苏哈托与总统的会谈，越来越陷入困境，尤其反对苏加诺总统分散陆军领导权。他气冲冲地说：“在军队生活中，同时正式任命两个指挥官是从来没有的事。”于是他决定撇开普拉诺托将军，自行其事，牢牢掌握陆军的领导权，使苏加诺分散陆军领导权的命令变得毫无作用。
苏哈托回到陆军司令部时，用武力夺取哈利姆空军基地已不成问题。因为翁东中校已乘坐空军达哥打飞机去日惹的艾地主席那里。苏加诺总统让空军少将奥马尔·达尼及其家属在他的茂物行宫避难。次日凌晨，苏哈托的部队占领了哈利姆，政变完全失败。
10月5日，苏哈托为被害的陆军将领举行葬礼。葬礼在庄严肃穆的气氛中进行。灵枢用装甲车运到加里巴达英雄公墓。参加葬礼的多是军人，也有不少围观的群众。苏加诺总统没有参加葬礼。
虽然政变已经平息，但苏哈托与苏加诺之间的权力斗争并没有结束。显然，通过这次政变，苏哈托将军实权在握，苏加诺总统大权旁落。但苏加诺总统尽力挽回，力图重振雄威。
苏加诺在茂物行宫召集了两次“两项人民命令”内阁的会议，他邀请了著名的共产党部长，如鲁克曼和约多。10月6日，在谈笑声中举行了第一次会议。苏加诺宣布，“九·三0运动”应被看作是印尼革命的一部分。“革命委员会将自行解散。11月6日，在茂物举行了第二次内阁会议。苏加诺在苏哈托实权在握的情况下，不得不任命苏哈托为部长、陆军总司令，结束了普拉诺托的插曲。但两人的关系疏远了。这在两个人的脸上反映出来，当时独立宫的气氛是冷冰冰的。在这次会议上，总统仍然认为印尼共产党是印尼革命的主要支柱之一，他力图撤销冻结共产党在各地区活动的命令。这一命令是军事行动最高指挥部苏吉普托少将于10月4日颁布的，苏加诺与苏吉普托之间发生了激烈的争论。苏吉普托是苏哈托的坚强支持者。当苏加诺缩小杀害将领事件，而苏吉普托却要求对共产党人采取强烈行动时，苏加诺毫不让步地说：”你懂啥！这是高级政治。“苏吉普托反唇相讥：”总统大人，你靠边站吧！“
1。4 巨鲸与鲨鱼的殊死较量
苏哈托用武力镇压了共产党和左翼势力的政变，实权在握，在全国实行白色恐怖，大肆屠杀共产党人，苏加诺总统因包庇和支持政变而大权旁落。为了对付政变失败后的局势，重新掌握政权，苏加诺命令组织苏加诺阵线。
1966年1月15日，苏加诺总统在茂物发表演说，第一次提出成立苏加诺阵线。第二天，第一副总理苏班德里约号召组织一个应包括城市和农村，农民、青年和妇女的苏加诺阵线，“以反恐怖对付恐怖”。他通过印度尼西亚共和国电台向全国呼吁，强调成立一个更加忠于领袖的团体、以增强现有组织的忠诚。苏班德里约主张把纳苏蒂安、苏哈托和沙尔沃·艾狄提交特别军事法庭，“因为他们要对杀害25万共产党人负责。”
既然苏加诺总统和第一副总理苏班德里约已宣布成立苏加诺阵线，苏哈托明知这是冲着他来的，然而他不能公开加以反对。于是苏哈托指示手下的人建立“建国五原则阵线”，并说苏加诺阵线是建国五原则阵线的一部分。这样就把苏加诺阵线纳入了建国五原则阵线。任何想要表示同“伟大的革命领袖”团结一致的个人和团体，都必须向军事当局登记。任何人都不得比其他人更忠于苏加诺。苏加诺阵线被如此紧紧地包围，以致毫无生存的气息，最后各地区司令官终于宣布没有必要成立苏加诺阵线，并加以禁止。
苏加诺企图以苏加诺阵线来组成另一个有群众基础的组织的努力失败了。苏加诺在这一回合中输给了掌握侧攻这一卓越斗争艺术的对手，但这还不是斗争的最后一个回合。苏加诺在建立群众基础失败后，集中全力搞上层组织。从1966年1月到3月这段时间，苏加诺总统不断努力加强他在最高指挥机构，特别是在内阁和军事行动最高指挥部的权力。
1966年2月21日，苏加诺总统宣布组成“改组后的两项人民命令内阁”。当时，以苏哈托为首的陆军势力和拥护苏加诺的左翼势力都很强大，双方势均力敌。苏加诺不能不确认苏哈托将军行使部长、陆军参谋长的职权，但他“体面地免除”了一些著名的高级将领、坚定的反共人士如部长、武装部队参谋长纳苏蒂安将军和部长、海军司令马塔迪纳将军的职务。然而，这一行动更刺激了苏哈托势力采取更为激烈的对抗行动。
2月24日，苏加诺在国家官主持新部长的宣誓就职时，苏哈托指派青年学生示威进行抗议，苏加诺不得不宣布在国家宫门前实行戒严。2月26日，苏加诺正式下令取缔受苏哈托支持的学生组织“卡米”，同时暂时关闭了印度尼西亚大学，在雅加达实行戒严，并派出好几营突击部队和装甲车，异乎寻常地显示了军事力量。苏加诺命令他的扎克拉比拉哇警卫营镇压受苏哈托支持的青年学生和袭击其总指挥部。这个行动遭到了苏哈托将军的还击，他命令陆军战略司令部的军队保护印度尼西亚大学不受袭击。
卡米被取缔后，2月27日，苏哈托又组织了中学生行动阵线“卡比”。继续以学生为枪炮反对苏加诺。总统和苏哈托将军之间不断发生冲突。3月11日事态发展到高峰。
当时，国家宫正在举行内阁全体会议。会上，苏加诺发表了措辞强硬的讲话，他谴责帝国主义，同时也指责一些立场不够坚定的部长。他以坚定的口吻说：“你们必须接受我的领导，听从我的指示。你们之中如果有人不能跟随我，好吧，那就老实说吧。我非常乐意接受辞职报告，并任命别人来接替你……”苏加诺刚要求动摇不定的部长离职时，他的一位侍从武官庞邦·威查纳尔哥上校走进会议厅，交给总统一张便条，告诉他“一支来历不明的军队”（据后来泄漏的消息说，这支军队是由沙沃·埃迪率领的陆军伞兵突击团的士兵，他们摘掉徽章，执行苏哈托交给的“显示自己力量”的特殊任务。）正逼近国家宫，包围会议大厅。苏加诺马上站起来，借口发生“重大事态”，直奔他的直升飞机，后面跟着没穿鞋子的第一副总理苏班德里约和第三副总理哈鲁尔·萨勒两人。3人匆忙乘直升飞机回到茂物行宫。
当时苏哈托借口扁桃腺发炎没有参加这次内阁会议。这实际上是耍外交手腕。在苏加诺召开内阁会议的同时，苏哈托、已苏基·拉赫马特少将、M·优素福准将以及大雅加达军区司令阿·马赫茂德准将一起举行紧急会议，商讨对苏加诺采取行动。
在苏加诺回到茂物后，由3名将领巴苏基，拉赫马将军、M·优素福将军和阿·马赫茂德将军组成的代表团找上门来。他们是从雅加达跟踪而来的，乘的是汽车；比飞机慢。到达茂物已是3月11日下午2时。他们奉苏哈托派遣，带来了一份最后通牒性质的信件。他们要求把总统的一部分权力移交给苏哈托。苏加诺怒气冲冲，这次谈判直到下午7时30分。
虽然他最亲密的助手苏班德里约和哈鲁尔·萨勒极力反对，但苏加诺还是慑于对手的强大压力屈服了。他签署了所谓的“指示信”，把行政权力移交给了苏哈托将军。它责成苏哈托将军保证治安和秩序，以及保卫“伟大的革命领袖”的人身安全和权力。
根据“三月十一日命令”，苏哈托将军以总统的名义签发了第1／3／1966号总统法令，宣布在共和国全部领土上正式解散共产党。尽管文件还有含糊不清的地方，但苏哈托势力认为，颁布这个文件就是一个巨大的胜利。3月12日，在沙尔沃·艾狄上校的领导下，军队在雅加达举行了显示力量的示威。同一天，由3月11日担任使者的3位将军率领的代表团前往茂物保卫总统的人身安全。3月15日，在苏哈托将军的邀请下，苏加诺回到首都。在当天下午的会谈中，苏哈托汇报了总统命令的执行情况。他极力渲染雅加达的恐怖气氛，并告诫苏加诺不要过低估计示威者的决心。第二天，会谈继续进行，主要议题是内阁的改组问题。
苏哈托提出，苏班德里约和其他内阁成员令他和军部不能容忍，希望苏加诺取消他的内阁。他以为苏加诺会自动放弃自己的内阁，甘当一个傀儡。出乎苏哈托的意料之外，苏加诺总统为了恢复其领导权，再一次作拼死的努力。由4位副总理和鲁斯兰·阿卜杜干尼部长协助制定并在3月16日发布的总统第一号通告中，苏加诺坚定地宣布：“根据印度尼西亚具有的民主和‘黎索宾’（指革命、社会主义和领导权）的精神，我提醒全体印度尼西亚人民，贯彻伟大领袖朋加诺（印度尼西亚语”朋“bung意即兄弟或同志，苏加诺喜欢被称为朋加诺。）的所有教导乃是他们的绝对责任。”同时，苏加诺严厉警告，有人想“把自己的意志强加给总统，甚至最后干预总统的助理班子。各部部长唯有总统才能任命，任何其他人不得过问。”
苏加诺的通告使苏哈托和军事司令官感到吃惊。没想到总统到了这个地步还敢反抗。软的不行就上硬的。苏哈托立即采取行动，决定逮捕15名内阁部长。苏哈托再次以总统的名义于3月18日颁布这项逮捕令。18日，15名内阁成员全部被逮捕，无一人漏网。当时苏班德里约还在苏加诺保护下，呆在总统府。一名记者曾目睹了总统卑躬屈膝的情况。说当他被迫离开总统府以便逮捕苏班德里约时，他低声下气地哀求雅加达警备司令阿米尔·马哈茂德：“阿米尔，不要杀他。”
与此同时，苏哈托将军任命了一批临时部长以填补内阁的空却。
在逮捕了苏加诺的内阁部长之后，苏哈托着手重建临时人民协商会议、国会、最高咨询委员会和其他中央政府机构。
这时重建的机构完全