直大臣的奥援，过往探访他的人很多，以至车马填溢街陌。御使孙居相再一次上疏推荐他，这使朝中的反对派又忐忑不安起来，生怕李三才被重新起用，于是波澜又起。万历四十二年（1614年），御使刘光复奏劾李三才盗用皇木营建私宅，且告李三才与东林党人于玉立遥执朝政，官员一经他们提出，吏部就向上推举。给事中刘文炳、御使李征仪、工部郎中聂心汤、大理寺丞王士昌也极尽推波助澜之能事，力助刘光复，欲置李三才于死地。征仪、心汤曾是李三才所推举的吏员，如今却为一己私利而恩将仇报。李三才愤怒之极，自请籍没其家。然而这些人却紧追不舍，工部侍郎林如楚要求遣使复查，刘光复又上疏说三才侵夺官厂为园囿。御使刘廷元、潘汝祯、颜思忠等又继续上疏弹劾。李三才更加愤怒了，提出请诸臣会勘，又请神宗亲自审理。
神宗命李征仪和吴亮嗣前往勘察，这些人到李三才家中查了很长时间，也没有找出证据。然而让原告去查核被告，其结果可想而知，自然不会有利于李三才。欲加之罪，何患无辞，最后竟以刘光复所陈为事实呈报神宗，李三才终于被扳倒，落职为民。
天启元年（1621年），后金的威胁日益加强，辽东战局更加危机。辽阳失陷，明廷慌作一团，御使房可壮接连上疏请再用李三才。刚刚登极的天启皇帝年仅十五岁，对朝政一无所知，不知如何是好，只得下诏让廷臣集议。围绕李三才是否可用的问题，朝中又展开了一场激烈的争论。通政参议吴殿邦力言不可用，称李三才为“盗臣”。御使刘廷宣再次上疏推荐李三才，说：“国家即惜其才，则用之耳，又何议！”他建议让李三才守山海关。天启帝觉得刘廷宣说的有道理，准备再次起用李三才。但朝中意见不同的两派相持不下，詹事公鼐、刑部侍郎邹元标力主可用，然而终因意见不能统一而作罢。后来明朝大势已去，赵南星十分遗憾地说：“使淮抚为经略、为中枢，东事必不至败。”
不久，在吏部尚书周嘉谟、左都御使赵南星等东林党人的努力下，万历朝被罢免的正直官员逐渐被起用，东林党人基本上占据了朝中要职，即所谓“东林方盛，众正盈朝”。由于明军在辽东一败再败，刘宗周又提出应急起李三才为兵部尚书。在这种背景下，天启三年（1623年），李三才终于被重新起为南京户部尚书，可惜未上任而病逝。不久魏忠贤乱政，将东林党人一网打尽，阉党御使石三畏追劾已故的李三才。李三才又被削夺生前官籍，并夺封诰，名列《东林党人榜》第一位。在《东林点将录》中，王绍徽将其比作梁山头领晁盖，称为“东林开山元帅托塔天王南京户部尚书李三才”。
崇祯帝即位后，惩治阉党，又恢复了李三才的官籍。
后人认为李三才虽有才略，可惜生性豪华，好用机权，因而为众议所忌毁。不过，那些攻击诋毁他的人，如邵辅忠、徐兆魁、刘廷元、潘汝祯之流，后来都因依附魏忠贤而名挂逆案。而推举李三才的人，如顾宪成、邹元标、赵南星、刘宗周等人，皆为一世名臣，他们并没有将李三才的奢华和善用机权看成是什么问题，相反，却认为“李三才大节卓然，而细行不无疎阔，自是豪杰之品”。这正是东林党人在思想观念上与传统思想不同的地方。 （张宪博）
明代天启年间，北京宣武门内有一座首善书院，专门是用来讲学的。这座书院在当时声名远播，而其影响力与一个叫做邹元标的人很有关系。
邹元标，江西吉安府吉水县人，字尔瞻，别号南皋，生于嘉靖三十年（1551年）。他自幼聪明好学，九岁能通《五经》。举万历五年进士，观政刑部。所谓“观政”，是指明代考中进士的读书人，在正式任官之前，被派往各衙门去实习，目的是习练政务，期限一般定为三个月，期满后再补选京官。
万历五年（1577年）内阁首辅张居正的父亲去世，明代制度规定，官员父母或祖父母丧亡，必须回家守丧三年，称为“守制”。如有特殊情况，皇帝可以批准不得回家或提前起用，称为“夺情”。在神宗和两宫皇太后的一再挽留下，张居正选择了“夺情”，于是激起了朝野的纷纷谴责，人们认为张居正过于贪恋权位。邹元标为此上疏，指斥张居正“才虽可为，学术则偏，志虽欲为，自用太甚。进贤未广，决囚太滥。言路未通，民隐未周。若令在京守制，天下后世谓‘陛下为何如主？’”。他将写好的奏疏放于怀中，入长安门，准备上朝时递上。这时朝堂上正在杖打吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝四人，他们因反对张居正“夺情”已经遭到神宗的严惩，吴、赵二人已被打得血肉狼藉。眼前的惨象并没有使邹元标畏缩，相反对这种冒死直谏的精神十分佩服，暗道：“真是奇男子也！。”他毅然取出奏疏交给太监。太监不肯接，以为又是针对张居正“夺情”的奏疏，说：“你难道不怕死吗？”邹元标假称：“此告假本也。”太监这才收了它的奏本。神宗看过后，大怒，毫不客气地下令廷杖八十。明朝的廷杖十分残酷，人的尊严在杖下荡然无存。行杖时，受杖者要脱去袍服，杖八十，对于一般人来说不死也要致残。邹元标幸免保住了性命，腿部却留下了终身的残疾。同时神宗下旨，谪邹元标戍贵州都匀卫。
从北京到都匀有千万里之遥，徒步行走，其艰难险阻可想而知。明代充军的犯人死于途中是经常的事，邹元标也几次险些丧命。
都匀卫设在崇山之中，属古夜郎之地，是“蛮夷”之民聚居的地区，环境十分险恶，而邹元标却处之怡然。当地文化教育一向落后，读书的人不多，邹元标来自京城，又是学富五车的进士，格外受人尊重。他利用在卫所的这段时间，探究学问，聚徒讲学，向他求教的达数百人之多。
由于邹元标的上疏言辞过于激烈，张居正的怒气仍然未消，暗中授意去贵州的巡按御史，欲将邹元标置于死地，以绝后患。然而这位御史却是个短命之人，行到镇远，突然暴病而亡，邹元标得以免遭暗算。
六年过去了，张居正也于万历十年（1582年）六月病逝，邹元标于万历十一年（1583年）被重新启用，召拜为吏科给事中。回朝后，他仍然知无不言，言无不尽，不畏权势的性格丝毫也没有改变。他上疏神宗，要求皇帝“培圣德、亲臣工、肃宪纪、崇儒行、饬抚臣”五事。随后又弹劾礼部尚书徐学谟、南京户部尚书张士佩，二人并罢而去。徐学谟先追随张居正，官至礼部尚书，张居正死后，学谟为保全自己，很快与继任首辅申时行结为儿女亲家，声誉十分不好。
邹元标又举荐耿定向、罗汝芳、许孚远等十余名官员，这些人皆为一代明儒。万历十二年（1584年），慈宁宫遭火灾，邹元标乘机上疏，痛言“保圣躬、开言路、节财用、拔幽滞、宽罪宗、放宫女”六事。所言刺中了神宗的要害，神宗大为恼怒。于是有传言说皇帝要杖杀邹元标。邹元标听到后，让妻子准备好布袍、白蜡和治伤的药品，毫无畏色地说：“我的筋骨虽有残，但精神还可以再杖五六十，如果缇骑来，不劳他们动手，我自己去受杖，只是不要让我的老母知道。”言下之意，他已将生死置之度外。在邹元标的老师申时行多次请求下，好不容易神宗才予与宽大处置，降邹元标为南京刑部照磨。
据说邹元标的敢言直谏着实让神宗有些忌惮，一天御膳房刚刚备好丰盛的佳肴，神宗却一改常态，下令撤减，并对太监说：“你们没听到他邹某人数落朕吗？”
万历十三年（1585年）五月，邹元标又被调回北京，任吏部验封司主事。不久神宗让吏部尚书杨巍对国事发表意见，邹元标为他代笔起草，切指吏治十事、民困八事，洋洋几万言，都是当时人们所不敢言的弊政。又如请割“衽席之爱，严便嬖之禁”，涉及到神宗的私人生活。当时神宗身边有十名受宠的俊美少年，称为“十俊”，外间早有传闻，神宗已经染上了同性恋的陋习。
万历十八年（1590年），调邹元标吏部验封司员外郎，后升刑部右侍郎，这时恰逢邹元标的母亲去世，他未上任而回原籍为母亲守孝，以后居家乡南皋三十年，建仁文书院，谈道讲学，名扬天下，学者称之为“南皋先生”。这段时间，朝中仍不断有人上疏推荐他。
光宗即位，东林党人当朝，邹元标召为大理寺卿，未上任，又升为刑部右侍郎。阔别京城近四十年，今又还朝，邹元标虽须发皆白，却依然踌躇满志。行至京畿地区，见禾苗青青，知道左光斗等人推行的水田已初见成效，高兴地说：“三十年前，京城人不知稻草为何物，今日处处皆种水稻，于国于民都有利。”为此他感慨道：“治理天下难道不是靠人才吗？人若有才，天气地力都可以被利用。”
光宗只当了八个月皇帝就病逝了，邹元标还朝之时，已是天启元年（1621年）四月。当时辽东战局紧迫，敌在门庭，他有感三十年来朝中大臣只顾门户之争，而不问封疆之事，致使祸见于今日。于是首倡和衷之说，建议简用涂宗睿、李邦华等十八人；两天后，又请用叶茂才、赵南星、高攀龙、刘宗周、丁元荐、罗大紘、雒于仁等十五人。天启二年（1622年），又上疏指出万历四十五年（1617年）丁巳京察不公正，请收录章家顺、丁元荐、史记事、沈正宗等二十二人。如此，万历朝被罢免的诸臣都获得了昭雪。他还曾举用李三才，只因言路有争议而未果。尤其可贵的是，他还不记私怨，称赞张居正当年的政绩，提出应该恢复张居正的故官，予以葬祭。这一建议也得到熹宗的同意。
邹元标在天启初年虽倡和衷之说，实际上所荐举的大部分官员仍是东林党人，或与东林党人政见相同的旧臣�