李三才，字道甫，号修吾，祖籍陕西临潼，世代为武功右卫的军官。因其祖父调卫燕京，其父移家至顺天府通州的张家湾（今北京市通州区东南）。李三才生于北京，登万历二年（1574年）进士，列二甲七十名，授户部主事。李三才年轻时就很有抱负，曾与南乐（河南南乐）魏允贞、长垣（河南长垣）李化龙相约立志，一定要为国为民干出一番事业。
在户部，他与同僚顾宪成、赵南星等人结下深厚的友谊，他们还共同参与《万历会计录》的编纂，这些对日后他与顾宪成等人形成某些共识不无关系。李三才对顾宪成十分尊重，他说当初自己“少年寡识，间尝嬉戏”，顾宪成对他“事事提驚，时时惊觉”，常正色劝戒并勉励他努力学习，建议他先熟读诸子百家，潜窥古人检身之精，再博览诸史，历观古人康济之略，因此他认为顾宪成“名为益友，实则严师”。后来李三才被谪离开吏部，顾宪成也在万历二十一年（1593年）被削籍，然而三十年中，他们之间书信往来不断，顾宪成逝世，李三才亲作祭文以表哀思。
万历十一年（1583年）阁臣张四维、申时行为了让自己的儿子金榜题名而舞弊科场，御使魏允贞上疏抗论他们“不当以甲第私其子”，蹈故相张居正之覆辙。明神宗非但不追究张、申的行径，反而严旨切责魏允贞，并将他降为外任。李三才为此鸣不平，上疏为魏允贞辩护，也被贬为山东东昌府推官。这件事使李三才在朝野声誉鹊起。不久又升他为南京礼部郎中。恰逢魏允贞、李华龙、邹元标也在南京任职，他们经常相聚在一起，探讨国计民生之事。以后又调回山东任佥事。在山东任上，他治尚威严，深得民心，二十年后老百姓对他仍思念不已。再到河南任参议、进副使，两督山东、山西学政，擢南京通政参议，召为大理寺少卿。李三才自万历二年（1574年）“束发登朝”以来，至此已为官二十五年。他阅历广泛，经验丰富，对地方民情有深入的了解；与那些迂腐、循规蹈矩的官员相比，李三才则显得机智而有魄力。
万历二十七年（1599年）五月，李三才以右佥都御使巡抚凤阳等处，三十年（1602年）三月，总督漕运，仍兼凤阳巡抚，三十三年（1605年）十一月升为左副都御使，照旧任事，三十七年（1609年）正月加户部尚书。所谓“凤阳等处”，指淮安府、扬州府、庐州府（今合肥市）、凤阳府四府，以及徐州、和州、滁州三州和该地区的一些卫所。漕运是明廷赖以生存的经济命脉，因此总督漕运是一项重要的职务，万历七年（1579年）以后漕运总督还监管运河河道。李三才坐镇淮安，人称“淮抚”。
自万历二十四年（1596年）以后，明神宗派遣大批太监充当矿监税使到各地搜刮民财。李三才所管辖的地区，是南来北往的要道。千里之内，自北而南，“榷税则徐州陈增，仪真暨禄、盐课则扬州鲁保、芦政则沿江邢龙”。他们雇用一批地痞无赖，伪造印符，所到之处如同抓捕逃犯一样，并且公开进行掠夺。其中以陈增尤为横行猖獗，甚至还多次侮辱当地的官员。李三才对这一弊政深恶痛绝，他不惧权势，坚决予以抵制。他采用机智的办法，买通狱中死囚，让他们将陈增的爪牙说成是自己的同党，然后一一将其捕杀。这种隐蔽而有效的制裁一直持续到万历三十二年（1604年）陈增死为止，沉重地打击了陈增的气焰。据说陈增每次见到李三才，畏于他的威容正气，“汗必沾背”。安徽歙县人程守训，花钱在朝中买了一个内阁中书舍人的官职，充当陈增参随，为虎作伥，却唯独惧怕李三才而不敢到淮安来。李三才上疏奏劾他，得赃数十万两。程守训被铲除，远近人心大块。
对矿监税使年复一年的大肆掠夺，朝中官员不断有人上疏反对，其中以李三才在万历二十八年（1600年）五月所上《请停税矿疏》最为尖锐。他直接质问神宗：“皇上爱珠玉，人也爱温饱；皇上忧万世，人亦恋妻孥，奈何皇上欲黄金高于北斗，而不使百姓有糠秕斗升之储？皇上欲为子孙千万年，而不使百姓有一朝一夕之安！”他还说，“四海脂膏，横填帑藏”，实乃“国家所以受病之势，与国家所以致乱之机如此”。言辞激烈，如同声讨之檄文，为当朝臣子中所仅见。疏上之后，神宗置之不理。万历三十年（1602年），神宗病重，以为自己将不久于人世，下诏罢矿税，第二天却又好转，急忙追回成命。李三才又上疏陈述国事将危，请亟下前诏，但神宗根本不听。
大运河清口一段（今属淮阴市）河水干涸，漕船不能通行，李三才建议挑浚建闸以输运道。工程预算需要二十万两白银，靠朝廷财政拨款难以申请到，于是李三才请求将漕粮留下，暂时以济大工。这一建议遭到户部督储侍郎赵世卿的极力反对。万历三十七（1609年）年二月，李三才只好称病离职，神宗立刻批准。而朝中正直官员如淮扬巡按御使崔邦亮、巡漕御使李思孝、给事中曹于汴、御使史学迁、袁九皋等纷纷上疏要求挽留李三才，但神宗不予理睬。皇帝不更改决定，李三才不得不离开淮安到达徐州。他上疏催请新官接任，却没有人到任。正好这时赵世卿的职位被侍郎谢杰所代，谢杰又上疏要求挽留李三才，神宗命李三才仍供原职，等待接替者到来，大概因为找不到合适的人选，以后一直没有派人来。
万历三十四年（1606年），皇孙生，神宗一时喜悦，下诏撤并矿监税使，“释逮系、起废滞、补言官”，而实际上却没怎么贯彻落实。李三才认为内阁首辅沉一贯推行不力，上疏指责神宗“一时喜心，故旋开旋蔽”；又说沈一贯顾虑次辅沈鲤、朱赓与其争权而阻止新政。神宗看后大为震怒，严旨切责，罚李三才官俸五个月。三十五年（1607年），派驻在仪征的税使暨禄死，李三才又请尽撤天下税使，神宗不听，又命扬州的鲁保兼之。
万历三十二年（1604年），里居的顾宪成在家乡无锡东林书院偕同志高攀龙、钱一本等人讲学，一时间退居林下的士大夫闻风响附，他们在讲学之余，往往讽议朝政，臧否人物，朝中政治倾向相同的官员也遥相应和，于是东林名声大震。李三才与顾宪成的友谊由来已久，彼此对对方的人品、学问和才干都深信不疑。李三才上疏劝戒神宗，不要因诸臣提了一些不同意见就永不听用，希望重新起用顾宪成等人，对此神宗却不置一词。
淮、扬地处南北要冲，过往宾客仰慕李三才的盛名，纷纷登门拜访，李三才也倾心结纳；因此他抚淮十三年，结交遍天下。史称他“才大而好用机权，善笼络朝士”。如他所用的吏员都是有才之士，为了避免手下官员贪赃纳贿，他于常俸之外，尽量给予补贴，这方面他不惜遣赠成百上千的银两。之所以有如此财力，在于他不卑货殖，擅长经商，精于运算，因而获利甚丰，为此很多人愿意追随他或与他结交。在位之时，行事如“雷轰电掣，雨注风飚，令人有不可测者”，因此士大夫都十分推崇他，被誉为“豪杰而有圣贤之资”，有识之士认为，假使予以大任，治国未必不是管仲、乐毅之才。
万历三十八年（1610年），内阁缺人，有人建议不应该只用翰林出身的词臣，也应该选用外任官员，目的在于推戴李三才进入内阁。不久都察院都御使也告缺，需要从本院官员中内选。李三才在外僚中政绩突出，功高望重，两个职位都有希望被选中。于是围绕李三才进入内阁和升任都御使之事，朝中又掀起了一场轩然大波。浙党人士工部主事邵辅忠、给事中刘时俊、御使徐兆魁、乔应甲等死力相攻，极力阻止李三才入选，诬劾他私藏白银数百万两，攻击他“大奸似忠，大诈似直”，列数了“贪、伪、险、横”四大罪状。李三才一反官员受劾自当辞职的惯例，“盛气陈辩，不自引去”。经过长达半年多的激烈争论，保举李三才的官员以绝对多数压倒反对派。这时久居林下的顾宪成也写信给李三才，寄厚望于他，认为他“有大才，最能办大事”；并说，就目前的时局看，“千难万难，必大才如丈，卓识如丈，全副精神如丈，方有旋转之望。”他寄书内阁叶向高，力称三才廉直；又致信吏部尚书孙丕扬，为其洗雪怨枉。与李三才一向交好的御使吴亮（吴中行之子），为了加强李三才入阁的声势，将这两封信公开誊抄在邸报上，并派人递送到在京的各个衙门。结果一波未平，一波又起，反对派见信后大哗，他们又开始攻击顾宪成和东林书院。指责顾宪成出位建言，遥执朝政。徐兆魁上疏诬告东林于浒墅小河之上私设税卡，征收船钞，为书院聚敛资金；而且讲学时必谈时政，还时常干预地方官员的决策。至此，李三才入阁之争发展成东林党与浙党等反对派之间的一场政治斗争，从此“南北党论，不可复解”。继而乔应甲又列出李三才“十贪五奸”之罪。在这种情况下，李三才为了顾全大局，平息纷争，连续十五次上疏乞休，但久不得命，索性于万历三十九年（1611年）二月自动离职归乡。一向是非不明的神宗对此竟也不置可否，这位风云人物的政治生涯就这样结束了。
李三才离职之日，淮、徐一带的百姓，万民塞巷，老幼哭号相送，以至轿乘不能行进；及至登船之时，人们又夹岸号泣，甚至夺缆不让船行。李三才走后，淮、徐百姓集资为他修建生祠，立其肖像于祠中，朝夕走拜不绝。李三才为官如何，由此可见一斑。
官不做了，麻烦却远没有终止。
李三才落职回籍后，也效仿顾宪成，在家乡通州创办双鹤书院，自己也讲学其中。张家湾地处京畿，不乏朝中正直大臣的奥援，过往探访他的人很多，以至车马填溢街陌。御使孙居相再一次上疏推荐他，这使朝