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两年以后（康熙三十二年），康熙正想派兵护送漠北喀尔喀诸部的人回原地，却接到科尔沁部奏章说，噶尔丹约他们共同南侵。康熙于是暂停遣回喀尔喀诸部的人，准备与噶尔丹再交手一次。 到了康熙三十五年（1696年）三月，他准备就绪，下旨亲征，自领中路军，由张家口东北的独石口出塞；派萨布素领东路军，统带盛京与吉林的军队，会合科尔沁各旗，由外蒙的东边打进去；又派费扬古率领四路军，以陕甘的绿营为核心部队，从外蒙的西边打进去。
康熙的中路军长驱直入，到达克鲁伦河的河边，噶尔丹这时在河的对面，不敢交锋，就撤乓西。，走了两天，康熙才知道。 噶尔丹退到土谢图汗部中旗的昭莫多地方，与费扬古及其所领的绿营兵相遇。绿营的三个总兵，是凉州总兵董大成、肃州总兵潘育龙与宁夏总兵殷化行。殷化行的三千人占了昭莫多的一个山峰，等待噶尔丹的一万多兵来到，便居高临下，用炮轰击。同时，费扬古挥动董、潘二人的兵，扰乱噶尔丹的后队辎重所在。然后，殷化行“鼓行而下”，把噶尔丹杀得大败而逃。噶尔丹的“可敦”（王后）阿弩战死。
噶尔丹颇想回新疆去，在途中听说他的仇人、侄儿策妄阿拉布坦，已经接受康熙的使命，回到伊犁。噶尔丹派自己的儿子塞卜腾与巴尔珠尔去哈密，这两个儿子被哈密的回王捆了，送给驻在肃州的清军。
噶尔丹局促在阿尔泰山东麓，日暮途穷，就在康熙三十六年吃了毒药，自杀。
康熙三十七年二月，康熙三度亲征，驻跸榆林。噶尔丹的部下把他的尸首与他的女儿钟齐海及三百户残余人口，送到费扬古驻扎之地萨奇尔巴尔哈孙。
康熙这才放了心，下诏班师。漠北喀尔喀的几十万人口被送回，各归原地，过太平日子。三十七个旗，被扩充为五十五个旗；又增设一个赛音诺颜部于土谢图汗部及札萨克图汗部之间，册封额驸（驸马）策凌为第一代的贝勒（诺颜），统辖十九个旗。合起来，外蒙古一共有了七十四个旗（到了乾隆年间，增编为八十三个旗）。
《细说清朝》四二、出兵西藏
噶尔丹少年时候曾经在西藏当过喇嘛，与一个西藏政客桑结成为朋友。其后噶尔丹回准噶尔夺得首领地位，桑结也在西藏成了达赖五世的“第巴”（掌政之官）。
达赖五世在康熙二十一年圆寂，这桑结秘不发丧，假说他已“入定”，不能见客，于是一切报告均须经由桑结“代达”，一切命令均须经由桑结“转颁”。桑结在事实上变成了西藏的最高统治者。
桑结不仅先后唆使噶尔丹并吞漠北喀尔喀与大举南侵，他而且在康熙三十四年冒用达赖五世的名义，请康熙给他自己以封爵。康熙受他蒙蔽，就册封他为土伯特（Tibet）国王。
康熙到了噶尔丹死后，才从准噶尔降人的口中，获得关于桑结如何怂恿噶尔丹的情形，也探听到达赖五世早已圆寂，便派人送一封信责问桑结，带给他噶尔丹的佩刀一柄、噶尔丹的可敦（阿弩）的佛像一尊、佩符一张。康熙命令他：（一）如果达赖五世尚在人间，不妨叫使臣与达赖五世见面；（二）送班禅五世来北京；（三）逮捕那帮助过噶尔丹的济隆呼图克图，押解来京。如果桑结不遵照办理，康熙说，定必派兵征讨。
桑结回信说，达赖五世的确已经圆寂，为了恐怕人民造反，所以不敢宣布，达赖五世的转身（达赖六世）也早已找到，将于牛儿年（康熙三十六年，岁次丁丑）十月二十五日坐床（就位），到了那时候才好宣布达赖五世圆寂。这一点，桑结说，要请康熙代守秘密。
班禅五世呢，一时不能送他来京，因为他年纪虽大，还没有出过灭花。济隆呼图克图呢，已经逃到喀木去了，稍缓一些就“竭力”把他捉来押解到京，希望“大皇帝”饶他一命。
这“大皇帝”三个字是有来源的。早在皇太极崇德二年，达赖五世与班禅五世便已联合当时在西藏握有军政大权的两个蒙古王子藏巴汗与固始汗，派代表向皇太极恭上一个尊号：“曼殊师利大皇帝”。
“曼殊师利”有人译作“妙吉祥”，其实也是文殊菩萨的梵文原名Manjusri。皇太极之所以把他家乡的名字“建州”改称为所谓“满洲”，与这“曼殊师利”的“曼殊”二字可能与此有关。（然而，朝鲜的史料上说。清室的先世根本不是建州三卫的首领，不过是居住于“婆猪江”的一个野人部落而已。）
话归本题，康熙接到桑结的回信，由于信中的措词相当恭顺，也就不为已甚，而且竟然答应，关于达赖五世圆寂的事，替他保守秘密。
桑结不死于康熙的讨伐，却在康熙四十四年死于驻在喀木的一个蒙占王子拉藏汗之手。
那时候，西藏与青海、新疆的关系颇为密切。杀掉桑结的拉藏汗，是青海和硕特部部长顾实汗的孙子。这青海和硕特部，原从新疆的和硕特部分出。
桑结曾经清求顾实汗出兵，帮他肃清西藏境内的一个异己分子一一据有后藏拉达克区域的藏巴汗。藏巴汗属于喇嘛教的旧派（红教），与桑结所隶属的新派（黄教）相对立。
顾实汗的兵一到，果然便把藏巴汗消灭。桑结把喀木（西康）割让给他，作为酬劳。他留下一个儿子鄂齐尔汗，帮桑结镇守拉萨。
鄂齐尔汗的儿子，就是拉藏汗。拉藏汗与桑结处得不好，桑结想毒死他，没有成功，又调了若干兵，准备将他驱逐。拉藏汗却先发制人，把桑结捉住杀了（康熙四十四年，1705年）。
拉藏汗索性一不做二不休，把桑结所立的“伪达赖”六世也废了，另立一个小孩子为达赖六世（名字叫伊西）。
青海的若干喇嘛不肯承认这位伊西，也找到一个小孩子噶尔桑，立为达赖六世。
双方都递了奏章给康熙。康熙对伊西与噶尔桑两个达赖六世，均加以批准，命令伊西住在拉萨，噶尔桑暂时住在青海西宁的红山寺。
十三个年头以后（康熙五十七年，1718年），拉藏汗死于来自新疆的准噶尔军队之手。
准噶尔的首领噶尔丹在康熙三十五年兵败自杀以后，他的侄儿策妄阿拉布坦，由于是忠于清朝，被康熙赏给阿尔泰山以西、天山以北全部额鲁特四部的领土。
这策妄阿拉布坦野心很大，处心积虑，想吞并西藏。他先和拉藏汗攀亲：娶了拉藏汗的姐姐，又把拉藏汗的儿子招为女婿。然后，在康熙五十六年借护送女婿归省为名，派大兵侵入西藏；于康熙五十七年十月占领拉萨，将拉藏汗杀了。
策妄阿拉布坦之企图兼有西藏，对康熙构成一个严重威胁。康熙没有办法不应付，而且惟有出于用武之一途。
康熙在康熙五十六年（1717年）三月，任命富宁安为靖逆将军，由巴里坤进攻乌鲁木齐。富宁安在七月间到达乌鲁木齐的郊外，吃了一个败仗。
康熙五十七年二月，康熙又命令侍卫色愣率领禁军，会同西安将军额伦特，由青海的一路向西藏前进，救援拉藏汗。额伦特统率了不少满兵、蒙兵、汉兵，开到哈喇乌苏河（怒江上游），遇伏，全军覆没。
康熙五十九年（1720年），康熙派延信与噶尔弼二人，分别由青海及四川进军。在噶尔弼的指挥之下，有一位汉人岳钟琪，论地位仅是永宁协的副将（副旅长），论兵力仅有绿营兵几百人，却一打便打下里塘，降了巴塘，冲到拉萨，替康熙解决了一个天大的问题。
《细说清朝》四三、治河
比噶尔丹与策妄阿拉布坦更难对付的，是自古为中国之患的黄河。
黄河原也未尝故意与中国人为难。它也不过是一条大河而已，无知无识。它的毛病，一则是由于穿过了宁夏和内蒙古的沙漠，夹带许多的沙，二则是到达孟津以后，地势陡然平坦，水流不快，沙就沉积下来，越沉越厚，把河床垫高了，只得“改道”。如果东汉以后，没有成千成万的糊涂人，丢弃禹的“疏、浚、导、引”良规，偏要一而再再而三地走鲧的覆辙，拼命筑堤，那末，“改道”就只是常常小规模地、慢慢地改改而已，不会闹出“决口”的大乱子来。
等到堤岸筑得极高以后，河旁原有的足资调节（吞吐）的若干大湖（泽），如荥泽、大陆泽等全被隔绝，而且下流的若干分水口（九河）也被堵塞，逼得黄河无路可走，安得不发脾气？
在康熙即位之时，黄河所走的路与今天不同。它从明朝孝宗弘治八年（1495年）开始，便已从兰封县铜瓦厢向东南流，流到徐州、宿迁；在宿迁的皂河镇冲进运河，又流到淮阴，由淮河的河道人海，于是日夜不停地把淮河的河床垫高，河床垫高以后，黄河之水流不下去，加上运河之水与淮河之水一齐倒灌，把洪泽湖扩大得像一个小海。
在顺治一朝与康熙初年，决口的事史不绝书。康熙九年四月的一次尤其厉害，淮安、扬州两府各县的田地被淹得所剩无几。次年，桃源县（泗阳）的堤也坏了二百五十丈。
当时的“河道总督”是王光裕。这人用头痛医头、脚痛医脚的办法，胡搞了七八年，毫无功效。康熙在十六年二月，将王光裕免职，命靳辅继任河道总督。
靳辅是汉军镶黄旗人，当过安徽巡抚。他对治河本无研究，但有心把事情做好，物色到一位奇才浙江钱塘人陈潢。
靳辅在陈潢的协助下，从康熙十六年起治河，治到康熙二十七年，完成了不少工程。
第一，他在淮阴以东当时黄河的两岸，造了坚固的堤，一直造到距离海岸仅有二十里之处。
第二，他加强了淮阴以西沿着淮河与洪泽湖的若干河堤与坝，使得水集中而有力，足以冲刷河床的沙。于是，那已经因沙淤而失掉出海之路的黄河，反而获得了淮河的助力，居然能够冲掉自身所堆积的沙，浩浩荡荡入海。
第三，他知道运河关系国家的漕运，不应该长此因黄河夺路而中断，于是他除了修建运河之内的各闸以外，毅然决然不惜工费，加开一段新运河，称为“中河”。�