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何无忌不高兴地说：“我当年灭桓玄的时候，打过几十次仗，无不是以弱胜强。徐道覆不过是个海盗，我还用怕他么？”遂派出军队，逆流而上去迎击徐道覆。徐道覆早就在河西的小山上埋伏下弓箭手，对晋军的舰船万箭齐发。何无忌命船舰靠岸反攻，这时徐道覆又率兵顺流攻击。何无忌兵少，顾此失彼，又处下游，很快落败。邓潜之让他赶紧带兵退走，何无忌宁死不退，站在船头指挥军队，一直到身中十几箭方才倒下。徐道覆大胜，攻取了浔阳。
刘裕先领军到了下邳，然后分为两路，一路押运便用辎重走水路，一路由陆路急速赶回。到了山阳（今江苏淮安县），又传来消息，何无忌大败战死。刘裕没想到事态会这么严重，立刻带上七八十名护卫队骑快马先行，很快来到京城。这时徐道覆还没有来到京城。刘裕这才松了一口气，赶紧调动京中军队，安排城防。由于京中可用的兵力太少，刘裕放弃其他险要之处，把所有兵力聚集在石头城，而在其他地方则用插旌旗，派人擂鼓的方法造成有军队在此的假象，专等徐道覆到来。
其实徐道覆早该杀到京城，但路上被刘毅带兵挡住。徐道覆怕打不过刘毅，暂时驻兵，请卢循带兵到浔阳合兵一处。卢循从湘江北进，一路上也是连克城池。荆州刺史刘道规在长沙阻击卢循，失败后逃走。卢循继续前进，攻下巴陵，直逼江陵。路上接到徐道覆的信，要他去联兵进攻刘毅。卢循担心败走的刘道规从后面袭击他，便请占据川蜀的谯纵出兵江陵，进攻刘道规，并向谯纵许诺，如果取得晋国，就把西边的领土封给他。谯纵遂起兵去攻刘道规。
卢循则由巴陵下浔阳，与徐道覆合兵一处。徐道覆挑最小的船五十艘，派部将王得去和刘毅交战。刘毅见了先是大为惊讶，接着放声大笑。因为他来的一路上都听说徐道覆和卢循有很多很多的兵，有很大很大的船，没想到却只是几十艘树叶儿一般的小船。刘毅很快击溃王得，王得带船败走。
刘毅一直追过桑落洲，小船往两边一闪，对面突然奔来八艘大船。这八艘船有现在的七八层楼房那么高，船身蒙着铁甲，船头有长长的钢锥，并成一排直扑过来。刘毅有十多艘船来不及躲避，都被这八艘铁船撞碎。刘毅急忙退兵，徐道覆在后一路追杀，直追到桑落洲，才停下不追。刘毅刚到桑落洲，突然两岸射出无数火箭，桑落洲上尽是芦苇，船只和芦苇全部烧着，桑落洲上一片火海。刘毅最后只带了十多艘军舰逃出，刚逃出几里地，卢循手下部将林俭、刘稷又率一万水军从豫山后的水道中杀出，刘毅前进不得，赶紧弃船上岸逃跑。等他跑回建康，数万大军只剩下了十几个人。刘毅见了刘裕，恨不得找个地缝钻进去，刘裕倒是好言安慰了几句。
不久，各处败兵们陆陆续续来到建康，纷纷传言，卢循的水军有几十万，船只前后相接有数百里，船高十多丈，把建康的将士们都吓得够呛，孟昶、诸葛长民等人都建议刘裕退到长江北岸，和大部队会合之后，再与卢循决战。刘裕道：“现在敌人就要到了，人心浮动，都想逃跑。我要是带头一走，那京城就会出现大逃亡，我们的军队立刻就要崩溃。你还能逃得到江北么？就算是逃到了江北，江北的军队也早就闻风散了，还能集合起来决战么？也不过是多拖延几天罢了。现在京中的士兵虽然少，但与卢循一战那是足够了。如果胜了，君臣同庆；如果败了，以身殉国，决不能逃跑苟活。”
孟昶再三恳求刘裕撤退，刘裕就是不听。孟昶大哭：“当初你要北伐燕国，大家都不同意，只有我赞成，导致现在卢循祸害国家，这是我的罪啊。我当以一死以谢天下！”刘裕很生气，对他道：“等我打完这一仗，你再死也不迟。”但孟昶一回家就吃毒药自杀了。对孟昶这种做法，刘裕不可理解，但也只有叹气而已。
卢循听说刘裕以神速赶到建康，他一开始并不相信，后来接连从俘虏口中得到确认，他又害怕起来。他和徐道覆商量，不如转攻江陵，占据江、荆二州，割据一方，对抗东晋。徐道覆道：“我军连连大胜，士气正旺，又有十余万大军，上千艘战舰，正是乘胜追击，直取建康的有利时机，你却要后撤。如果刘裕调集优势兵力，再来攻你，到时候你能打得过他么？”卢循想了很多天，最后还是同意了徐道覆，带大军顺江而下，杀向建康。
卢循的舰队开到建康以后，先是直奔新亭，在城头观望的刘裕不由大惊，接着卢循的舰队又转向西岸，停在蔡洲，刘裕又是一喜。旁边人不理解，问他为什么先忧后喜。刘裕道：“如果贼兵从新亭直接杀进来，那我们根本挡不住他们，只能回避，胜难料；现在贼兵却回去停泊在西岸，那他们必将成为我的俘虏！”
其实徐道覆本来是命令舰队杀进新亭的，但卢循却吓得大惊失色，急忙派人调徐道覆的舰队回来。徐道覆对卢循道：“我们可以从新亭、白石垒一线登陆，然后烧掉所有舰船，破釜沉舟，激励战士，数路并进，刘裕必成为我们的俘虏！”卢循则担心道：“我们的大军还没有到建康，不要急着决战，等后面所有的部队上来再说吧。”徐道覆一再请求，这次卢循却坚决起来，就是不让进兵。徐道覆没有办法，走出来后自语道：“这家伙干不成事，我终将为他所误。如果我能为英雄卖命，就算是平定整个天下都算不了什么！”
因为卢循的军队在路上先等徐道覆来援耽搁了一些日子，与刘毅打仗又被阻挡了一些日子，听说刘裕在建康再犹豫了十多天，来到建康后又停在蔡洲不肯前进，又是十来天。这样刘裕便得到了充足的时间来调集军队，首先北伐的军队赶了回来，接着各地勤王的军队也赶来了。卢循在蔡洲待了十多天以后，整个京城防线已经被晋军防守得如铁桶般严密。这时卢循再想进攻，根本就没有机会了。他亲率大舰去攻石头城，哪里能攻得下来。
徐道覆见强攻不成，便想了个办法。他派老弱残兵扮成精锐部队乘大船向北，进攻白石垒，以吸引刘裕主力。因为白石垒也是江滨要害，刘裕留参军沈林子与徐赤特守石头城，自己带着刘毅、诸葛长民率兵守白石垒。刘裕临走时怕卢循乘虚攻石头城，嘱咐二将只可守城，不可出战。
卢循见刘裕果然带重兵去防白石垒，急令徐道覆去攻石头城。徐道覆率军先攻破石头城前的查浦垒，查浦守将刘钟退回石头城。徐道覆焚毁查浦上的工事，乘胜进军至张侯桥，并在张侯桥安营。他料到晚上晋军必要偷袭，派秦用、范崇民、林俭、刘稷四将埋伏在外，留少数士兵守在营中。
石头城的守将徐赤特当晚就要偷袭徐道覆的营寨。沈林子说主力都让刘裕带出去了，不可轻易冒险，况且刘裕也说过，只可守城，不可出战，极力劝阻。徐赤特不听，执意带两千士兵出战。结果中了徐道覆的埋伏，全军覆没，只有他一个人逃回石头城。徐道覆趁势攻城，沈林子赶紧点火向刘裕报信求救。刘裕在白石垒望见信号，命令参军朱龄石率军回援。徐道覆一时强攻不下，又见晋军援军到来，便带兵撤退了。
刘裕回到石头城后，问明情况，立斩徐赤特，并号令三军：“三军只需坚守，不许出战！有违令者，以徐赤特为例！”
于是，晋军坚守建康，从不出战。卢循围城两个多月，没有任何进展，不久军粮出现问题。他派兵去建康周围的丹阳、京口等城去劫粮，这些城池难以攻下，而城外的粮草都早就割光，收入城中。卢循没了粮草，只好退兵，临走时对徐道覆道：“我们去夺取荆州，仍能据有东晋三分之二的领土，还有实力和刘裕争一争。”徐道覆见事已至此，攻不能攻，守又无粮，只好派大将范崇民领精兵一万守住南陵，以防刘裕从后掩袭，和卢循带大军退回浔阳。
晋将听说卢循退兵，都向刘裕请兵追击。刘裕道：“卢循并非战败，而且战舰比我们的优良，水军也比我们强，不可追击。如果去追必中埋伏。”
刘裕遂在建康招募新兵，修建水寨，建造巨舰，训练水军，排演水战，以增强自己在水军方面的实力，以达到能和卢循水军匹敌的程度，准备下一次的大战。
刘裕专权
西蜀的谯纵出兵江陵，助战卢循，在出兵之前谯纵还向后秦请兵。已经投降后秦的桓谦一听要打东晋，很是兴奋，极力劝说姚兴出兵。他对姚兴说：“我们桓氏在江陵很有势力，也很得民心，如果我领兵南征，最起码荆州的百姓会响应我，取荆州会很容易。”
姚兴也知道桓家在荆州的势力，于是一面派桓谦回荆州笼络旧部，招兵买马，一面派前将军苟林率一万五千士兵南下。桓谦悄悄地潜回荆州后，竟然很快组织起二万多人马来，进兵至枝江，苟林则进军到江津。谯纵则派他的弟弟谯道福率三万水军进入荆州。
三路军马杀向江陵，老百姓都很害怕，担心刘道规守不住城，纷纷要逃。刘道规干脆把所有城门打开，贴出告示说，谁愿意走我不拦着，但我保证江陵城一定能保得住。大家伙儿一看刘道规这么镇定，逃出城的人也就少了。
面对三路强兵，刘道规认为坐着等他们在江陵城下合军一处，然后决战，那是坐以待毙的挨打战术，他决定以时间换空间，发挥运动战的长处，在三路兵马未汇合之前，带兵转战三处，将他们各个击破。以他现在的兵力，只能全军出战方有胜算，但全军出战，就没有兵力守城了。刘道规正在烦恼的时候，雍州刺史鲁宗之率五千士兵从襄阳赶来援助。虽然兵力不多，足够守城，这支兵�