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到波茨坦会议召开时，迫使日本帝国无条件投降这一消极的政治目标已经失去它当初的诱惑力。意大利和德国的经验说明无条件投降实际上毫无意义，如果对日本提出一些严厉但是明确的条款，看来是可能有效地摧毁他们打到底的决心的。当杜鲁门来到波茨坦时，他随身带来了陆军部长亨利·L·史汀生拟定的一份备忘录，提出了要求日本投降可能的条件。杜鲁门把它给丘吉尔看了，他们两人又征求了部属的意见，对史汀生的措词稍微作了些修改，然后同意将这一宣言公开发表。然而出于礼节，又把这个文本送请蒋介石同意，等他表示赞成后，宣言就在1945年7月26日发表了。他们事先没有同斯大林磋商，俄国对这个既成事实非常恼怒。
这份不久以后通称波茨坦宣言的文件，要求日本人向即将整装列阵进攻他们的优势大军投降。“无条件投降”这句话又重述了一遍，但同时又提出了一系列条件，使这句话变得毫无意义。铲除“那些欺骗和诱使日本人民走上征服世界途径的权势和影响”；由盟军占领日本领土上一些没有明确指出的地点，直到把日本的军国主义和发动战争的势力清除为止；根据1943年开罗宣言割让日本的边远领土；惩治战犯——根据这些条件才能进行无条件投降。另一方面，宣言允诺：日本士兵在放下武器后能安然返回家乡；“日本将被允许保留维持本国经济和用实物交付公正的赔偿所需的工业”；并且一旦“日本人民根据他们自由表达的愿望”建立起一个“爱好和平的负责的政府”以后，盟军就结束对日本的占领。
这些条件比起向德国提出的任何一个条件来，吸引力都大得多，但是对所有爱国的日本人说来，非常关心的一个问题却没有解决：天皇今后的地位究竟怎样？他是战犯吗？还是继续让他留着作为日本政府名义上的首脑？盟国占领军和日本当局的关系这个更大的问题也未加说明。让日本政府继续存在？还是象在德国刚刚作过的那样，由盟军直接加以控制？这些问题没有说清楚，表明美国（或许也包括英国）的决策人还胸无成竹。按照德国的方式建立一个军政府的计划早已在着手制订，但是波茨坦宣言的发表又意味着愿意同日本政府打交道并通过日本政府来处理事务。
而且，盟国有充分的理由设想日本眼看就要投降了。斯大林于7月28日在波茨坦会议上报告说，他两次收到日本政府的请求，要他在日本和英美之间就结束战争的问题进行斡旋。当斯大林把这一情况告诉他的同事时，他已经拒绝了日本的请求。杜鲁门和艾德礼都没有对斯大林这一行动的英明提出异议。然而，日本的几次和平试探显然表明了日本统治者中间日益增加的绝望。
第二张王牌这对刚落到美国人的手中。1945年7月16日，在新墨西哥州的阿拉马戈尔多进行的一次试验性原子爆炸证明完全成功。正在波茨坦的杜鲁门接到这—报告后，立刻同丘吉尔商量决定是否要使用这个新式武器。他们决定这样干，并且决定给日本一个最后的庄严的警告——波茨坦宣言——后再动手。
英美两国的军事战略家一定早已估计到这种可怕的新式武器对于日本已经动摇的军心可能产生的潜在影响。的确，在这些战略家中间已经滋长了一种想法，希望早日结束对日战争。但是当他们听说日本兵在太平洋岛屿和在缅甸如何拚死地顽强作战时，他们也就不那么希望了。冲绳的日本人投有丝毫士气低落的迹象，而且日本的主力还在待命参战。想到这些情况，再想到他们当初错估了德国的抵抗力，以及单凭轰炸不能使德国陷入绝境等等，联合参谋长委员会于是正式把日本崩溃的日期定在1946年11月15日，即欧洲胜利日一年半之后。英美的军事领袖们不敢相信自己的希望，他们在上述情况的基础上制定了计划，结果就在他们在波茨坦结束磋商后仅仅三个星期之后，日本人竟然谈判投降，这一下完全出乎他们的意料。
波茨坦会议闭幕后的那些日子里，事态惊人迅速地向前发展。7月29日，日本电台广播了日本政府对波茨坦宣言将置之不理的消息。但是事态不久就使他们改变了语调。8月6日，第一颗原子弹落在广岛。三天以后，第二颗又落在长崎。美国实力和美国人冷酷无情的这种新显示，使日本人同时也的确使全世界的人胆战心惊。日本政府急忙利用瑞士的外交机构重新努力进行谈判。1945年8月10日凌晨，美国接到情报说，日本政府现在准备接受波茨坦宣言提出的条件，“由于理解到该宣言不包括足以损害天皇作为君主的特权的任何要求”。
这就要求对日本天皇今后的地位迅速作出决定——这个问题使美国官员发生了深刻的分歧。但是在尚未收到这个新的和平试探之前，另一件引人注目的事大大改变了势力的均衡。8月8日，莫洛托夫通知驻莫斯科的日本大使，苏联根据其盟国向它提出的建议，将从8月9日起对日宣战。斯大林唯恐在他还来不及拿到雅尔塔会议上允许给他的那些得来不费力的报酬，日本就投降了。促使俄国人赶快采取这一行动的几乎肯定是出于这种担心。在波茨坦，俄国人曾经说过，他们要到8月下半月才能作好进攻日本的准备，而且还明说过他们是否介入满洲将以当时正在同中国人谈判的条约获得圆满结果为前提。虽然条约直到8月14日才签订，但红军却并没有等待。8月9日，它向满洲进军，从日本方面遇到了轻微的抵抗。
美国人一收到日本方面提出的如果天皇的特权能予保留便接受波茨坦条件的电报后，立即着手草拟答复。第二天（8月11日），美国各有关方面就下列文字取得一致意见：
从投降的时刻起，天皇及日本政府统治国家的权力即应置于盟军最高司令部管制之下，盟军最高司令将采取他认为合适的步骤以贯彻投降条款。
将要求天皇授权并保证日本政府与日本帝国大本营签署必要的投降条款，以实现波茨坦宣言之规定，并向日本所有陆海空军当局以及不论何处在它们控制之下的所有军队发布命令，停止作战行动并缴械投降，同时还须发布最高司令为实施投降条款而可能要求发布的其他此类命令。……
将根据波茨坦宣言，按照日本人民自由表达的愿望确定日本的最终政体。
在这个答复送出之前，必须迅速同主要盟国进行磋商，以取得它们对美国的复电的赞同。随后这个答复在8月11日通过瑞士人及时发出了。
8月11日的电报虽然没有对日本提出的保证天皇权力的要求作出直接的答复，但是它确已越出了波茨坦宣言的范围。日本政府和作为政府首脑的天皇短期内可以继续存在。这一点，已经因为说到他们的权力应置于盟军最高司令的管制之下而获得默认。最后一段电文又为帝国机构的永久存在明显地留下了后路，因为任何日本人都不会怀疑，“日本人民自由表达的愿望”将会在任何一种改造过的政府里为天皇的存在留下余地。要是这些问题早些得到了澄清，战争也许能结束得更快一些。
事实上美国人焦急地等待着日本的答复。8月14日，答复还是通过瑞士人传来了。日本人照抄美国答复中的迂回文章，也不是直接、明白和无条件地表示投降。他们的电报如下：
天皇陛下已颁发诏书宣布日本接受波茨坦宣言的规定。
天皇陛下准备授权和保证他的政府和帝国大本营签署必要的条款，实现波茨坦宣言的规定。天皇陛下也准备向日本所有的陆海空军当局以及不论何处在它们控制之下的所有部队发布命令，停止作战行动并缴械投降，同时还准备发布盟军最高司令为实施上述条款而可能要求发布的命令。
8月14日下午4时后不久，这个电报送到了华盛顿。贝尔纳斯立刻安排好伦敦、莫斯科和重庆的同事举行一次四方电传打字会议——这是电信事业立下的一次丰功伟绩。他把日本答复的文本传了出去，并且说美国政府认为这已经等于完全接受了波茨坦宣言。其他三方不十分满意并开始提出异议。然而，贝尔纳斯压住刚刚开始的争论，宣布杜鲁门将在九十分钟后广播这个消息，表示美国接受日本最近的来电，认为它等于无条件投降。他请其他的政府也照这样做，然后就关断了电路。
于是在8月14日华盛顿时间下午7时，杜鲁门总统宣读了日本的电报并向激动的美国公众宣布：
我认为这一答复完全接受了规定要日本无条件投降的波茨坦宣言。这一答复并没有作任何保留。 现在正在作出安排，以便尽早正式签署投降条款。 道格拉斯·麦克阿瑟将军已被任命为接受日本投降的盟军最高司令。英国、俄国和中国也将派高级军官出席受降。 与此同时，已经命令盟国的武装部队停止进攻。 第二次世界大战的军事行动就此结束，比英美计划中预定的胜利日期提前了十四个月，而且是在与官方计划所设想的远远不同的情况下结束的。
日本的军事和行政机构大部分原封不动地保留下来，日本的经济虽然受到轰炸和封锁的严重破坏，但是仍能发挥作用。这些事实大大有助于执行占领日本和瓦解日本帝国的任务，不过也带来了一些相应的问题。数百万人需要解除武装遣送还乡。如果要使日本社会发生任何根本性的变化，就必须有一场自上而下的变革，这种变革至少在开头必须通过日本现有的权力机构来实行。由于末遭彻底溃败和蹂躏便谈判投降，日本的处境要比被击败的德国好得多，在德国，经济和政治生活的结构已从根本上发生动摇并且大半被摧毁了。
再从另一面看，日�