这一文件的序言强调印度尼西亚的统一，而且第一条就宣布印度尼西亚是一个单一的国家。实际上，共和派人士的目的是要建立一个把整个原荷属东印度群岛归于一个政治结构的国家。国家元首将是由人民协商会议选举产生的总统，政府的实权将授予总统。因为协商会议虽然被称为权力机关，但它每五年才召开一次正式会议。242 将有一个年阁和国务会议协助总统工作。另外还有一个人民代表会议。不过国务会议和人民代表会议只有在一项补充的法律颁布后才能成立，在未成立期间，总统在一个全国委员会协助下行使它们的权力。结果是：权力将掌握在总统和由他本人任命的内阁手中，而由印度尼西亚全国中央委员会协助并监督，这个委员会是按总统的法令产生的，并于1945年10月被授予立法权。这个委员会的委员由各政党提名。这样，名义上的宪法仅仅部分得到实施，但是这个文件体现了共和派领导人的政治主张和他们想建立一个包括整个印度尼西亚群岛在内的独立的全民族共和国的决心。作为一个临时性措施，第一任总统由筹备委员会选举，这个委员会选出了苏加诺博士为总统，哈达博士为副总统。筹备委员会还拟定了国家行政方案，在很大程度上恢复了日本占领前所实行的制度，虽然印度尼西亚人替换了荷兰的地方长官和其他官员。因而当英国军队第一次到达巴达维亚（印度尼西亚人称它为雅加达）
时，共和国已经成立，并已在某种程度上治理国家。同时，许多荷兰侨民仍然留在集中营里，他们原来是战俘或被拘留的平民；到那时为止，唯一的变化就是看管他们的不是日本卫兵而是印度尼西亚卫兵了。可以看到，东南亚统帅部的处境是很不轻松的。它占领印度尼西亚的首要目标，就是要解除估计近三十万日本军队的武装，并把他们遣送走；其中大部分人是在爪哇和苏门答腊，还有小批部队分散在其他岛上。另外一个紧急任务就是要释放和救济估计近二十万名战俘和被拘留的平民。如果印度尼西亚人把英国军队看成是把自己从日本暴政下拯救附来的解放者，并希望尽快恢复战前情况，因而英国军队受到印度尼西亚人欢迎的话，英国人的工作就一定会简单得多；但印度尼西亚人对待英国人根本没有这样一种感情。此外，英国军队实际上面临的政治局势，似乎是完全出乎意料之外的。荷兰人对其殖民制度的成就感到应有的自豪，并确信他们在东印度群243 岛执行的使命，使印度尼西亚人和他们自己都感到满意，因而他们想重整旗鼓，继续他们在1942年中断的事业。
再则由于把这地区移交给东南亚统帅部的时间较晚，司令部缺乏情报，以致不能预见到其他情况。因此共和国的出现产生了一个完全意想不到的因素。
很明显，在那个时期，如果说东印度群岛存在着一个政府的话，这个政府就是共和国政府。从日本人投降到首批盟军到达的六个星期中，日本人允许共和派完全控制这个国家。尽管日本人有责任继续控制这个国家，直到盟军来接管为止，但是他们把所有的公用事业，如广播电台、铁路、邮政电讯、电话和发电厂，都移交给印度尼西亚人，这样，整个行政和经济机构就转到了共和派的手里。日本人违反了投降条款，把大量储备的武器和其他军事装备交给了受过日本人训练的青年运动人士，这些人就暂时成了国内除日本军队外的唯一的军事力量。这样，共和国的实力地位也大大加强了，特别是掌握了无线电台，使它有很大的有利条件在全世界进行宣传。确实，共和国的实际控制权并没有超出爪哇、马都拉和苏门答腊部分地区；虽然独立运动已经扩展到其他岛屿，其力量相对来说还比较薄弱，然而共和国是当时存在的最近似政府的机构，盟军司令除了和它谋求合作以外，很难找到其他途径。
如果把共和国撇在一旁，而想在这个时期恢复荷兰人的统治，那一定会引起很大的反感。事实上，共和派向盟军司令提出警告说，任何荷兰军队登陆都将遭到武力抵抗。荷兰人事后认为，如果当初在巴达维亚立即使用一点武力，可能在解决问题时对他们有利，但在此时此地，一种相反的意见占了上风，即认为推翻唯一现存的政府可能会引起混乱，这会危及盟军想营救的内地的欧籍战俘和被拘留者的生命安全。他们还认为，要是结果爆发一场内战的话，战俘和被拘留者的处境确是很危险的。更有一种考虑是，对日战争当时已经结束，盟军已无244 热忱投入新的完全非意料所及的战斗，而且，这种军事行动会招致一场内战的种种恐怖。此外，当时意识到，内战的爆发会妨碍印度尼西亚经济的恢复，而这点对世界其他地区都是非常重要的。战前，荷属东印度群岛生产的奎宁占世界出口的百分之九十，木棉占百分之七十五，胡椒占百分之八十，橡胶占百分之三十七，还有相当数量的椰子树产品、油棕树产品、茶叶、锡、咖啡和糖，这些物资供应的中断正在造成严重影响。
因此，当时采取的方针是促进荷兰人和印度尼西亚共和派人士之间的谈判，以期和平解决争端。
荷兰人这时采取的方针是以1942年12月6 日威廉敏娜女王的广播演说为根据，女王在演说里建议成立一个“由荷兰、印度尼西亚、苏利南和库拉索岛参加的联邦，参加者在内政方面完全自主，行动自由，但随时准备相互支援”。1945年，荷兰人并未准备超出这个相当温和而含糊的让步范围从事立宪试验。荷兰人从未考虑过承认一个不是荷兰联邦一部分的独立的共和国，这个步骤在荷兰人看来应予拒绝，这样做不仅符合他们自己的利益，而且符合印度尼西亚人的利益。在荷兰人看来，在侈谈进一步的自治之前，应该首先恢复饱受战争创伤的印度尼西亚经济。荷兰人认为，他们远比那些共和派领导人更有能力执行这项任务，因为这些共和派领导人毫无管理国家事务的经验。此外，荷兰人除了真诚相信他们在东印度群岛的使命外，他们还不能不考虑到，三百年来他们本国的繁荣同印度尼西蓝的经济有着密切的关系，他们担心共和派人士旨在剥夺荷兰人的全部利益。而对共和派来说，他们虽愿意接受荷兰的技术援助和投资，但他们认为自己完全有能力掌握自己国家的发展前途。他们认为，在接受荷兰技术援助和投资的条件下，他们取得独立，并不会使荷兰人受到物质或情神上的损失；但是在他们看来，他们忘不了“1942年在印度尼西亚的荷兰政府根本不加抵抗就向日本人投降”，从而使东印度群岛人民遭受了日本人的压迫。
于是，盟军统帅部面临着这样一种局面：一方面，共245 和派政府要求对整个群岛拥有主权；另一方面，荷兰政府无疑是荷属东印度群岛法律上的统治者，现正在要求恢复战前状态，以此作为将来可能改变这块荷兰领地政治结构的先决条件。
然而尽管荷兰政府的要求在法律上是无懈可击的，但它的盟国却认为荷兰政府无法承担起完全有能力作出决定的职责。1940年他们的祖国被敌人蹂躏，迟至1945年才最后获得解放，现仍处于一片遭受过劫掠的境况，而且他们殖民帝国的大部分在1942年就已丢失了。这样，他们的处境远远不如法国人，例如，法国人能够保持他们的殖民帝国的大部分未受损伤，1944年法国本国重新获得了自由，遭受的损失相对来说是轻微的。所以法国人能较顺利地进入印度支那，而荷兰人却是力不从心，无法在印度尼西亚采取相应的行动。兵力不足和船只缺乏（因为荷兰的船只正被盟国用于别的目的）使荷兰人在当时除了派一个民政处去东印度群岛协助盟军司令之外别无他法。
这样，这个责任就落到了英国人身上。他们断定最好的方法是，首先在爪哇和苏门答腊，然后在其他岛屿的战略要点建立桥头堡，并用这些桥头堡作为基地来解除日军武装，拯救俘虏和被拘留者。然而，既然大多数的俘虏和被拘留者并不是关押在主要的海港，而是关押在别的地方，所以他们感到在处理这件事上有必要同实际存在的印度尼西亚政府进行合作。因此，英国中将司令克里斯蒂森爵士在1945年10月初一到巴达维亚就宣布，要求“现在的政党领导人”给予支持，并声明，由于他的部队人数有限，“现在的印度尼西亚当局”应对“它控制地区的行政工作负责”。
在这个声明以前，克里斯蒂森将军在新加坡发表的一篇广播演说，被荷兰人看成是暗示荷兰不再被承认是东印度群岛的合法统治者。而这一声明则似乎是给予共和派人士的政府以事实上的承认，这就更不受荷兰人的欢迎了，因为荷兰人认为，除了在感情上他们作为英国人的盟友，理应受到一定的尊重之外，而且，共和派的这两位领导人，苏加诺和哈达，过去是同日本人合作过的。在爪哇，英国军队于9月29日占领巴达维亚，10月10日占领万隆，10月17日占领三宝垄，10月25日占领泗水；随后不久又占领了苏门答腊的棉兰、巨港和巴东。一开始，他们没有遇到什么困难，但是，一些荷兰军官的到达，把已被释放的荷兰人和荷兰殖民军组织到部队中去，而荷属东印度群岛民政处人员也从澳大利亚来到，这些情况在共和派人士心中引起了惊恐。他们担心旧的殖民制度会重新加在自己头上，因此共和派政府要求，在共和国的独立未获得承认之前，不再允许任何荷兰军队和民政处官员进入印度尼西亚——这个要求无视下述事实，即英国下院在10月17日明确声明：英国政府只承认荷兰政府在步印度群岛拥有主权；也无视另一事实，即盟军司令部10月20日在巴达维亚重申肯定荷兰人为合法的统治者。盟军司令部还警告共和派不要制造恐怖行�