断了，粮食、燃料的补给也中断了，储备的炮弹也在半个月炮战中消耗得差不多。储备粮只有一个月，也消耗差不多了，于是频频向台湾告急。蒋介石即请求美军护航。以恢复金门的海上补给线。
9月7日，美蒋组成一支海上大编队。美国军舰配置在海上编队左、右两侧护航，把蒋军舰只运输船只夹在中间，美舰和蒋军舰只相距仅2海里，由台湾向金门开来。美蒋联合编队从台湾一出动，我军在雷达上就看得一清二楚。情况复杂化了，美军已经卷入，怎么办？打不打？如果一打，势必会把美舰一起带上，这就可能把美国拖下水，同美军发生直接冲突。所以，打不打美蒋海军联合编队，事关重大，不是一个单纯的军事行动，这不是前线指挥员有权可以作出决定的，只能由中央、最高统帅毛泽东才能作出决定的，叶飞立即请示毛泽东。
毛泽东回答：“照打不误。叶飞又请示：是不是连美舰一起打？毛泽东回答：只打蒋舰，不打美舰。并且交代要等美蒋联合编队抵达金门料罗湾口才打，要叶飞每一小时报告一次美蒋联合编队的位置、编队队形、航行情况，到达金门料罗湾时，要等北京的命令才能开火。
叶飞为了准确执行只打蒋舰、不打美舰的命令又请示：我们不打美舰，但如果美舰向我开火，我们是否还击？毛泽东明确回答：没有命令不准还击。
命令是由总参作战部长王尚荣以直达军用专线电话向叶飞转达的。叶飞接到这个电话，极为吃惊，恐怕电话传达命令不准确，铸成大错，再问王尚荣：如果美舰向我开火，我是不是也不还击？回答是毛主席命令不准还击，清清楚楚。
这样叶飞就说：明白了，我严格按照毛主席的命令执行。
这一下叶飞就极为紧张了，因为要严格执行毛泽东的命令，只打蒋舰，不准打美舰，这很不好办。美舰和蒋舰相距仅2海里，如果哪一个炮群瞄不准确，稍有误差，就会打到美舰。至于如美舰向我开炮，我不予还击，这倒还比较好办。
叶飞为了准确执行毛泽东的命令，就亲自向31军及各炮兵群下达命令：待美蒋联合编队抵达金门料罗湾港口，北京下了命令后才开炮；各炮群只打蒋舰，不准打美舰；如美舰向我开火，我不予还击！各炮群接到叶飞这个命令，都吃惊了，纷纷追问。叶飞又把命令再复述一次，并问炮群是否都听清楚了，明白了？各炮群回答听清楚了，明白了，按毛主席的命令严格执行。
9月7日中午12时正，美蒋海军联合编队抵达金门料罗湾港口，运输船只开始在料罗湾港口码头上卸下补给物资。情况直报北京，毛泽东下令开火。全线所有炮群接到命令，即以突然的密集火力攻击蒋舰及其运输船只，集中攻击料罗湾港口码头。没想到我军一开炮，美舰丢下蒋舰及运输船只不顾，立即掉头向台湾方向逃去。这时，金门蒋军和在料罗湾的蒋舰纷纷向台湾告急。台湾问：“美国朋友？美国军舰呢？”蒋舰回答：“什么朋友不朋友？美国军舰已经掉头跑了！”他们大骂“美国人混蛋”，使用报话机通话，连密码都不用，我军的侦听机听得清清楚楚。蒋舰被我军击沉3艘、击伤数艘。台湾即下令蒋舰返航，这一场惊险的战斗就这样戏剧性地宣告结束。
（6）试探美蒋合防条约效力。
通过9月7日的炮击，中共中央、毛泽东初步摸到美国的底细。当然，美国军舰这一天未敢开火也许有一定的偶然性，美国真正的态度如何？还有待于进一步证实。
9月9日，杜勒斯公开发表声明，宣布“美国决定使护航的美舰保持在沿海岛屿3海里之外”，进一步清楚地表明了美国的态度。9月11日，有4艘美国军舰再次掩护国民党的4艘运输舰、7艘作战舰向金门驶来，周恩来立即亲自布置了打击这次护航编队的战斗，准备以这一行动进一步摸清美国的战略底盘。
9月11日11时以后，美蒋混合编队侵入金门海域的中国领海。周恩来下达命令后，从14时57分起，前线解放军炮兵又以40个地面炮兵营又6个海岸炮兵连的强大火力射击驶近料罗湾的国民党军运输舰和金门岛上的目标。
这一次国民党军的运输舰吸取了前几天的教训，不再等待美舰的掩护，一遭打击就急忙向外海逃走，因而只有1艘被击伤。美国军舰同9月7日的表现一样，在解放军发炮后马上退向外海，仍一炮未发。
通过9月11日的炮击，中共中央、毛泽东终于摸清了美国的战略底盘。正如叶飞后来所回顾的：事后我才明白，原来毛主席命令只打蒋舰，不准打美舰，并且规定如美舰向我开火，我军也不予以还击，这一切都是在试探美帝国主义所谓美蒋共同防御条约的效力究竟有多大，美军在台湾海峡的介入究竟到了什么程度。经过这一次较量，就把美帝国主义的底全都摸清楚了。美帝国主义虽然貌似凶恶强大，在全世界到处横行霸道，不可一世，其实也是一只纸老虎。
所谓美蒋共同防御条约也是有一定限度的，只要涉及美帝自身的利益，要冒和我军发生直接冲突的危险，它就不干了，就只顾自己，不顾别人了，如此而已。
这时台湾海峡的形势已经非常清楚，蒋介石千方百计想拖美帝下水，而我们则力求避免同美帝发生直接冲突，美帝也极力避免同我发生直接冲突，这就是当时台湾海峡非常微妙的三方形势。
（7）继续封锁打零炮。
1958年9月7日和11日两次炮击后，国民党见乞求美国护航已经不能达到预定目的，于是变换方式对金门实施补给，企图在岛上继续坚持下去，并仍想利用金门问题把美国拖入中国内战。美国在对新中国进行军事讹诈未收到效果的情况下，开始实行脱身政策，企图压迫蒋介石放弃金门、马祖，进而造成台湾和大陆在政治上的彻底分离。针对不断变化的复杂形势，中共中央、毛泽东一面思考新的对策，一面要求人民解放军继续封锁金门，使国民党更加陷入困境，以加深美蒋矛盾，力从长远角度解决台湾问题创造条件。
9月13日，毛泽东对解放军前线炮兵自月初以来开展的零炮射击活动加以肯定，电令参战部队炮兵全面开展这一活动，要求做到白天黑夜打零炮，每天24小时，特别是料罗湾3海里以内，打零炮（每天打二三百发），使敌昼夜惊慌，不得安宁，以增强全面封锁的效果。根据这一指示，福建前线炮兵在发现重要目标时才集中进行大规模炮击，而平时则转入零星炮击，使金门岛上的国民党军日夜都需要隐蔽在阴暗潮湿的坑道中，岛上的地面活动基本陷入停顿。
由于金门岛上的守军处境日益困难，急需补充粮弹和各种物资。9月13日，台湾国民党军又采用了一种新的运输方式，在天还未亮的凌晨用“美”字号运输舰进行偷运。
但是运输舰在接近料罗湾时又遭到解放军猛烈的炮火射击，2艘“美”字号都中弹负伤逃回，补给再次失败。
鉴于由运输舰直接靠岸运输已不可能，国民党海军的运输人员想到了利用美国在第二次世界大战中常用的履带式水陆输送车（LVT，台湾军方俗称为“水鸭子”）。当时，解放军的海空军为了避免中美军事冲突奉命不出外海，而海岸边的炮兵人力射程也在2O公里左右，国民党海军以装载水陆输送车的大型运输舰于白天驶到金门以南解放军炮兵火力无法达到的海面水陆输送车装载货物后再从舰上下水，直接抢滩上岸卸载。9月14日，台湾国民党军首次试用这种补给方式，虽然17辆离舰抢滩的水陆输送车在解放军炮击中损失2辆，但是台湾当局认为还算成功，下令继续实施。与此同时，台湾当局又利用傍晚和夜间对金门守军进行空投，近海施放水陆输送车抢滩和空投，自此成为对金门实行补给的两项基本方式。
9月15日，中央军委对于封锁金门问题也作出新决定，强调：为了进一步封锁金门，炮兵要努力改进射击技术，重点打击驶进料罗湾的运输舰艇及卸载点，切实避免误击美舰，并加强对空投场的炮击；空军要加强大陆沿海上空的巡逻活动，掩护炮兵打击空投的国民党军运输机，并坚决打击进入大陆上空的国民党军战斗机；海军在确不误击美舰的前提下，夜间可予进入料罗湾的国民党军舰艇以打击。根据中央军委加强封锁的精神，从广州军区和其他单位抽调的地面炮兵、高射炮兵部队又陆续人闽，使参加炮击金门的地面炮兵部队达14个团另7个营又14个连，还有海岸炮兵8个连。
9月20日以后，美国又以军舰和航空兵为国民党军护航，不过护航的方式有所改变。
美舰再度和国民党军舰混合编队，行驶至金门外海解放军岸上炮火射程之外停泊，再由国民党海军的运输舰放下水陆输送车，涉水上岸卸货。这样，解放军的炮兵已经无法炮击国民党军的舰只，而水陆输送车长度仅几米，目标甚小，又处于运动之中，火炮远距离射击很难命中。美军舰载战斗机则由停泊在台湾海峡的航空母舰上起飞，几乎每天都出动数十架次，掩护国民党空军的运输机飞抵距金门20公里以外的空域（正在中华人民共和国宣布的领海线以外），然后美机在外面巡逻掩护，国民党军的运输机则迅速飞入金门上空实行空投。这种补给方式，确实给人民解放军实施封锁带来了相当大的困难。
针对国民党补给方式的变化，解放军前线部队响应研究了对策。由于金门斗争牵涉到复杂的国际问题，军事行动必须服从政治斗争和外交斗争的需要，9月24日中央军委又向前线部队重申了“以炮击为主，海军空军在确实不误击美舰美机和有把握胜利的原则下相机作战”
的方针。当时，由于台风，海面涌大浪高，解放军海军快艇的吨位一般都只有几十吨，这类小艇出海已很困难，因此封锁任务