在政治方面，由于罗森贝格和科赫在是否值得助长乌克兰民族主义上有分歧的意见，他们必然会在乌克兰流亡者的问题上发生冲突。在乌克兰流亡者中，有许多是西乌克兰人，战前就在德国十分活跃。在这件事上，情况一开始就十分混乱，因为在他们企图利用少数民族来对付总督辖区的波兰人的过程中，德国人已经承认了西乌克兰人中的一个所谓“民族委员会”。他们还通过谍报局局长卡纳里斯海军上将培训了一批乌克兰民族主义的积极分子，因此进攻苏联的计划还在酝酿时，罗森贝格就觉得必须去访问一下卡纳里斯，请他提出一些可以考虑“以后可能加以使用”的“具有政治立场……的人”来。在这个阶段，他本人对那些流亡者的态度似乎是极端谨慎的。在进攻苏联的前夕，他指示他的僚属们在事先没有同他本人商量的情况下，不去利用那些乌克兰领袖。因此，当一个乌克兰“国民政府”在利沃夫进行拼凑时，它的成员立即遭到逮捕，并被送往萨克森豪森集中营去。
可是，等到乌克兰被占领以后，形形色色的流亡者团体的活动，即使实际上没有得到东方事务部的鼓励，至少也已经得到它的默许了。按照科赫的看法，流亡者的领袖，包括那个“驻斯洛伐克的乌克兰流亡者的全权代表”加列卡博士，都已经得到证书，使他们可以去乌克兰进行访问了；西乌克兰那些煽动分子也可以扮成开业医生进入该地区；而班德拉和麦尔尼克运动也得以达到在科赫看来只会危害到德国安全的活跃程度。
科赫极其看不起那个乌克兰将军斯科罗帕兹克，他当时仍由德国人在慷慨地提供资金。在科赫看来，这批流亡者只会捣乱，所以他打定主意，如果他们有朝一日敢于出现于德国专员辖区的话，就要无情地对付他们（事实上，他的确逮捕了一伙胆敢在基辅出现的流亡者）。就科赫而言，他认为1918年的那种“试验”决不应在乌克兰重复。事实上，他故意不理睬罗森贝格公开宣布过的要建立一个自治的乌克兰国的意图，他在1943年的新年献辞中公开警告各流亡组织说，他们不必盼望会建成一个傀儡政府，（他说）他的看法是，如果由他们去干，他们只会象以前那些布尔什维克那样，使这个国家陷于混乱之中。
这片混乱和吵闹的结果是，乌克兰民族团体对德国人的意图经常感到怀疑，因此他们的两个主要组织，即乌克兰独立主义者…民族主义者联盟和乌克兰起义军，直到最后对德国的事业都摇摆不定，一会儿给以半心半意的支持，一会儿又公开表示敌视。他们有时候鼓动他们那些追随者去参加利西亚党卫队；有时候又公开同德军打起来，就象后来同俄军打起来那样。但是德国人——尤其是对乌克兰民族主义分子执行一种积极得多的政策的武装部队——始终没有能觉得他们是得到乌克兰民族主义分子的可靠支持的。
就象科赫认为罗森贝格对那批流亡者和乌克兰民族主义分子纵容得过了分那样，他也有理由抱怨说这个德国部长忽略了日耳曼族人——即那些在卡德琳娜大帝时期已经到俄罗斯来寻求生存空间的老一辈德国人的后裔。这在德国专员看来特别感到可悲，因为德国人在1941年夺取这块土地时发现了日耳曼族人是过着怎样一种生活。他们发现俄罗斯日耳曼人所居住的村庄（在1926年人口普查时，他们有三十九万三千九百二十四人，主要聚居在南方的尼古拉耶夫、扎波罗热和第聂伯罗彼得罗夫斯克地区）“一般地都是处于最糟的境况中”，由于布尔什维克“放逐了其中最优秀的人”，结果就不可能“在没有外来的帮助下维持他们自己的生活”。此外，他们同纳粹祖国完全被隔绝了：“他们中有一大部分人几乎连元首的名字都不知道”，并且（显然被认为更令人遗憾的是）“他们在德国部队已经开进来以后，还未能采取措施去对付残余的犹太人”。他们与其他占领区里的日耳曼族人不同，因而并“没有民政和经济机构所能依恃的可靠的人”。
科赫认为德国民政当局对日耳曼族人有一种特殊的义务，因此在1942年夏季要求罗森贝格颁布一项法令（用他自己的话来说），“使他们可以重新加入德国社会，并且恢复他们的各项权利，”他本人已经给予他们特殊的免税权，还使他们受到德国婚姻法的管辖。可是，罗森贝格尽管十分钦佩“东方地区”日耳曼族移民的“巨大成就”，却不肯使他们具有一种会脱离其余的乌克兰公众的身分，也不肯把他们的定居点变成“日耳曼区”。因此，他不理会科赫的要求，结果后者就去求助于希姆莱。希姆莱作为加强德意志民族委员会的会长，认为为了维护德国的“政治威信”，必须给那些残存下来的日耳曼族家庭“建立一个新家园”。因此，他决定，尽管由于苏联的放逐造成了人口丧亡十分之一，还是必须把他们集中在安排好的定居点里，并向他们提供“必要的指导和特殊的支援”。因此，他要科赫颁布一道法令，根据1941年3月4日“关于东方合并区内日耳曼民族登记和德国公民权的命令”的基本精神，承认乌克兰的德意志人为日耳曼族人，并准许他们以这种身分把他们的姓名登入德意志种族登记册里。在颁布这个法令的同时，又发布了一道命令，赋予某几类日耳曼族人以耕种（但不是立即拥有）同第一次世界大战前他们曾拥有的面积和地价相当的农田的权利。可是，这些措施事先都没有上报给罗森贝格，罗森贝格认为科赫背着他去找希姆莱而大为恼怒，他于1942年9月28日颁布了一道法令，正式斥责这个德国专员所采取的行动。
如果不是由于罗森贝格和科赫两人基本上都抱着反基督教的态度，那么到了为乌克兰制订一项宗教政策时，就会再次发生同样的冲突。就科赫在宗教问题上所发表的见解而言，据说他曾谈到同时建立两三个对立的教会是合乎需要的，因为他能够利用这一派去反对另一派，以坐收渔翁之利。至于罗森贝格，他却认为德国人“既没有复兴一个受压制的教会生活的任务，也没有责任去持续布尔什维克的灭绝政策”，因此德国专员只应默认“忏悔团体”就行了，不必给予他们任何“国家的支持”。但是这两个人到头来都不热衷于主动采取行动，因此关于东方教会前途的第一个重大决定既不是出自这个德国部长，也不是出自这个德国专员，而是出于德国武装部队。尽管希特勒明确表示不希望在东方地区恢复任何宗教活动，军事当局显然因为看到德军占领区里上教堂的人数日益增加而印象深刻，以致他们决定亲自来抓这件事，并在一定程度上恢复了宗教自由——使罗森贝格除了默认他们所采取的行动外，别无他法。
由于武装部队方面这种仁慈的干预（当然也由于苏联秘密警察的销声匿迹），乌克兰的宗教复兴在1942年的头几个月里获得了迅速的发展。这时采取了改组教会的步骤，包括在“解放了的乌克兰”为自治教会任命了一个“管理员”，即卢茨克和科威尔那个自封的大主教波利卡普·西科尔斯基，以及在基辅、日托米尔、波尔塔瓦、基洛夫格勒、卢勃内、第聂伯罗彼得罗夫斯克和比亚瓦…采尔珂夫分别任命了主教。可是，德军并没有发布过正式的宗教自由的通告，虽然情况已经很清楚，这件事不能再搁置下去了。因此，1942年5月8日在元首总部召开了一个研究宗教问题的会议，在应由罗森贝格还是应由科赫采取下一个步骤的问题上展开了某种辩论后，决定最好还是由科赫采取主动行动好。因此，6月间，这个德国专员就发布命令，调整乌克兰的宗教活动。可是，并没有正式宣布德国允许信仰自由的决议，而宗教自由的法令到头来只是采取了秘密指示的形式，指示科赫不要去干涉教会的重行开放、教士的授职，以及宗教仪式的举行。德国人以这种不适当的、鬼鬼祟祟的方式来处理宗教问题，使他们失去了一个利用形势进行宣传的宝贵机会，因此等到斯大林以他在战时所作出的最敏锐的宣传攻势之一于1943年9月恢复了莫斯科大主教的职位时，德国人竟拿不出什么有效的办法来进行迅速的回击。
到了1942年夏季，罗森贝格和科赫之间的意见分歧已是如此明显，以致必须由元首总部来作出裁决了。这时科赫说来，倒是一个吉兆，因为他在奉承希特勒方面的本领显然比罗森贝格高明得多。此外，科赫还有博尔曼这个坐探，后者这时掌管着元首总部，而且同罗森贝格始终不友好。结果是博尔曼听从了科赫的话，于1942年7月给那位德国部长发出了指示，其蛮横和挖苦的语气，读起来好象是对科赫本人政策的一篇讽刺文，不过，作为对罗森贝格的一种安抚，希特勒同时颁布了一项法令，使后者成为（不论这项任命是真是假）“有关前苏联领土上各个民族的政策问题的德国政府全权代表”。
罗森贝格摸清了元首总部的风向以后，这时决定（他如此宣称）假装遵照新指示办事来满足博尔曼和希特勒的要求。不过他并没有放弃这样一种希望，即他自己那些更有见识的意见可能最后还会得势，同时因为他决定要遏制科赫，于是集中力量使这个德国专员和他那些同伙更难接近希特勒。事实上，德国专员辖区的那些“下级机构”已于1942年8月21日奉令往后不得再直接向元首递送报告了。
这个禁令的作用只能使柏林和鲁夫内的关系更趋恶化。科赫对于这时强加于他的种种限制感到十分痛苦，便于1942年9月愤慨地要求罗森贝格，“或者在乌克兰的行政管理问题上不再考虑到有一个德国专员，”并相应地通知他本人，或者“向东方事务部发布命令，从今以后保证＇他＇恰如其分地参预有关乌克兰的一切问题”。（这一番话出自科赫之口，多少