形的皇城。朱元璋的著名军师刘伯温所勘定的皇城位置，虽然位于钟山的“龙头”之前，乃“风水宝地”，但由于这一带是前湖（燕雀湖），地势低洼，朱元璋只好调集几十万民工来填湖，由于工程浩大，因此南京民间有“迁三山填燕雀”的传说。还盛传朱元璋曾把住在湖边的一个叫田德满的老汉投入湖中，作为“填得满”的“吉兆”，田德满因此被朱元璋封为神。
在南京城修筑过程中，还有一个传说与富商沈万三有关。沈万三资助筑城的故事，可说在南京是家喻户晓。据说，沈万三原来是南京的渔民，打鱼时打到了一个聚宝盆，从此变成金陵巨富。明朝初年，建筑南京城南门（今中华门）时，砌起即塌，屡次修筑不成。有人说地下有水怪在作祟，向朱元璋献计，要借用沈万三的“聚宝盆”。朱元璋命人把沈万三召来，对他说：“你家的宝盆能聚金银，也该能聚土吧！”便强行借来沈万三的“聚宝盆”，埋在第一道城圈内东边的城下，这段城墙便不再坍塌了。因此，南京城的南门叫聚宝门。
朱元璋兴建南京城花费的人力、物力、财力是惊人的。仅承担造城砖的单位就有1部（工部）、3卫（横海、豹韬、飞熊）、28府（州）、118个县、3个镇。他们按照统一的规格尺寸，烧造大型城砖，运送南京。砖的质量很高，上面刻有造砖府县、监造官员和工匠的姓名、年月。砖的长度一般在40至45厘米，宽度在20厘米左右，厚度约10厘米，重量从10余公斤到20余公斤不等。大部分都是质地较为细密的青灰色砖。大部分的城墙都先用花岗岩或石灰岩的条石做基础，上面再用大砖垒砌内外两壁和顶部，内外壁之间常用碎砖、砾石和黄土层层夯实。城墙顶部和内外两壁的砖缝里，都浇灌一种“夹浆”。这种夹浆用石灰、糯米汁（或高粱汁）或再加桐油掺和而成，凝固后黏着力非常强，能够使城墙经久不坏。
南京聚宝门四重券式门洞明初建成的南京城，南北长，东西窄，把建康故城、南唐金陵城、石头城和历代设置的几个作为州府治所的小城，统统包进南京城里。可以说是集南京历史上各代城池之大成。
明代南京城分宫城、皇城、京城、外廓城四层。南京城突破了中国古代都城采取方形规则，宫城位于都城中部偏北的旧制，因地制宜，根据实际地理形势和防守需要筑城，使全城呈南北狭长、东西略窄的不规则形状，并将宫城单独置于都城东部。
南京古城墙藏军洞城墙依山傍水，高度和宽度因地制宜，不求一致。最高处达60米，最低处仅10多米。厚度最宽处达25米，一般在7～10米之间。南京明城墙有城门13座，水关2座。城墙上还有垛口13616个，窝铺200余座，以供军事防守之用。在城的中央还建有钟楼和鼓楼。城门的上部都有高耸的城楼，而以聚宝门最为雄伟。聚宝、三山和通济三座城门各有城墙四道，每两道之间的空间称为“瓮城”，可作为战时的防守之用。聚宝门是这些城门中最坚固的一个，城楼以下部分基本保存完整，而且有所谓“藏军洞”这样的特殊设施。“藏军洞”实际上就是里端封闭的砖券门洞，在战时可供兵士休息和用来存放军事物资。这种“藏军洞”在聚宝门最南一道的城墙上计有两层共13个，左右两侧的城墙下部又各有7个，加起来共有27个。据说，每洞可容纳兵士百人以上，共可藏兵达3000人以上。每座城门都有内外两道门，外面一道是从城头上放下来的“千斤闸”，具有坚固的防御作用；里面一道则是木质再加铁皮做成的两扇大门。在平时，行人车马都从城门洞里通过。
从整个宫城的布局来看，北京的明故宫与它相似。这是因为，北京故宫就是根据南京故宫的蓝图兴建的。
宫城南北长5里，东西宽4里，呈四方形。有午门，东安、西安、北安门。外有护城河围绕。南面的正门叫“洪武门”，后边是一条纵贯南北的宽广的御道。御道的尽头是“外五龙桥”，桥北是“紫金城”。“紫金城”的正门是承天门。接着是端门和午门。在承天门、端门和午门以东，有祭祀皇帝祖先的太庙，以西有祭祀主宰国家命运之神的社稷坛。午门以内是“前朝”。位于中轴线上的三座主要大殿是“奉天殿”、“华盖殿”和“谨身殿”，通称为“三大殿”。三大殿的东边是“文华殿”，西边是“武英殿”，还有左右对称的“文楼”和“武楼”。文华殿的东侧，有“东华门”，武英殿的西侧，有“西华门”。三大殿以北是“后廷”——皇帝日常生活起居的地方，包括奉先殿、柔仪殿、春和殿、乾清宫、坤宁宫和御花园，直到后宰门的玉带河为止。
南京：明朝前期的“京师”（2）
相传，南京城造好后，朱元璋率其子及左右群臣登上紫金山，观察都城之气派。他问群臣：“我的都城建得怎么样啊？”群臣极尽溢美之辞，唯独十四岁的王子朱棣却语惊四座：“紫金山上架大炮，炮炮击中紫金城。”朱元璋仔细一看，不禁冒了一身冷汗：城周山峦起伏，东面钟山，南面雨花台，北面幕府山等一些重要制高点都留在了城外，此乃城防之大忌。朱元璋因此对全面筹划筑城的刘基怒恨有加。他回宫后，让太监给刘基送去一盘桔子，刘基知道皇上怪罪自己筹划失当，送桔子是恨不得将其剥皮抽筋吃肉之意，吓得连夜逃入茅山避祸。
明人绘《南都繁会图》南京是明初中国的政治、经济、文化中心。如果说作为一个王朝的都城，南京在过去的各朝只不过是偏安一隅的局部性割据政权的中心的话，那么，从明朝开始，南京第一次成为全国性政权的首都。吴敬梓在《儒林外史》中对当时南京城的繁华做了细致入微的描述：“这南京乃是太祖皇帝建都的所在，里城门十三，外城门十八，穿城四十里，沿城一转有一百二十多里。城里几十条大街，几百条小巷，都是人烟稠集，金粉楼台。城里一条河，水满的时候，画船箫鼓，昼夜不绝。城里城外，琳宫梵宇，碧瓦朱甍。在六朝时，是四百八十寺，到如今何止四千八百寺！大街小巷，和共起来，大小酒楼有六七百座，茶社有一千余处……到晚来，两边酒楼上明角灯笼，每条街道上足有几千盏，照耀如同白日，走路人并不带灯笼。那秦淮河到了有月色的时候，越是夜色已深，更有那细吹细唱的船来，凄清委婉，动人心魄。”
藏于中国国家博物馆的《南都繁会图》，被称为南京版的《清明上河图》，这幅长350厘米、宽44厘米历史长卷直观地显现了明初南京的歌舞升平景象，生动地描绘了明朝永乐年间南京秦淮河两岸的盛况。画面从右至左，由郊区农村田舍始，以城市的南市街和北市街为中心，在明皇宫前结束。画上店铺林立，车水马龙，行人摩肩接踵，广告标牌林林总总。秦淮河两岸，佛寺、官衙、戏台、民居、牌坊、水榭、城门，层层叠叠；茶庄、金银店、药店、浴室、鸡鸭行、猪行、羊行、粮油谷行，应有尽有。秦淮河中，运粮船、龙舟、渔船往来穿梭，甚至还有从内秦淮河拐出的唱戏小船。《南都繁会图》绘有109家商店及招幌匾牌，1000多个职业身份不同的人物，侍卫、戏子、纤夫、邮差、渔夫、商人等在长卷上神态各异，展现出一幅繁华、热闹而又静谧的市井生活图。
明人绘《金陵八景图卷·秦淮渔笛》南京为明朝文化中心的标志是国子监的创办，甚至在明成祖迁都北京之后，南京国子监仍被保留，号称“南监”。国子监同时也是收藏图书资料、编辑刻印书籍的中心，我国古代最大的一部百科全书《永乐大典》，就是在南京国子监编成的。永乐元年（1403年），明成祖朱棣对翰林院学士解缙等人说：天下古今事物，分散记载在各书，篇幅浩繁，不易查看，应立即组织儒士，编出一部如探囊取物般考察方便的类书。明成祖十分重视编辑工作，由解缙、姚广孝等人负责，先后有数千文人参加了这项浩繁的文化工程。《永乐大典》完整地保存了许多佚文秘典，是极为可贵的历史文献。
建文四年（1402年），燕王朱棣发动“靖难之役”，攻入南京，命士兵将皇宫围困。建文帝命人点火焚烧皇宫，然后仓皇出逃，不知所