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由于没有事先到会同馆报道而迁怒了该衙门的官员，提督会同馆的主事下令将传教士统统拘上公堂审问，并且明令他们住在会同馆中。这一突如其来的变故，给正在准备请求在北京建立传教点的利玛窦等人当头一棒。因为会同馆将按外国人来对待他们，而外国人是不能长期居住在北京的。利玛窦等人按例被召入皇宫，向皇帝的龙椅行了跪拜礼。又拜访了礼部右侍郎朱国祚。朱国祚详细了解了他们到中国来的目的。这次利玛窦等人索性公开大胆地声明，他们是被派到中国传播上帝的教义的，并希望永久居住在北京。朱国祚为此上奏皇帝，但是一月过去了，杳无音信，于是礼部决定再上奏章。奉命管理自鸣钟的太监也希望耶稣会士们留下，因为如果钟发生故障，会受到神宗的责罚。
在科臣曹于汴的干预下，利玛窦等人从会同馆中迁出，住在城内。派了四名差役，隔五天给他们送去生活用品，还派了一名差役供日常使用，这样，耶稣会士们又获得了自由。曹于汴再次修改了奏章，礼部第三次上呈神宗。这次总算得到神宗的口喻，即：他们可以放心住在京城里，并且不愿再听到让他们回到南京，或遣送回国的建议。同时朝廷还四个月发放一次生活津贴，这在当时是一笔很可观的收入，即使在欧洲也如此。
皇帝批准利玛窦等人以个人身份在京城居住，这是一件史无前例的事。前来访问利玛窦等人的士大夫越来越多，其中较著名的有内阁首辅沈一贯、刑部侍郎王汝训、兵部尚书萧大亨、礼部尚书冯琦、吏部尚书李戴、礼部侍郎杨道宾和郭正域等。内阁大学士叶向高早在南京就与利玛窦相识，入阁后又在北京的家中两次款待利玛窦，他有《赠西国诸子》诗，充分肯定了中西方文化交流的意义：
天地信无垠，小智安足拟。爰有西方人，来自八万里。蹑屏历穷荒，浮槎过弱水。言慕中华风，深契吾儒理。著书多格言，结交多贤士。淑诡良不矜，熙攘乃所鄙。圣化被九埏，殊方表同轨。拘儒徒管窥，达观自一视。我亦与之游，冷然得深旨。
由于宫中的自鸣钟又出了故障，神宗命令拿到耶稣会士的家中去修理，于是好奇的百姓蜂涌而至。神宗觉得不成体统，于是钦准神父们一年可以进宫四次修钟，而后来实际上变成可以随意出入皇宫了。
利玛窦等人在京期间极力宣传基督教，他们的住所向所有人开放，与他们相识的还有皇亲国戚，甚至扩大到普通穷人，时常有下层群众来拜访。在北京有两个明朝的官员皈依了基督教，一个是湖广佥事冯应京，另一个是在工部任职的李之藻。
冯应京因反对税监陈奉而闻名于世，在任时，就曾派他的学生刘元珍请教当时居住在南京的利玛窦。冯应京被械送入京，利玛窦在他入狱前看过他。狱中三年，他们之间始终保持着友谊。冯应京重印了利玛窦神父的《交友论》，并为书写了序言；还印了所有可以搜集到的神父们的著作，其中有利玛窦的《天主实义》。冯应京允许仆人自愿领洗，自己则在狱中虔奉着神父们送给他的十字架。出狱后，他本来想立即洗礼，但又怕招惹事非，决定回南京受洗；然而到达南京后几天，便病逝了。
当时在京的李之藻，看到利玛窦的世界地图，十分惊讶，于是开始向利玛窦学习地理学、数学和天文学，他重新绘制了一幅近两平方米的世界地图，即《坤舆万国全图》，还出资刊印了利玛窦的《教义问答》，分赠友人与百姓。几年后，他也接受了洗礼。
万历三十年（1602年），利玛窦在北京会见了后来被誉为中国天主教三大柱石之一的杨廷筠（另外两人是徐光启和李之藻），那一年，杨廷筠奉旨进京正准备接任湖广道监察御使一职。九年以后，即万历三十九年（1611年），他在杭州领受了洗礼。
利玛窦等耶稣会士在北京获得居住权后，基督教在中国从南到北，依次有了肇庆、韶州、南昌、南京、北京五个居留点，特别是在北京的定居，使它的影响进一步扩大。
万历三十二年（1604年），已经皈依基督教的徐光启到北京参加会试，他进京后第一件事就是拜访教堂（神父们自用的小教堂），行忏悔礼和领圣餐，据说他在领圣餐时竟虔诚地留下泪来。徐光启这次还把他七十多岁高龄的老父亲也带到北京，想争取让老人在有生之年也皈依基督教。经过徐光启和利玛窦等传教士的努力，老人终于在逝世的前一年受了洗礼。万历三十二年是会试之年，各地举子汇集京城；这一年又是外察之年，外任官都到京城朝觐，传教士们利用这个机会与各地官员、士子及商人结交，扩大基督教的影响。
在北京，传教士们靠租房子住了六年，最初住在宫门附近，后来为了侯命随时入宫修钟而住在钦天监；从会同馆迁出后，仍租房居住。他们一直在选择可以修建教堂的地方，最终看中了顺城门（北京市宣武门东）附近一处面积宽敞的宅院，于是找来在京的一些朋友共议此事，徐光启也在其中，还帮助凑足了买房的钱。1605年（万历三十三年）8月27日，传教士们迁入新居，接着，他们修建了一间正式的礼拜堂，从此，北京有了最早的基督教的天主教堂，这就是后来著名的“南堂”。教堂中陈列有千里镜、地球仪、简平仪等天文仪器，以及龙尾车、砂漏、自鸣钟、天琴等。上至士大夫达官，下至普通穷人，各阶层不断有人登门“领教”，这一年在北京受洗的教徒超过了200人。利玛窦还专程去过北直隶保定府的乡村考察，发现在他们到北京之后的一年中，这里已经有150多名信徒加入基督教，而且人数正在增多。
徐光启进一步向传教士提出，应该印行一些有关欧洲科学的书籍，万历三十五年（1607年），经利玛窦与徐光启为时一年的共同努力，欧几里德的《几何原本》前六卷被译成中文。徐光启将六卷合印成一册出版，并为其写了《译几何原本引》和《刻几何原本序》两篇序言。《译几何原本引》是以利玛窦神父的名义撰写的，该书的出版，在当时中国知识界产生了重大的影响，一种新的科学的推演方法开始被中国人所接受。同年，他们又合编《测量法义》。通过向利玛窦学习数学和天文学，李之藻编译了《浑盖通宪图说》，这是第一部由中国人写成的介绍西方天文学的著作。利玛窦又与他合译了《同文算指》并合著了《乾坤体义》。 万历十一年（1583年），从利玛窦在肇庆第一次将标有经纬度的《坤舆万国全图》展示给中国人后，这幅地图在二十多年中广为流传，它使中国人第一次认识了整个世界。这次又通过太监呈献给明神宗，神宗将其看成是装饰品，十分喜爱；下令以织锦的方式复制十二幅，每幅用六扇大屏风装成，他要把它们送给他的皇子和亲属。
利玛窦于1610年（万历三十八年）5月30日病卧在床，11日临近黄昏时逝世，终年五十八岁。按中国的习俗，棺材用沥青密封，停放在教堂中。丧葬费用和棺木由李之藻出资。教徒中有人建议向皇上请求赐给利玛窦神父一块墓地，这样做还可以使教会和基督教在中国更加合法化。奏疏以庞迪我神父的名义上呈，由李之藻为之润色。在都御使孙玮和翰林院官员的帮助下，奏疏很快转呈皇上。他们又请叶向高与另一位内阁官员从中疏通。叶向高认为，仅就翻译《几何原本》一书的贡献，就应该赐予墓地。神宗让礼部复议，礼部根据《大明会典》的有关规定，认为可以同意庞迪我等人的请求，赐予一处无人居住的土地以安葬利玛窦。最后选定阜成门外二里沟的“仁恩寺”。由龙华民神父设计，通过对寺庙的改造，建成了基督教在中国的第一座墓地。北京的地方长官顺天府丞黄吉士，为了表示对死者的敬意，亲书“慕义立言”匾额，放于利玛窦神父的墓上，还为此组织了一个隆重的送匾仪式。
移灵时，以巨大的十字架作前导，京城中的大批信徒随行在后，他们举着点燃的蜡烛。徐光启亲自为利玛窦下葬，并落下了悲伤的泪水。以前耶稣会士死后，通常安葬在澳门的公墓里；而这次利玛窦被赐葬在京城郊外，成为轰动一时之事。利玛窦实现了他生前“将成为第一批死在中国的人”的诺言，他在北京居住九年，是他中国传教生涯中的最重要的时期，他的《中国札记》记载了他在中国二十八年的所见所闻。
利玛窦等人将欧洲文艺复兴后的科学技术带到中国，也向西方介绍了中国的文化，揭开了中西关系史上新的一页。
明末竟陵派诗人谭元春曾到利玛窦墓前凭吊，写下了《过利西泰墓诗》：
来从绝域老长安，分得城西土一棺。斫地呼天心自苦，挟山越海事非难。
私将礼乐攻人短，别有聪明用物残。行尽松楸中国大，不教奇骨任荒寒。
历时近四百年，利玛窦神父的墓仍完好保存在今北京行政学院校园内，墓碑上“耶稣会士利公之墓”的字样历历可见。 （张宪博）
明代的名人不计其数，但除了皇宫里的帝王公主，出生在北京的名人则少而又少，明中叶有李东阳，晚明则非李三才莫属。李三才在晚明声名卓著，算得上是老北京人中的佼佼者。因此，虽然他在京城留下的遗迹已经难以寻觅，但若提起明代的北京人，他却是个不能不说的人物。
李三才，字道甫，号修吾，祖籍陕西临潼，世代为武功右卫的军官。因其祖父调卫燕京，其父移家至顺天府通州的张家湾（今