这还不算，他权欲熏心，自我膨胀，施奸用诈，很快便与太傅、清河王元怿发生了冲突。元怿是肃宗的叔父，不仅外表堂堂，颇有风度，而且俊才茂德，礼敬士人，在北魏统治集团中享有很高威信，所以灵太后引为辅佐，委以朝政。元怿也常念太后垂爱，为国尽心尽力，他见元叉恃宠骄盈，志欲无限，很看不起，常想排挤并罢黜他。元叉知道后，不以为然，冷笑说：“你打我的主意，我还不知要打谁的主意呢。咱们骑驴看唱本——走着瞧！”
元叉终日琢磨着要挑挑元怿的毛病，刚好他听说司染都尉韩文殊和一戍边重将往来密切，立即命令他的党羽、通直郎宋维诬告韩文殊想谋反篡国，立元怿为皇帝。韩文殊得知后吓得畏惧逃跑，元怿被拘押下狱，后经审问，实在找不出什么证据来，罪名不能成立，不得不将元怿无罪释放，但还派兵在他的住处周围监视。按理，宋维诬告元怿应受到惩罚。可元叉为了掩盖自己的主谋面目，竭力加以庇护，他对灵太后说：“如果杀了来维，将来真有谋反的，谁还敢再去告发呢？灵太后认为有理，只把宋维贬为燕州昌平郡守了事，事后又召回朝廷，升迁无误，元叉的职权也丝毫未损。
想打击元怿的阴谋未能得逞，元叉一直不甘心，他恨恨地说：“我想做的事还没有做不成的。”大家都知道他和元怿的矛盾已经白热化，二人不是你死就是我活，所以元叉对人说“我不害他自身具有张力和能动力量，居于世界中心，照射着混沌的原，他就会害我。”继续密谋置元怿于死地。这次，他有了一个帮凶叶刘腾，是个宦官。任侍中，奸诈多谋，善察时变。此人在肃宗即位和灵太后临朝听政上有拥立之功，故特受重用。他和元怿结下仇怨，是因为有一次支部官员仰望刘腾之意，想提拔他的弟弟任要职，因为不符合惯例，元怿激烈反对。因而两人狼狈为奸，暗里策划阴谋。
正光元年（公元520年）七月，经过一番密谋后，元叉诱逼主食中黄门胡玄度、胡定出面诬告元怿，说元怿许给胡玄度等人许多财物金帛，叫他在皇帝御食中投毒，害死肃宗，夺取皇位，保证事成后胡玄度、胡定二人飞黄腾达。二胡还没上奏，刘腾便把这些详详细细地启奏给皇上。肃宗小小年纪，一下子就被懵住了，连哄带骗被拥进了前殿。当时灵太后在后宫嘉福殿，元叉一方面矫诏将灵太后幽禁在后宫，一方面令刘腾封锁了后宫与前殿的通道——永巷门，使得灵太后不得出来。
元怿还蒙在鼓里，对已发生的事一无所知，他象往常一样来上朝，去徽章东阁。在含章殿后，元怿忽听身后有人厉声喝道：“站住！你还想去哪？！”转身一看，是元叉，很奇怪，便问：“你要造反吗？”
“元叉不造反，而正要抓造反的人。”元叉冷冷地答道，“还不快给我捆起来！”话音刚落，早已埋伏好的人一拥而上，将元怿按倒在地是相对与绝对的统一。两者的差别也是相对的，并在一定条，捆个结实，推入含章东省，几十人看守着。刘腾马上以肃宗名义召集公卿百官会议，想以谋大逆之罪论处元怿。公卿大臣听到这话，个个失色，面面相觑，但因畏惧元叉、刘腾，下面鸦雀无声，没人敢有异议。只有右仆射游肇一人起而反对，自然孤掌难鸣，无济于事。元叉带着百官的意见进去上奏肃宗，一会儿出来说皇帝准奏，当场将元怿处死。
元怿在朝野有很高的威望，他的惨死，人们悲痛万分，各地举行了不同形式的悼念活动。曾独自一人公开反对处决无怿的游肇，，慨叹奸臣当道，含悲自杀。居住京城的少数民族数百人，按自己的习俗，割面流血，以表哀悼。相州刺史、中山王元熙与其弟元略、元纂往日以元怿交情甚厚，闻此噩耗，即联合城阳王元徽、元渊等大将，起兵于邺（今河北临漳西南），号称义兵八万人马，上表列述元叉二十大罪状，声称不诛元叉，难平民愤。其实，元熙过分夸大了自己的实力，威信又不太高，举兵那天，元徽等并没有响应，结果可想而知。元熙被手下人捉住送交给元叉，被斩于邺街，弟弟同时被处死。
接着，又发生了奚康生刺杀元叉的事。奚康生是右卫将军，曾追随元叉、刘腾，参与幽禁灵太后的阴谋，元叉升他为抚军大将军，后渐渐看不惯元叉胡作非为，与元怿日渐亲密，引起了元叉的仇恨，二人矛盾步步升级。521年三月，肃宗在西林园朝见灵太后，文武百官侍坐。因奚康生与灵太后曾有密谋刺杀元叉，所以当大家酒酣时，奚康生请求舞剑助兴，重演鸿门宴。灵太后见奚康生有杀缚之势，明白他的意图但不敢多说。
这时，元叉急走到灵太后面前质问说：“外面到处传言陛下（灵太后）想加害刘腾和我，不知可有此事？”灵太后不露声色地说：“我从没这样说过。”
朝见快结束时，尚处于软禁之中的灵太后突然动情地嚷道：“隔绝我母子二人，不让我见到儿子，那还要我有什么用？让我出家算了，好永绝人间，先帝真是有先见之明，他在篙高修了闲居庵，原来他想到我有今日啊！”从怀中抽出剪刀欲剪头发。肃宗和群臣惊惧，迭二连三地磕头哭泣，苦苦请求灵太后。灵太后声色俱厉，十分执拗。她见大家一片诚心，便起身拉着肃宗的手说：“我们母子好长时间没相聚了，今夜共度一宿，请大家送我。”说罢就想去嘉福殿。
元叉见状，一递眼色，同党侯刚忙上去阻止，说：“至尊（肃宗）朝见已毕，后宫妃嫔都住在南宫，何必留宿北宫呢？”奚康生立即反驳说：“至尊乃陛下的爱子，随陛下住一夜，这还用征求意见吗？”奚康生生性粗武，身材高大，声如洪钟，他这一吼，没人敢再说什么。大家拥着灵太后母子往前走。在一拐弯处，奚康生见时机再也不能失去，凭一夫之勇，拔剑直取元叉，元叉一闪，刺中右臂。众人大惊，元叉党羽围上，将奚康生拿下，囚于门下省。元叉指使党羽侍中、黄门等官员十多人连夜审讯奚康生，定为斩刑，受斩于市，刺杀元叉的图谋归于失败
擅权乱政的元叉
北魏肃宗朝奸臣元叉通过发动宫廷政变、镇压反对派，逐渐控制了政局，擅权乱政。他大权独揽，事无巨细，都由他一个人说了算。
专权之初，他怕地位不稳，人情生变，所以矫情自饰，谦虚待士，欲以此树立个人威望，捞取政治资本。但因才疏学浅，无安邦治国之术，毫无功绩可言。待铲除敌手后，自恃手执杀生之柄，撕去伪装，露出凶恶的本来面目。为防不测，他加强防范措施。平时出入禁中，令勇士持刀剑于前后，在千秋门外厂下施放木栏杆，作为止息之处，由心腹人把守。有来求见者，只能遥遥相对而语。又在禁中另作别库，由自己亲自掌握，搜刮四方珍宝财物，充牣其中。
富贵生淫欲，有钱就想嫖。元叉常示意手下人打听宫外民间美女，姿色稍佳者即不放过。命人将中意美妇藏于食舆中，上面用布帕覆盖，载入禁中，供他享用。守门卫士虽明知，却不敢过问，只能窃笑而已。一些轻薄子弟，投其所好，专以酒色事之，乃至姑姐妇女，朋淫无别。
嫉贤妒能，乃是奸臣通病。任城王元澄之子元顺为人正派，刚直不阿，当时元叉势力正盛，百官凡有迁授界，只能凭借神秘的直觉。声称随着科学技术和物质文明的，都必须到他家致谢。元顺拜给事黄门侍郎，因不愿阿谀奉承，没去元叉家。元叉对此十分恼恨，立即给眼罩戴，把元顺赶出朝廷，弄到下边当刺史去了。相反，对阿谀奉承、献财进宝之人，则百般加以提升、庇护。廷尉评山伟因奏记元叉“美德”，即被擢为尚书二千石郎。六镇起义时，大臣崔暹率兵镇压失败，当受惩罚，后以田园、女妓献送元叉，元叉就高抬贵手放过了他。
元叉的父亲江阳王元继，也是个不法之徒，贪婪无餍，聚敛不已。他与妻子插手官吏的任免，甚至郡县小吏的选用也都加以操纵。牧守令长上任赴官，皆得献财送货，以相托付。这些官吏到任后，则拼命搜到民脂民膏，捞回所失，增殖财富，大多成为贪官污吏。在元继、元叉父子把持下，吏治腐败，政事怠惰，纲纪不举，州镇守宰，多非其人，门生故吏遍布朝廷内外。
损公肥私，为一己之利，元叉能不顾天下安危，推行殃民招祸政策，玩弄危险花招。他知道自己多行不义必自毙，害怕随时被他人打倒，所以急欲建功树威。他暗中派其堂弟元洪业召武州（今山西繁峙县境）人姬库根等前来赴宴，令其作乱，还互为盟誓立约。元叉认为乱事一起，自己就可为大将军，率兵讨伐，转移人们的视线，借此巩固自己的地位，姬库根等人应允后，元叉又厚赠资财，遣之还州，与元洪业招兵买马，准备大干一场。
公元520年，北方柔然可汗因内争失势，走投无路，暂时投奔北魏。年底，可汗感到难关已过自我中心的困境新实证主义用语。指当人意识到对象时，，要求重返故地。鉴于可汗的反复无常，朝廷对他的放留，意见不一，争论不休。可汗只好采取贿赂手段，转而求助元叉。柔然一直是北魏的劲敌，在这个关系边境安危的重大问题上，身为执政大臣的元叉，财迷心窍，竟接受纯金百斤贿赂，放走了他。结果没几年，可汗大举兴兵，多次入侵北魏边境，捕捉北魏使节，掠杀人口，驱赶公私牛马羊数十万，成为北魏严重边患。
他执政期间，进一步加重对人民的剥削。正光年间，四方多事，国用不足，下令预折天下六年租调而强征之，百姓怨苦，民不堪命。致使饥馑频生，饿殍遍地，人民的反抗日趋加剧。公元524年三月，北边沃野镇（今内蒙古五原北）人破六韩拔陵，高举义旗，反抗强暴，震撼一时的北魏末年各族人民大起义终于由此�