畈�10月20日在巴达维亚重申肯定荷兰人为合法的统治者。盟军司令部还警告共和派不要制造恐怖行动，这种行动已经在发生了。司令部还劝告他们用和平手段来实现他们的目的。
这些警告使得共和派领导人同意和荷兰人进行接触。为此，他们重新改组了行政体制。l1月14日取消了总统行政委员会，设立了宪法中没有考虑过的总理职务，任命苏丹·沙里尔为总理；虽然他是一个民族主义者，但他没有和日本人合作过。
从那时起，就对荷兰人和英国人的关系来说，沙里尔处在政治舞台的前面，而和日本人合作过的苏加诺和哈达留在幕后。在谈判正式开始之前，一阵目无法纪的浪潮席卷整个爪哇。虽然共和国已经掌握了政府机构，但在其成立后的几个星期里，共和国觉得很难控制那些自称是它的支持者们。1942年，日本人的严厉控制取代了荷兰人的温和统治，然而当日本人的统治又被取消，一个完全新的政权正在建立起来时，有效的行政管理有一段脱节现象。在这种情况下，不可避免地会有骚乱的机会，一些坏人或捣乱分子——这种人在每一个国家里都有——就趁机混水摸鱼了。
盟军首批登陆后不久，在巴达维亚不时出现过动乱。但在泗水，这样的风波第一次变得严重起来。10月25日247 盟军在该港口登陆，三天以后，动荡的局势使得盟军司令要求在30日之前交出所有非法持有的武器。这一命令和宣布建立军事管制的公告，引起了战斗的爆发。城里的盟军据点遭到了有组织的袭击。尽管苏加诺同意停火命令，并亲自出面干预，但袭击仍然在继续。一批荷兰妇女和儿童在去码头的途中遭到了袭击，大部分妇女和儿童被杀害；护送他们的英一印军队进行了故斗，直到弹尽粮绝，然后几乎全部被俘，并同样遭到杀害；与此同时，马拉比准将在设法执行停火命令时被杀。据估计，这时在泗水除了二万名用日本武器装备得很好的共和派人员外，还有十万名共和派的人拥有各式各样的武器。10月31日，克里斯蒂森将军发出警告说，如果不停止战斗，不交出杀害马拉比准将的凶手，就要采取行动。他的这些要求得不到任何反应，于是他在11月9 日发动重大的军事行动。经过十天的战斗，英国军队控制了泗水的局势。在巴达维亚也同样出现了严重的动乱，并且继续发生，直到12月，一个英国伞兵旅到达，才有可能使该地恢复和平。万隆及盟军占领的其他城市也经历了同样的过程。到12月5 日止，英军和英一印军的伤亡达九百十六名，其中死亡一百四十五名，由此可见这些动乱的严重程度。另外，英国人试图到内地去拯救那些被关押的俘虏和拘留者，也遭到武力抵抗而无法进行，这些遭受日本人监禁的不幸的受害者现在开始受到印度尼西亚人的同样虐待。
尽管出现了这些不幸事件，英国司令官还是千方百计地促使荷兰人和印尼人之间解决争端。在克里斯蒂森将军主持下，沙里尔和10月7 日抵达的荷兰副总督范穆克中将在巴达维亚开始进行谈判。荷兰政策的基础包含在11月5 日发表的声明的下列几段话中：政府承认印度尼西亚人争取民族生存的合法愿望，并且深信通过印度尼西亚人和荷兰人之间的友好合作，这种愿望是能够逐步实现的。因此，他们的总目标是，迅速使印度尼西亚成为王国的一个成员，这个王国的构成将使所有成员国人民的民族自尊得到保证。
为了达到这一目的，这个国家的中央政府必须通过法律程序进行改组，使它由一个民主代表机构（其中印度尼西亚成员占相当大的多数）和一个年阁（在作为女王代表的总督的领导下）组成。这一机构将管理内政，在下级2 机构的协助下处理区域性和地方性的事务。……
印度尼西亚将完全成为王国的一个成员——这个王国是由各参加地区所组成的一个联邦。将召开一次圆桌会议，来建议如何解决这一问题。……但任何决定将由王国立宪当局作出。荷兰的这项声明远不能满足印度尼西亚共和派人士的愿望。这项声明虽然承认民族主义分子的自治愿望，但是它企图使东印度群岛仍作为荷兰王国的一个组成部分，并且重申荷兰对东印度群岛拥有主权。显然，荷兰人认为，在他们确认印度尼西亚人有能力治理他们自己的国家之前，荷兰有责任继续实行统治。
结果，在克旱斯蒂森将军主持下的商谈终于流产。11月17日举行的会议，没有取得任何进展。会议推迟到22日。但是那一天，共和政府拒绝恢复谈判，其理由是：由于荷兰人的挑衅态度，巴达维亚已处于很混乱的状态，以致无法进行这项谈判。
12且初，共和政府迁到英国势力范围之外的爪哇中部的日惹。尽管遭到这一挫折，而且英国军队也继续不断地受到袭击，但是英国司令部还是尽可能同共和国保持着良好关系，甚至为共和国官员在日惹和巴达维亚之间的来往提供飞机。
鉴于政治会谈己告失败，范穆克于1945年12月前往荷兰；到1946年1 月28日他返回时，形势已有所好转。最严重的恐怖分子暴力活动已告停止，而在欧洲，在荷兰开始执政的工党政府正受到压力作出让步。12月19日，华盛顿的美国国务院对东印度群岛的局势表示关切，并极力要求和平解决。在澳大利亚，有许多人抱有亲共和派的情绪。同月底，英国政府面临着在印度掀起的一个运动，反对印度军队的士兵被雇用去参加印度人认为是对亚洲国家的民族主义运动的镇压，因而同荷兰政府的代表在英国进行磋商。会谈结果，英国当局承担进一步努力营救俘虏和被拘留者，并为荷兰人和印度尼西亚人之间进行谈判创造条件，而荷兰人则同意奉行一项促进他们和印度尼西亚民族主义者相互谅解的政策。荷兰政府已决定要更换一些在东印度群岛服役的军官。1946249 年1 月28日，英方宣布由蒙塔古·斯托普福德将军接替克里斯蒂森将军。伦敦还决定由克拉克… 克尔爵士（后称英弗查佩尔勋爵）赴印尼促进谈判。
同时，联合国安全理事会也就印尼问题展开了辩论。共和国领导人除了向印度和锡兰呼吁支持外，还请求斯大林进行调解。l946年2 月7 日，乌克兰代表团团长提议派遣联合国的一个专门委员会对当地局势进行调查，并重建和平秩序。在辩论中，英国受到的抨击不亚于荷兰。据称，英国军队被用于镇压民族运动，并且还被指控在这一镇压活动中正在使用日本军队。贝文在答复中坚称，英国军队仅仅对无故受到的攻击采取自卫行动。荷兰代表范克莱芬斯为荷兰在印尼的行为作了辩护，并认为英国军队的行动过分克制了。2 月9 日，辩论继续进行，当时乌克兰代表再一次谴责使用日本军从，而贝文认为这个问题是一个内政问题，因而是在联合国的职责范围之外的。2 月10日，维辛斯基代表苏联参加讨论，支持乌克兰代表。但经过2 月11日、12日和13日的进一步辩论，乌克兰的动议没有得到足够的票数，因此未获通过。埃及代表提出了另一项动议，声明英国军队在任何情况下都不得用于对付印尼的民族运动，但这一动议同样未获通过。
根据印尼问题的国际利害关系，1946年2 月10日荷兰政府发表了一项新的政策声明。那天，范穆克和沙里尔通过克拉克… 克尔的调解，在巴达维亚会晤。荷兰的声明如下：荷兰政府……打算通过与从多方面选出的有权威性的印度尼西亚代表商谈以后，在民主伙伴关系的基础上为王国和印度尼西亚拟定一个机构。这一机构将在一定时期内有效。在这特定的时期内，相信将能创造条件，使杂勺鞒鼍龆ǔ晌赡堋９四嵌问逼冢浇骶龆ㄊ欠裥枰绦缘笔苯⒃谕耆妥栽傅幕锇楣叵祷50 上的关系。讨论将根据下列要点进行：
（1 ）将成立一个“印度尼西亚联邦”，作为王国的一个成员，由拥有不同程度的自治权的地区所组成。
（2 ）一切出生在印度尼西亚的人，将给予印度尼西亚公民权。荷兰和印度尼西亚公民有权在王国的任何地区行使公民权。
（3 ）印度尼西亚联邦的内政将由联邦自己的机构独立处理。从整个联邦来说，打算成立一个由印度尼西亚成员占相当大的多数的民主代表机构，而且还打算成立一个在政治上与代表机构相协调的内阁，并由女王的一个代表担任政府行政机构的首脑。为了能履行根据联合国宪章第七十三条王国所应承担的义务，女王代表在对王国政府负责的情况下，将拥有某些特殊的权力，以保证基本权利，保证有效的行政和健全的财政管理。这些特殊权力只有当那些权利和利益受到侵犯时才能行使。
对整个王国行使职能的中央机构，将由王国各组成部分的代表组成。还考虑成立一个由王国各组成部分的部长组成的联邦内阁，并订立须得到王国各组成部分的议会同意的联邦法律。该宪法生效后，荷兰政府将促使印度尼西亚联邦早日成为联合国的一员。这些提议只字不提共和国，而且仍然保留女王代表的权力，印度尼西亚要获得完全独立的时间该有多长，又没有肯定。所有这些引起了印尼人思想上的疑虑。
共和派许多人士不相信荷兰人的表白真有诚意促使印尼自治。特别是有势力的马斯友美（穆斯林）党反对这些建议，并要求印尼立即获得完全的独立。然而，沙里尔劝总统和印尼全国中央委员会说，至少应该采纳这些建议作为进一步磋商的起点。
当他访问日惹后于1946年3 月4 日返回巴达维亚时，他又提出了另外一些建议。
这些建议包括承认共和国对整个印度尼西亚的主权。他声称，在这一点得到同意后，他和他的同胞们就欢迎与荷兰进行251 紧密合作。这时范穆克提出了一个方案：承